Это из цикла "Проблемный шаблон 'репозиторий'". Нет чёткого и удовлетворяющего всем решения.
Попробую написать вкратце.

1. Некоторый плюют на всё и экспозят (от слова expose) наружу IQueryable из контракта репозитория:
interface IRepository<T> {
	IQueryable<T> Query();
}

Здесь проблема в том, что бизнес-логика (БЛ) может оказаться размазанной по всему проекту.

В качестве маскирования размазанности иногда выносят БЛ в методы расширения для IQueryable.
public static IQueryable<Customer> WhereIsActive(this IQueryable<Customer> q){
	return q.Where(c => c.Orders.Any() && c.LastLogonDate.Days < 365);
}

В принципе, можно и в отдельные правила в отдельном классе выносить:

class CustomerBL {
	Expression<Func<Customer, bool>> IsActive = c => c.Orders.Any() && c.LastLogonDate.Days < 365;
}

2. Можно выносить методы прямо в контракт репозитория:

interface ICustomerRepository : IRepository<Customer> {
	GetActive();
}

Здесь проблема в том, что у вас может быть over9000 методов в вашем репозитории.
Это очень напрягает. Тяжело поддерживать и ответственность размазанна.

3. Паттерн Спецификация

interface ISpecification<T> {
	bool IsSatisfied(T entity);
}

interface IRepository<T> {
	IReadOnlyList<T> GetAll(IReadOnlyList<ISpecification<T>> specs);
}

class IsActiveSpecification : ISpecification<Customer>{
	public bool IsSatisfied(Customer c) {
		return c.Orders.Any() && c.LastLogonDate.Days < 365);
	}
}

4. DDD. Выносите вашу БЛ в модель
public class Customer {
	public DateTime LastLogonDate { get; protected set; }
	public IReadOnlyList<Order> Orders { get; protected set; }

	public bool IsActive() {
		return c.Orders.Any() && c.LastLogonDate.Days < 365);
	}
}

5. Посмотрите в сторону CQRS, MessagePattern/"Pub/Sub"
Можно комбинировать с предыдущими пунктами. Сложнее, но гибче.
Позволит избавиться от проблем в пункте 2 (но, естественно, наплодит другие).

public class ActiveCustomersQuery {
}

public class CustomerQueryHandler {
	public IReadOnlyList<Customer> Handle<ActiveCustomersQuery>(ActiveCustomersQuery query){
		return _repository.Where(x => x.IsActive());
	}
}
Как я уже сказал, Pub/Sub можно использовать и без DDD.

6. Почитайте блоги Александра Бындю (http://blog.byndyu.ru/), Сергея Теплякова (http://sergeyteplyakov.blogspot.ru/) и Максима Аршинова (https://habrahabr.ru/users/marshinov/topics/)
У них много статей про эту проблему.