Defunciones menor de seis años por fecha

library(tidyverse)
library(magrittr, include.only = "%<>%")

# Se debe descargar y descomprimir dos archivos:
# - Defunciones Oficiales de 1990 a 2020:
#   Link: https://repositoriodeis.minsal.cl/DatosAbiertos/VITALES/DEFUNCIONES_FUENTE_DEIS_1990_2020_CIFRAS_OFICIALES.zip
# - Defunciones Preliminares de 2021 a la fecha:
#   Link: https://repositoriodeis.minsal.cl/DatosAbiertos/VITALES/DEFUNCIONES_FUENTE_DEIS_2021_2023_28112023.zip

# Link a la ruta de las defunciones oficiales.
# Se filtra el archivo para que no ocupe mucho peso en la memoria.
ruta1 <- "~/../Downloads/DEFUNCIONES_FUENTE_DEIS_1990_2020_CIFRAS_OFICIALES/DEFUNCIONES_FUENTE_DEIS_1990_2020_CIFRAS_OFICIALES.csv"
defunciones_deis <- read_delim(ruta1, delim = ";", escape_double = FALSE,
                               col_names = FALSE, locale=locale(encoding = "ISO-8859-1"),
                               trim_ws = TRUE) %>%
  filter(X5 <= 6)

# Link a la ruta de las defunciones preliminares. Las filas se añaden a la base
# de datos usando add_row.
ruta2 <- "~/../Downloads/DEFUNCIONES_FUENTE_DEIS_2021_2023_28112023/DEFUNCIONES_FUENTE_DEIS_2021_2023_28112023.csv"
defunciones_deis %<>%
  add_row(
    read_delim(ruta2, delim = ";", escape_double = FALSE,
               col_names = FALSE, locale=locale(encoding = "ISO-8859-1"),
               trim_ws = TRUE)
  )

names(defunciones_deis) <- c("ANO_DEF", "FECHA_DEF", "GLOSA_SEXO", "EDAD_TIPO", "EDAD_CANT",
                             "CODIGO_COMUNA_RESIDENCIA", "GLOSA_COMUNA_RESIDENCIA",
                             "GLOSA_REG_RES", "DIAG1", "CAPITULO_DIAG1", "GLOSA_CAPITULO_DIAG1",
                             "CODIGO_GRUPO_DIAG1", "GLOSA_GRUPO_DIAG1", "CODIGO_CATEGORIA_DIAG1",
                             "GLOSA_CATEGORIA_DIAG1", "CODIGO_SUBCATEGORIA_DIAG1",
                             "GLOSA_SUBCATEGORIA_DIAG1", "DIAG2", "CAPITULO_DIAG2",
                             "GLOSA_CAPITULO_DIAG2", "CODIGO_GRUPO_DIAG2", "GLOSA_GRUPO_DIAG2",
                             "CODIGO_CATEGORIA_DIAG2", "GLOSA_CATEGORIA_DIAG2", "CODIGO_SUBCATEGORIA_DIAG2",
                             "GLOSA_SUBCATEGORIA_DIAG2", "LUGAR_DEFUNCION")
defunciones_deis %<>%
  filter(EDAD_CANT <= 6) %>%
  group_by(FECHA_DEF) %>%
  count()



defunciones_deis %>%
  ggplot() +
  aes(x=FECHA_DEF, y=n) +
  geom_jitter(alpha=.1) +
  geom_smooth() +
  labs(title="Defunciones de niños y niñas menores de 6 años",
       x="Fecha",
       y="Número de defunciones",
       caption="Autor: Andrés Necochea\n
                Fuente: Elaboración propia en base a datos de DEIS\n
                Nota: Datos a partir de 2021 son preliminares")