<?php
$array = array(
    array (
        'text' => 'Element 1',
        'level' => '1'
    ),
    array (
        'text' => 'Element 2',
        'level' => '2'
    ),
    array (
        'text' => 'Element 3',
        'level' => '2'
    ),
    array (
        'text' => 'Element 4',
        'level' => '3'
    ),
    array (
        'text' => 'Element 5',
        'level' => '1'
    ),
    array (
        'text' => 'Element 6',
        'level' => '1'
    ),
);


$stack = array();
$count = 0;
$level = 1;
$result = array();

for ($i = 0; $i < count($array); $i++) {
    $tmp = &$result;
    foreach ($stack as $index) {
        $tmp = &$tmp['elements'][$index];
    }
    if (!isset($tmp['elements'])) {
        $tmp['elements'] = array();
    }
    $tmp['elements'][]= $array[$i];

    $count++;

    if (isset($array[$i + 1])) {

        if ($array[$i + 1]['level'] > $level) {

            // Сохраняем место куда будем добавлять в следующий раз
            array_push($stack, $count - 1);
            // Начинаем считать заново
            $count = 0;
            // Уровень увеличиваем
            $level++;

        } elseif ($array[$i + 1]['level'] < $level) {

            // вычисляем на сколько уровней поднимаемся
            $diff = $level - $array[$i + 1]['level'];
            for ($j = 0; $j < $diff; $j++) {
                array_pop($stack);
            }

        } else {

            // do nothing

        }

    }

}

$result = $result['elements'];
print_r ($result);