SHARE
TWEET

Hail version: 0.2.33-5d8cae649505 Error summary: AssertionEr

a guest Mar 5th, 2020 103 Never
Not a member of Pastebin yet? Sign Up, it unlocks many cool features!
  1. ---------------------------------------------------------------------------
  2. FatalError                                Traceback (most recent call last)
  3. <ipython-input-15-1d5c931eefbd> in <module>
  4.       3 gwas = hl.linear_regression_rows(y=chr16_qc9.phenotype.BMI,
  5.       4                                  x=hl.gp_dosage(chr16_qc9.GP),
  6. ----> 5                                  covariates=[1.0])
  7.       6 gwas.row.describe()
  8.  
  9. </home/ch283/chloe/lib/python3.7/site-packages/decorator.py:decorator-gen-1525> in linear_regression_rows(y, x, covariates, block_size, pass_through)
  10.  
  11. ~/chloe/lib/python3.7/site-packages/hail/typecheck/check.py in wrapper(__original_func, *args, **kwargs)
  12.     583     def wrapper(__original_func, *args, **kwargs):
  13.     584         args_, kwargs_ = check_all(__original_func, args, kwargs, checkers, is_method=is_method)
  14. --> 585         return __original_func(*args_, **kwargs_)
  15.     586
  16.     587     return wrapper
  17.  
  18. ~/chloe/lib/python3.7/site-packages/hail/methods/statgen.py in linear_regression_rows(y, x, covariates, block_size, pass_through)
  19.     445         ht_result = ht_result.annotate(**{f: ht_result[f][0] for f in fields})
  20.     446
  21. --> 447     return ht_result.persist()
  22.     448
  23.     449
  24.  
  25. </home/ch283/chloe/lib/python3.7/site-packages/decorator.py:decorator-gen-1085> in persist(self, storage_level)
  26.  
  27. ~/chloe/lib/python3.7/site-packages/hail/typecheck/check.py in wrapper(__original_func, *args, **kwargs)
  28.     583     def wrapper(__original_func, *args, **kwargs):
  29.     584         args_, kwargs_ = check_all(__original_func, args, kwargs, checkers, is_method=is_method)
  30. --> 585         return __original_func(*args_, **kwargs_)
  31.     586
  32.     587     return wrapper
  33.  
  34. ~/chloe/lib/python3.7/site-packages/hail/table.py in persist(self, storage_level)
  35.    1789             Persisted table.
  36.    1790         """
  37. -> 1791         return Env.backend().persist_table(self, storage_level)
  38.   1792
  39.   1793     def unpersist(self) -> 'Table':
  40.  
  41. ~/chloe/lib/python3.7/site-packages/hail/backend/backend.py in persist_table(self, t, storage_level)
  42.    126
  43.    127     def persist_table(self, t, storage_level):
  44. --> 128         return Table._from_java(self._to_java_ir(t._tir).pyPersist(storage_level))
  45.    129
  46.    130     def unpersist_table(self, t):
  47.  
  48. ~/chloe/lib/python3.7/site-packages/py4j/java_gateway.py in __call__(self, *args)
  49.   1255         answer = self.gateway_client.send_command(command)
  50.   1256         return_value = get_return_value(
  51. -> 1257             answer, self.gateway_client, self.target_id, self.name)
  52.   1258
  53.   1259         for temp_arg in temp_args:
  54.  
  55. ~/chloe/lib/python3.7/site-packages/hail/utils/java.py in deco(*args, **kwargs)
  56.    223             raise FatalError('%s\n\nJava stack trace:\n%s\n'
  57.    224                              'Hail version: %s\n'
  58. --> 225                              'Error summary: %s' % (deepest, full, hail.__version__, deepest)) from None
  59.    226         except pyspark.sql.utils.CapturedException as e:
  60.    227             raise FatalError('%s\n\nJava stack trace:\n%s\n'
  61.  
  62. FatalError: AssertionError: assertion failed
  63.  
  64. Java stack trace:
  65. is.hail.utils.HailException: error trying to rebuild IR:
  66. (TableMapRows
  67.  (MatrixToTableApply "{\"name\":\"LinearRegressionRowsSingle\",\"yFields\":[\"__y_0\"],\"xField\":\"__uid_42\",\"covFields\":[\"__cov0\"],\"rowBlockSize\":16,\"passThrough\":[]}"
  68.    (MatrixRename () () ("__uid_43" "__uid_44") ("__y_0" "__cov0") () () ("__uid_45") ("__uid_42")
  69.      (MatrixMapEntries
  70.        (MatrixMapCols None
  71.          (MatrixMapRows
  72.            (MatrixMapCols ()
  73.              (MatrixMapEntries
  74.                (MatrixMapCols None
  75.                  (MatrixAnnotateColsTable "__uid_41"
  76.                    (MatrixFilterRows
  77.                      (MatrixMapRows
  78.                        (MatrixAnnotateRowsTable "__uid_37" False
  79.                          (MatrixFilterRows
  80.                            (MatrixMapRows
  81.                              (MatrixUnionRows
  82.                                (MatrixFilterRows
  83.                                  (MatrixMapRows
  84.                                    (MatrixFilterCols
  85.                                      (MatrixMapCols None
  86.                                        (MatrixAnnotateColsTable "__uid_7"
  87.                                          (MatrixFilterCols
  88.                                            (MatrixMapCols None
  89.                                              (MatrixAnnotateColsTable "__uid_4"
  90.                                                (MatrixMapCols None
  91.                                                  (MatrixAnnotateColsTable "__uid_3"
  92.                                                    (MatrixMapRows
  93.                                                      (MatrixRead None False False "{\"name\":\"MatrixBGENReader\",\"files\":[\"ukb_imp_chr16_v3.bgen\"],\"sampleFile\":\"ukb52480_imp_chr16_v3_s487314.sample\",\"indexFileMap\":{},\"blockSizeInMB\":128}")
  94.                                                      (MakeStruct
  95.                                                        (locus
  96.                                                          (GetField locus
  97.                                                            (Ref va)))
  98.                                                        (alleles
  99.                                                          (GetField alleles
  100.                                                            (Ref va)))
  101.                                                        (rsid
  102.                                                          (GetField rsid
  103.                                                            (Ref va)))
  104.                                                        (varid
  105.                                                          (GetField varid
  106.                                                            (Ref va)))))
  107.                                                    (TableFilter
  108.                                                      (TableLiteral)
  109.                                                      (Coalesce
  110.                                                        (ApplyUnaryPrimOp Bang
  111.                                                          (Apply isnan Boolean
  112.                                                            (GetField BMI
  113.                                                              (Ref row))))
  114.                                                        (False))))
  115.                                                  (InsertFields
  116.                                                    (SelectFields (s)
  117.                                                      (Ref sa))
  118.                                                    None
  119.                                                    (phenotype
  120.                                                      (GetField __uid_3
  121.                                                        (Ref sa)))))
  122.                                                (TableFilter
  123.                                                  (TableLiteral)
  124.                                                  (ApplySpecial `&&` Boolean
  125.                                                    (Coalesce
  126.                                                      (ApplyUnaryPrimOp Bang
  127.                                                        (Apply isnan Boolean
  128.                                                          (GetField sex
  129.                                                            (Ref row))))
  130.                                                      (False))
  131.                                                    (Coalesce
  132.                                                      (ApplyUnaryPrimOp Bang
  133.                                                        (Apply isnan Boolean
  134.                                                          (GetField ethnic_group
  135.                                                            (Ref row))))
  136.                                                      (False)))))
  137.                                              (InsertFields
  138.                                                (SelectFields (s phenotype)
  139.                                                  (Ref sa))
  140.                                                None
  141.                                                (ukbb
  142.                                                  (GetField __uid_4
  143.                                                    (Ref sa)))))
  144.                                            (ApplySpecial `&&` Boolean
  145.                                              (Coalesce
  146.                                                (ApplyComparisonOp EQ
  147.                                                  (GetField ethnic_group
  148.                                                    (GetField ukbb
  149.                                                      (Ref sa)))
  150.                                                  (F64 1.0))
  151.                                                (False))
  152.                                              (Coalesce
  153.                                                (ApplyIR contains Boolean
  154.                                                  (Literal Set[String] <literal value>)
  155.                                                  (GetField s
  156.                                                    (Ref sa)))
  157.                                                (False))))
  158.                                          (TableLiteral))
  159.                                        (InsertFields
  160.                                          (SelectFields (s phenotype ukbb)
  161.                                            (Ref sa))
  162.                                          None
  163.                                          (ukbb2
  164.                                            (GetField __uid_7
  165.                                              (Ref sa)))))
  166.                                      (ApplySpecial `&&` Boolean
  167.                                        (ApplySpecial `&&` Boolean
  168.                                          (Coalesce
  169.                                            (ApplyUnaryPrimOp Bang
  170.                                              (ApplyIR contains Boolean
  171.                                                (Literal Set[String] <literal value>)
  172.                                                (GetField s
  173.                                                  (Ref sa))))
  174.                                            (False))
  175.                                          (Coalesce
  176.                                            (ApplyUnaryPrimOp Bang
  177.                                              (ApplyIR contains Boolean
  178.                                                (Literal Set[String] <literal value>)
  179.                                                (GetField s
  180.                                                  (Ref sa))))
  181.                                            (False)))
  182.                                        (Coalesce
  183.                                          (ApplyUnaryPrimOp Bang
  184.                                            (ApplyIR contains Boolean
  185.                                              (Literal Set[String] <literal value>)
  186.                                              (GetField s
  187.                                                (Ref sa))))
  188.                                          (False))))
  189.                                    (Let __iruid_41770
  190.                                      (MakeStruct
  191.                                        (n_called
  192.                                          (ApplyAggOp Sum
  193.                                            ()
  194.                                            (
  195.                                              (Apply toInt64 Int64
  196.                                                (ApplyUnaryPrimOp Bang
  197.                                                  (IsNA
  198.                                                    (GetField GT
  199.                                                      (Ref g))))))))
  200.                                        (n_not_called
  201.                                          (ApplyAggOp Sum
  202.                                            ()
  203.                                            (
  204.                                              (Apply toInt64 Int64
  205.                                                (IsNA
  206.                                                  (GetField GT
  207.                                                    (Ref g)))))))
  208.                                        (n_filtered
  209.                                          (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  210.                                            (Cast Int64
  211.                                              (Ref n_cols))
  212.                                            (ApplyAggOp Count
  213.                                              ()
  214.                                              ())))
  215.                                        (call_stats
  216.                                          (ApplyAggOp CallStats
  217.                                            (
  218.                                              (ArrayLen
  219.                                                (GetField alleles
  220.                                                  (Ref va))))
  221.                                            (
  222.                                              (GetField GT
  223.                                                (Ref g))))))
  224.                                      (Let __iruid_41771
  225.                                        (If
  226.                                          (ApplyComparisonOp EQ
  227.                                            (ArrayLen
  228.                                              (GetField alleles
  229.                                                (Ref va)))
  230.                                            (I32 2))
  231.                                          (Apply hardy_weinberg_test Struct{het_freq_hwe:Float64,p_value:Float64}
  232.                                            (ApplyIR indexArray Int32
  233.                                              (GetField homozygote_count
  234.                                                (GetField call_stats
  235.                                                  (Ref __iruid_41770)))
  236.                                              (I32 0)
  237.                                              (Str "  File \"<i..."))
  238.                                            (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  239.                                              (ApplyIR indexArray Int32
  240.                                                (GetField AC
  241.                                                  (GetField call_stats
  242.                                                    (Ref __iruid_41770)))
  243.                                                (I32 1)
  244.                                                (Str "  File \"<i..."))
  245.                                              (ApplyBinaryPrimOp Multiply
  246.                                                (I32 2)
  247.                                                (ApplyIR indexArray Int32
  248.                                                  (GetField homozygote_count
  249.                                                    (GetField call_stats
  250.                                                      (Ref __iruid_41770)))
  251.                                                  (I32 1)
  252.                                                  (Str "  File \"<i..."))))
  253.                                            (ApplyIR indexArray Int32
  254.                                              (GetField homozygote_count
  255.                                                (GetField call_stats
  256.                                                  (Ref __iruid_41770)))
  257.                                              (I32 1)
  258.                                              (Str "  File \"<i...")))
  259.                                          (NA Struct{het_freq_hwe:Float64,p_value:Float64}))
  260.                                        (Let __iruid_41776
  261.                                          (ArrayMap __iruid_41777
  262.                                            (ToArray
  263.                                              (StreamRange
  264.                                                (I32 0)
  265.                                                (ArrayLen
  266.                                                  (GetField alleles
  267.                                                    (Ref va)))
  268.                                                (I32 1)))
  269.                                            (ApplySpecial `||` Boolean
  270.                                              (ApplyComparisonOp EQ
  271.                                                (Ref __iruid_41777)
  272.                                                (I32 0))
  273.                                              (ApplyComparisonOp EQ
  274.                                                (ApplyIR __uid_1 Int32
  275.                                                  (ApplyIR indexArray String
  276.                                                    (GetField alleles
  277.                                                      (Ref va))
  278.                                                    (I32 0)
  279.                                                    (Str "  File \"<i..."))
  280.                                                  (ApplyIR indexArray String
  281.                                                    (GetField alleles
  282.                                                      (Ref va))
  283.                                                    (Ref __iruid_41777)
  284.                                                    (Str "  File \"<i...")))
  285.                                                (I32 1))))
  286.                                          (Let __iruid_41778
  287.                                            (ArrayMap __iruid_41779
  288.                                              (ArrayFilter __iruid_41780
  289.                                                (ArrayMap __iruid_41781
  290.                                                  (ToArray
  291.                                                    (StreamRange
  292.                                                      (I32 0)
  293.                                                      (ArrayLen
  294.                                                        (Ref __iruid_41776))
  295.                                                      (I32 1)))
  296.                                                  (MakeTuple (0 1)
  297.                                                    (Ref __iruid_41781)
  298.                                                    (ApplyIR indexArray Boolean
  299.                                                      (Ref __iruid_41776)
  300.                                                      (Ref __iruid_41781)
  301.                                                      (Str "  File \"<i..."))))
  302.                                                (GetTupleElement 1
  303.                                                  (Ref __iruid_41780)))
  304.                                              (GetTupleElement 0
  305.                                                (Ref __iruid_41779)))
  306.                                            (Let __iruid_41782
  307.                                              (Apply min_rep Struct{locus:Locus(GRCh37),alleles:Array[String]}
  308.                                                (GetField locus
  309.                                                  (Ref va))
  310.                                                (ArrayMap __iruid_41783
  311.                                                  (Ref __iruid_41778)
  312.                                                  (ApplyIR indexArray String
  313.                                                    (GetField alleles
  314.                                                      (Ref va))
  315.                                                    (Ref __iruid_41783)
  316.                                                    (Str "  File \"<i..."))))
  317.                                              (InsertFields
  318.                                                (Ref va)
  319.                                                ("locus" "alleles" "rsid" "varid" "variant_qc" "__allele_inclusion" "old_locus" "old_alleles" "old_to_new" "new_to_old" "__new_locus" "__new_alleles")
  320.                                                (variant_qc
  321.                                                  (MakeStruct
  322.                                                    (AC
  323.                                                      (GetField AC
  324.                                                        (GetField call_stats
  325.                                                          (Ref __iruid_41770))))
  326.                                                    (AF
  327.                                                      (GetField AF
  328.                                                        (GetField call_stats
  329.                                                          (Ref __iruid_41770))))
  330.                                                    (AN
  331.                                                      (GetField AN
  332.                                                        (GetField call_stats
  333.                                                          (Ref __iruid_41770))))
  334.                                                    (homozygote_count
  335.                                                      (GetField homozygote_count
  336.                                                        (GetField call_stats
  337.                                                          (Ref __iruid_41770))))
  338.                                                    (call_rate
  339.                                                      (ApplyBinaryPrimOp FloatingPointDivide
  340.                                                        (Cast Float64
  341.                                                          (GetField n_called
  342.                                                            (Ref __iruid_41770)))
  343.                                                        (Cast Float64
  344.                                                          (ApplyBinaryPrimOp Add
  345.                                                            (ApplyBinaryPrimOp Add
  346.                                                              (GetField n_called
  347.                                                                (Ref __iruid_41770))
  348.                                                              (GetField n_not_called
  349.                                                                (Ref __iruid_41770)))
  350.                                                            (GetField n_filtered
  351.                                                              (Ref __iruid_41770))))))
  352.                                                    (n_called
  353.                                                      (GetField n_called
  354.                                                        (Ref __iruid_41770)))
  355.                                                    (n_not_called
  356.                                                      (GetField n_not_called
  357.                                                        (Ref __iruid_41770)))
  358.                                                    (n_filtered
  359.                                                      (GetField n_filtered
  360.                                                        (Ref __iruid_41770)))
  361.                                                    (n_het
  362.                                                      (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  363.                                                        (GetField n_called
  364.                                                          (Ref __iruid_41770))
  365.                                                        (Cast Int64
  366.                                                          (ArrayFold __iruid_41773 __iruid_41774
  367.                                                            (ArrayFilter __iruid_41775
  368.                                                              (GetField homozygote_count
  369.                                                                (GetField call_stats
  370.                                                                  (Ref __iruid_41770)))
  371.                                                              (ApplyUnaryPrimOp Bang
  372.                                                                (IsNA
  373.                                                                  (Ref __iruid_41775))))
  374.                                                            (I32 0)
  375.                                                            (ApplyBinaryPrimOp Add
  376.                                                              (Ref __iruid_41773)
  377.                                                              (Ref __iruid_41774))))))
  378.                                                    (n_non_ref
  379.                                                      (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  380.                                                        (GetField n_called
  381.                                                          (Ref __iruid_41770))
  382.                                                        (Cast Int64
  383.                                                          (ApplyIR indexArray Int32
  384.                                                            (GetField homozygote_count
  385.                                                              (GetField call_stats
  386.                                                                (Ref __iruid_41770)))
  387.                                                            (I32 0)
  388.                                                            (Str "  File \"<i...")))))
  389.                                                    (het_freq_hwe
  390.                                                      (GetField het_freq_hwe
  391.                                                        (Ref __iruid_41771)))
  392.                                                    (p_value_hwe
  393.                                                      (GetField p_value
  394.                                                        (Ref __iruid_41771)))))
  395.                                                (__allele_inclusion
  396.                                                  (Ref __iruid_41776))
  397.                                                (old_locus
  398.                                                  (GetField locus
  399.                                                    (Ref va)))
  400.                                                (old_alleles
  401.                                                  (GetField alleles
  402.                                                    (Ref va)))
  403.                                                (old_to_new
  404.                                                  (Let __iruid_41784
  405.                                                    (ToDict
  406.                                                      (ArrayMap __iruid_41785
  407.                                                        (Let __iruid_41786
  408.                                                          (ArrayFilter __iruid_41787
  409.                                                            (Let __iruid_41788
  410.                                                              (GetField alleles
  411.                                                                (Ref va))
  412.                                                              (ArrayMap __iruid_41789
  413.                                                                (ToArray
  414.                                                                  (StreamRange
  415.                                                                    (I32 0)
  416.                                                                    (ArrayLen
  417.                                                                      (Ref __iruid_41788))
  418.                                                                    (I32 1)))
  419.                                                                (MakeTuple (0 1)
  420.                                                                  (Ref __iruid_41789)
  421.                                                                  (ApplyIR indexArray String
  422.                                                                    (Ref __iruid_41788)
  423.                                                                    (Ref __iruid_41789)
  424.                                                                    (Str "  File \"<i...")))))
  425.                                                            (ApplyIR indexArray Boolean
  426.                                                              (Ref __iruid_41776)
  427.                                                              (GetTupleElement 0
  428.                                                                (Ref __iruid_41787))
  429.                                                              (Str "  File \"<i...")))
  430.                                                          (ArrayMap __iruid_41790
  431.                                                            (ToArray
  432.                                                              (StreamRange
  433.                                                                (I32 0)
  434.                                                                (ArrayLen
  435.                                                                  (Ref __iruid_41786))
  436.                                                                (I32 1)))
  437.                                                            (MakeTuple (0 1)
  438.                                                              (Ref __iruid_41790)
  439.                                                              (ApplyIR indexArray Tuple[Int32,String]
  440.                                                                (Ref __iruid_41786)
  441.                                                                (Ref __iruid_41790)
  442.                                                                (Str "  File \"<i...")))))
  443.                                                        (MakeTuple (0 1)
  444.                                                          (GetTupleElement 1
  445.                                                            (GetTupleElement 1
  446.                                                              (Ref __iruid_41785)))
  447.                                                          (GetTupleElement 0
  448.                                                            (Ref __iruid_41785)))))
  449.                                                    (ArrayMap __iruid_41791
  450.                                                      (GetField alleles
  451.                                                        (Ref va))
  452.                                                      (ApplyIR get Int32
  453.                                                        (Ref __iruid_41784)
  454.                                                        (Ref __iruid_41791)))))
  455.                                                (new_to_old
  456.                                                  (Ref __iruid_41778))
  457.                                                (__new_locus
  458.                                                  (GetField locus
  459.                                                    (Ref __iruid_41782)))
  460.                                                (__new_alleles
  461.                                                  (GetField alleles
  462.                                                    (Ref __iruid_41782))))))))))
  463.                                  (ApplySpecial `&&` Boolean
  464.                                    (Coalesce
  465.                                      (ApplyComparisonOp GT
  466.                                        (ArrayLen
  467.                                          (GetField __new_alleles
  468.                                            (Ref va)))
  469.                                        (I32 1))
  470.                                      (False))
  471.                                    (Coalesce
  472.                                      (ApplySpecial `&&` Boolean
  473.                                        (ApplyComparisonOp EQ
  474.                                          (GetField locus
  475.                                            (Ref va))
  476.                                          (GetField __new_locus
  477.                                            (Ref va)))
  478.                                        (ApplyComparisonOp EQ
  479.                                          (GetField alleles
  480.                                            (Ref va))
  481.                                          (GetField __new_alleles
  482.                                            (Ref va))))
  483.                                      (False))))
  484.                                (MatrixKeyRowsBy (locus alleles) False
  485.                                  (MatrixMapRows
  486.                                    (MatrixKeyRowsBy () False
  487.                                      (MatrixFilterRows
  488.                                        (MatrixMapRows
  489.                                          (MatrixFilterCols
  490.                                            (MatrixMapCols None
  491.                                              (MatrixAnnotateColsTable "__uid_7"
  492.                                                (MatrixFilterCols
  493.                                                  (MatrixMapCols None
  494.                                                    (MatrixAnnotateColsTable "__uid_4"
  495.                                                      (MatrixMapCols None
  496.                                                        (MatrixAnnotateColsTable "__uid_3"
  497.                                                          (MatrixMapRows
  498.                                                            (MatrixRead None False False "{\"name\":\"MatrixBGENReader\",\"files\":[\"ukb_imp_chr16_v3.bgen\"],\"sampleFile\":\"ukb52480_imp_chr16_v3_s487314.sample\",\"indexFileMap\":{},\"blockSizeInMB\":128}")
  499.                                                            (MakeStruct
  500.                                                              (locus
  501.                                                                (GetField locus
  502.                                                                  (Ref va)))
  503.                                                              (alleles
  504.                                                                (GetField alleles
  505.                                                                  (Ref va)))
  506.                                                              (rsid
  507.                                                                (GetField rsid
  508.                                                                  (Ref va)))
  509.                                                              (varid
  510.                                                                (GetField varid
  511.                                                                  (Ref va)))))
  512.                                                          (TableFilter
  513.                                                            (TableLiteral)
  514.                                                            (Coalesce
  515.                                                              (ApplyUnaryPrimOp Bang
  516.                                                                (Apply isnan Boolean
  517.                                                                  (GetField BMI
  518.                                                                    (Ref row))))
  519.                                                              (False))))
  520.                                                        (InsertFields
  521.                                                          (SelectFields (s)
  522.                                                            (Ref sa))
  523.                                                          None
  524.                                                          (phenotype
  525.                                                            (GetField __uid_3
  526.                                                              (Ref sa)))))
  527.                                                      (TableFilter
  528.                                                        (TableLiteral)
  529.                                                        (ApplySpecial `&&` Boolean
  530.                                                          (Coalesce
  531.                                                            (ApplyUnaryPrimOp Bang
  532.                                                              (Apply isnan Boolean
  533.                                                                (GetField sex
  534.                                                                  (Ref row))))
  535.                                                            (False))
  536.                                                          (Coalesce
  537.                                                            (ApplyUnaryPrimOp Bang
  538.                                                              (Apply isnan Boolean
  539.                                                                (GetField ethnic_group
  540.                                                                  (Ref row))))
  541.                                                            (False)))))
  542.                                                    (InsertFields
  543.                                                      (SelectFields (s phenotype)
  544.                                                        (Ref sa))
  545.                                                      None
  546.                                                      (ukbb
  547.                                                        (GetField __uid_4
  548.                                                          (Ref sa)))))
  549.                                                  (ApplySpecial `&&` Boolean
  550.                                                    (Coalesce
  551.                                                      (ApplyComparisonOp EQ
  552.                                                        (GetField ethnic_group
  553.                                                          (GetField ukbb
  554.                                                            (Ref sa)))
  555.                                                        (F64 1.0))
  556.                                                      (False))
  557.                                                    (Coalesce
  558.                                                      (ApplyIR contains Boolean
  559.                                                        (Literal Set[String] <literal value>)
  560.                                                        (GetField s
  561.                                                          (Ref sa)))
  562.                                                      (False))))
  563.                                                (TableLiteral))
  564.                                              (InsertFields
  565.                                                (SelectFields (s phenotype ukbb)
  566.                                                  (Ref sa))
  567.                                                None
  568.                                                (ukbb2
  569.                                                  (GetField __uid_7
  570.                                                    (Ref sa)))))
  571.                                            (ApplySpecial `&&` Boolean
  572.                                              (ApplySpecial `&&` Boolean
  573.                                                (Coalesce
  574.                                                  (ApplyUnaryPrimOp Bang
  575.                                                    (ApplyIR contains Boolean
  576.                                                      (Literal Set[String] <literal value>)
  577.                                                      (GetField s
  578.                                                        (Ref sa))))
  579.                                                  (False))
  580.                                                (Coalesce
  581.                                                  (ApplyUnaryPrimOp Bang
  582.                                                    (ApplyIR contains Boolean
  583.                                                      (Literal Set[String] <literal value>)
  584.                                                      (GetField s
  585.                                                        (Ref sa))))
  586.                                                  (False)))
  587.                                              (Coalesce
  588.                                                (ApplyUnaryPrimOp Bang
  589.                                                  (ApplyIR contains Boolean
  590.                                                    (Literal Set[String] <literal value>)
  591.                                                    (GetField s
  592.                                                      (Ref sa))))
  593.                                                (False))))
  594.                                          (Let __iruid_41795
  595.                                            (MakeStruct
  596.                                              (n_called
  597.                                                (ApplyAggOp Sum
  598.                                                  ()
  599.                                                  (
  600.                                                    (Apply toInt64 Int64
  601.                                                      (ApplyUnaryPrimOp Bang
  602.                                                        (IsNA
  603.                                                          (GetField GT
  604.                                                            (Ref g))))))))
  605.                                              (n_not_called
  606.                                                (ApplyAggOp Sum
  607.                                                  ()
  608.                                                  (
  609.                                                    (Apply toInt64 Int64
  610.                                                      (IsNA
  611.                                                        (GetField GT
  612.                                                          (Ref g)))))))
  613.                                              (n_filtered
  614.                                                (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  615.                                                  (Cast Int64
  616.                                                    (Ref n_cols))
  617.                                                  (ApplyAggOp Count
  618.                                                    ()
  619.                                                    ())))
  620.                                              (call_stats
  621.                                                (ApplyAggOp CallStats
  622.                                                  (
  623.                                                    (ArrayLen
  624.                                                      (GetField alleles
  625.                                                        (Ref va))))
  626.                                                  (
  627.                                                    (GetField GT
  628.                                                      (Ref g))))))
  629.                                            (Let __iruid_41796
  630.                                              (If
  631.                                                (ApplyComparisonOp EQ
  632.                                                  (ArrayLen
  633.                                                    (GetField alleles
  634.                                                      (Ref va)))
  635.                                                  (I32 2))
  636.                                                (Apply hardy_weinberg_test Struct{het_freq_hwe:Float64,p_value:Float64}
  637.                                                  (ApplyIR indexArray Int32
  638.                                                    (GetField homozygote_count
  639.                                                      (GetField call_stats
  640.                                                        (Ref __iruid_41795)))
  641.                                                    (I32 0)
  642.                                                    (Str "  File \"<i..."))
  643.                                                  (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  644.                                                    (ApplyIR indexArray Int32
  645.                                                      (GetField AC
  646.                                                        (GetField call_stats
  647.                                                          (Ref __iruid_41795)))
  648.                                                      (I32 1)
  649.                                                      (Str "  File \"<i..."))
  650.                                                    (ApplyBinaryPrimOp Multiply
  651.                                                      (I32 2)
  652.                                                      (ApplyIR indexArray Int32
  653.                                                        (GetField homozygote_count
  654.                                                          (GetField call_stats
  655.                                                            (Ref __iruid_41795)))
  656.                                                        (I32 1)
  657.                                                        (Str "  File \"<i..."))))
  658.                                                  (ApplyIR indexArray Int32
  659.                                                    (GetField homozygote_count
  660.                                                      (GetField call_stats
  661.                                                        (Ref __iruid_41795)))
  662.                                                    (I32 1)
  663.                                                    (Str "  File \"<i...")))
  664.                                                (NA Struct{het_freq_hwe:Float64,p_value:Float64}))
  665.                                              (Let __iruid_41801
  666.                                                (ArrayMap __iruid_41802
  667.                                                  (ToArray
  668.                                                    (StreamRange
  669.                                                      (I32 0)
  670.                                                      (ArrayLen
  671.                                                        (GetField alleles
  672.                                                          (Ref va)))
  673.                                                      (I32 1)))
  674.                                                  (ApplySpecial `||` Boolean
  675.                                                    (ApplyComparisonOp EQ
  676.                                                      (Ref __iruid_41802)
  677.                                                      (I32 0))
  678.                                                    (ApplyComparisonOp EQ
  679.                                                      (ApplyIR __uid_1 Int32
  680.                                                        (ApplyIR indexArray String
  681.                                                          (GetField alleles
  682.                                                            (Ref va))
  683.                                                          (I32 0)
  684.                                                          (Str "  File \"<i..."))
  685.                                                        (ApplyIR indexArray String
  686.                                                          (GetField alleles
  687.                                                            (Ref va))
  688.                                                          (Ref __iruid_41802)
  689.                                                          (Str "  File \"<i...")))
  690.                                                      (I32 1))))
  691.                                                (Let __iruid_41803
  692.                                                  (ArrayMap __iruid_41804
  693.                                                    (ArrayFilter __iruid_41805
  694.                                                      (ArrayMap __iruid_41806
  695.                                                        (ToArray
  696.                                                          (StreamRange
  697.                                                            (I32 0)
  698.                                                            (ArrayLen
  699.                                                              (Ref __iruid_41801))
  700.                                                            (I32 1)))
  701.                                                        (MakeTuple (0 1)
  702.                                                          (Ref __iruid_41806)
  703.                                                          (ApplyIR indexArray Boolean
  704.                                                            (Ref __iruid_41801)
  705.                                                            (Ref __iruid_41806)
  706.                                                            (Str "  File \"<i..."))))
  707.                                                      (GetTupleElement 1
  708.                                                        (Ref __iruid_41805)))
  709.                                                    (GetTupleElement 0
  710.                                                      (Ref __iruid_41804)))
  711.                                                  (Let __iruid_41807
  712.                                                    (Apply min_rep Struct{locus:Locus(GRCh37),alleles:Array[String]}
  713.                                                      (GetField locus
  714.                                                        (Ref va))
  715.                                                      (ArrayMap __iruid_41808
  716.                                                        (Ref __iruid_41803)
  717.                                                        (ApplyIR indexArray String
  718.                                                          (GetField alleles
  719.                                                            (Ref va))
  720.                                                          (Ref __iruid_41808)
  721.                                                          (Str "  File \"<i..."))))
  722.                                                    (InsertFields
  723.                                                      (Ref va)
  724.                                                      ("locus" "alleles" "rsid" "varid" "variant_qc" "__allele_inclusion" "old_locus" "old_alleles" "old_to_new" "new_to_old" "__new_locus" "__new_alleles")
  725.                                                      (variant_qc
  726.                                                        (MakeStruct
  727.                                                          (AC
  728.                                                            (GetField AC
  729.                                                              (GetField call_stats
  730.                                                                (Ref __iruid_41795))))
  731.                                                          (AF
  732.                                                            (GetField AF
  733.                                                              (GetField call_stats
  734.                                                                (Ref __iruid_41795))))
  735.                                                          (AN
  736.                                                            (GetField AN
  737.                                                              (GetField call_stats
  738.                                                                (Ref __iruid_41795))))
  739.                                                          (homozygote_count
  740.                                                            (GetField homozygote_count
  741.                                                              (GetField call_stats
  742.                                                                (Ref __iruid_41795))))
  743.                                                          (call_rate
  744.                                                            (ApplyBinaryPrimOp FloatingPointDivide
  745.                                                              (Cast Float64
  746.                                                                (GetField n_called
  747.                                                                  (Ref __iruid_41795)))
  748.                                                              (Cast Float64
  749.                                                                (ApplyBinaryPrimOp Add
  750.                                                                  (ApplyBinaryPrimOp Add
  751.                                                                    (GetField n_called
  752.                                                                      (Ref __iruid_41795))
  753.                                                                    (GetField n_not_called
  754.                                                                      (Ref __iruid_41795)))
  755.                                                                  (GetField n_filtered
  756.                                                                    (Ref __iruid_41795))))))
  757.                                                          (n_called
  758.                                                            (GetField n_called
  759.                                                              (Ref __iruid_41795)))
  760.                                                          (n_not_called
  761.                                                            (GetField n_not_called
  762.                                                              (Ref __iruid_41795)))
  763.                                                          (n_filtered
  764.                                                            (GetField n_filtered
  765.                                                              (Ref __iruid_41795)))
  766.                                                          (n_het
  767.                                                            (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  768.                                                              (GetField n_called
  769.                                                                (Ref __iruid_41795))
  770.                                                              (Cast Int64
  771.                                                                (ArrayFold __iruid_41798 __iruid_41799
  772.                                                                  (ArrayFilter __iruid_41800
  773.                                                                    (GetField homozygote_count
  774.                                                                      (GetField call_stats
  775.                                                                        (Ref __iruid_41795)))
  776.                                                                    (ApplyUnaryPrimOp Bang
  777.                                                                      (IsNA
  778.                                                                        (Ref __iruid_41800))))
  779.                                                                  (I32 0)
  780.                                                                  (ApplyBinaryPrimOp Add
  781.                                                                    (Ref __iruid_41798)
  782.                                                                    (Ref __iruid_41799))))))
  783.                                                          (n_non_ref
  784.                                                            (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  785.                                                              (GetField n_called
  786.                                                                (Ref __iruid_41795))
  787.                                                              (Cast Int64
  788.                                                                (ApplyIR indexArray Int32
  789.                                                                  (GetField homozygote_count
  790.                                                                    (GetField call_stats
  791.                                                                      (Ref __iruid_41795)))
  792.                                                                  (I32 0)
  793.                                                                  (Str "  File \"<i...")))))
  794.                                                          (het_freq_hwe
  795.                                                            (GetField het_freq_hwe
  796.                                                              (Ref __iruid_41796)))
  797.                                                          (p_value_hwe
  798.                                                            (GetField p_value
  799.                                                              (Ref __iruid_41796)))))
  800.                                                      (__allele_inclusion
  801.                                                        (Ref __iruid_41801))
  802.                                                      (old_locus
  803.                                                        (GetField locus
  804.                                                          (Ref va)))
  805.                                                      (old_alleles
  806.                                                        (GetField alleles
  807.                                                          (Ref va)))
  808.                                                      (old_to_new
  809.                                                        (Let __iruid_41809
  810.                                                          (ToDict
  811.                                                            (ArrayMap __iruid_41810
  812.                                                              (Let __iruid_41811
  813.                                                                (ArrayFilter __iruid_41812
  814.                                                                  (Let __iruid_41813
  815.                                                                    (GetField alleles
  816.                                                                      (Ref va))
  817.                                                                    (ArrayMap __iruid_41814
  818.                                                                      (ToArray
  819.                                                                        (StreamRange
  820.                                                                          (I32 0)
  821.                                                                          (ArrayLen
  822.                                                                            (Ref __iruid_41813))
  823.                                                                          (I32 1)))
  824.                                                                      (MakeTuple (0 1)
  825.                                                                        (Ref __iruid_41814)
  826.                                                                        (ApplyIR indexArray String
  827.                                                                          (Ref __iruid_41813)
  828.                                                                          (Ref __iruid_41814)
  829.                                                                          (Str "  File \"<i...")))))
  830.                                                                  (ApplyIR indexArray Boolean
  831.                                                                    (Ref __iruid_41801)
  832.                                                                    (GetTupleElement 0
  833.                                                                      (Ref __iruid_41812))
  834.                                                                    (Str "  File \"<i...")))
  835.                                                                (ArrayMap __iruid_41815
  836.                                                                  (ToArray
  837.                                                                    (StreamRange
  838.                                                                      (I32 0)
  839.                                                                      (ArrayLen
  840.                                                                        (Ref __iruid_41811))
  841.                                                                      (I32 1)))
  842.                                                                  (MakeTuple (0 1)
  843.                                                                    (Ref __iruid_41815)
  844.                                                                    (ApplyIR indexArray Tuple[Int32,String]
  845.                                                                      (Ref __iruid_41811)
  846.                                                                      (Ref __iruid_41815)
  847.                                                                      (Str "  File \"<i...")))))
  848.                                                              (MakeTuple (0 1)
  849.                                                                (GetTupleElement 1
  850.                                                                  (GetTupleElement 1
  851.                                                                    (Ref __iruid_41810)))
  852.                                                                (GetTupleElement 0
  853.                                                                  (Ref __iruid_41810)))))
  854.                                                          (ArrayMap __iruid_41816
  855.                                                            (GetField alleles
  856.                                                              (Ref va))
  857.                                                            (ApplyIR get Int32
  858.                                                              (Ref __iruid_41809)
  859.                                                              (Ref __iruid_41816)))))
  860.                                                      (new_to_old
  861.                                                        (Ref __iruid_41803))
  862.                                                      (__new_locus
  863.                                                        (GetField locus
  864.                                                          (Ref __iruid_41807)))
  865.                                                      (__new_alleles
  866.                                                        (GetField alleles
  867.                                                          (Ref __iruid_41807))))))))))
  868.                                        (ApplySpecial `&&` Boolean
  869.                                          (Coalesce
  870.                                            (ApplyComparisonOp GT
  871.                                              (ArrayLen
  872.                                                (GetField __new_alleles
  873.                                                  (Ref va)))
  874.                                              (I32 1))
  875.                                            (False))
  876.                                          (Coalesce
  877.                                            (ApplySpecial `||` Boolean
  878.                                              (ApplyComparisonOp NEQ
  879.                                                (GetField locus
  880.                                                  (Ref va))
  881.                                                (GetField __new_locus
  882.                                                  (Ref va)))
  883.                                              (ApplyComparisonOp NEQ
  884.                                                (GetField alleles
  885.                                                  (Ref va))
  886.                                                (GetField __new_alleles
  887.                                                  (Ref va))))
  888.                                            (False)))))
  889.                                    (InsertFields
  890.                                      (Ref va)
  891.                                      None
  892.                                      (locus
  893.                                        (GetField __new_locus
  894.                                          (Ref va)))
  895.                                      (alleles
  896.                                        (GetField __new_alleles
  897.                                          (Ref va)))))))
  898.                              (MakeStruct
  899.                                (locus
  900.                                  (GetField locus
  901.                                    (Ref va)))
  902.                                (alleles
  903.                                  (GetField alleles
  904.                                    (Ref va)))
  905.                                (rsid
  906.                                  (GetField rsid
  907.                                    (Ref va)))
  908.                                (varid
  909.                                  (GetField varid
  910.                                    (Ref va)))
  911.                                (variant_qc
  912.                                  (GetField variant_qc
  913.                                    (Ref va)))
  914.                                (old_locus
  915.                                  (GetField old_locus
  916.                                    (Ref va)))
  917.                                (old_alleles
  918.                                  (GetField old_alleles
  919.                                    (Ref va)))
  920.                                (old_to_new
  921.                                  (GetField old_to_new
  922.                                    (Ref va)))
  923.                                (new_to_old
  924.                                  (GetField new_to_old
  925.                                    (Ref va)))))
  926.                            (Coalesce
  927.                              (ApplyComparisonOp GT
  928.                                (GetField p_value_hwe
  929.                                  (GetField variant_qc
  930.                                    (Ref va)))
  931.                                (F64 1.0E-10))
  932.                              (False)))
  933.                          (TableKeyByAndAggregate None 50
  934.                            (TableMapRows
  935.                              (TableLeftJoinRightDistinct __uid_40
  936.                                (TableKeyBy (__uid_38) False
  937.                                  (MatrixRowsTable
  938.                                    (MatrixMapRows
  939.                                      (MatrixFilterRows
  940.                                        (MatrixMapRows
  941.                                          (MatrixUnionRows
  942.                                            (MatrixFilterRows
  943.                                              (MatrixMapRows
  944.                                                (MatrixFilterCols
  945.                                                  (MatrixMapCols None
  946.                                                    (MatrixAnnotateColsTable "__uid_7"
  947.                                                      (MatrixFilterCols
  948.                                                        (MatrixMapCols None
  949.                                                          (MatrixAnnotateColsTable "__uid_4"
  950.                                                            (MatrixMapCols None
  951.                                                              (MatrixAnnotateColsTable "__uid_3"
  952.                                                                (MatrixMapRows
  953.                                                                  (MatrixRead None False False "{\"name\":\"MatrixBGENReader\",\"files\":[\"ukb_imp_chr16_v3.bgen\"],\"sampleFile\":\"ukb52480_imp_chr16_v3_s487314.sample\",\"indexFileMap\":{},\"blockSizeInMB\":128}")
  954.                                                                  (MakeStruct
  955.                                                                    (locus
  956.                                                                      (GetField locus
  957.                                                                        (Ref va)))
  958.                                                                    (alleles
  959.                                                                      (GetField alleles
  960.                                                                        (Ref va)))
  961.                                                                    (rsid
  962.                                                                      (GetField rsid
  963.                                                                        (Ref va)))
  964.                                                                    (varid
  965.                                                                      (GetField varid
  966.                                                                        (Ref va)))))
  967.                                                                (TableFilter
  968.                                                                  (TableLiteral)
  969.                                                                  (Coalesce
  970.                                                                    (ApplyUnaryPrimOp Bang
  971.                                                                      (Apply isnan Boolean
  972.                                                                        (GetField BMI
  973.                                                                          (Ref row))))
  974.                                                                    (False))))
  975.                                                              (InsertFields
  976.                                                                (SelectFields (s)
  977.                                                                  (Ref sa))
  978.                                                                None
  979.                                                                (phenotype
  980.                                                                  (GetField __uid_3
  981.                                                                    (Ref sa)))))
  982.                                                            (TableFilter
  983.                                                              (TableLiteral)
  984.                                                              (ApplySpecial `&&` Boolean
  985.                                                                (Coalesce
  986.                                                                  (ApplyUnaryPrimOp Bang
  987.                                                                    (Apply isnan Boolean
  988.                                                                      (GetField sex
  989.                                                                        (Ref row))))
  990.                                                                  (False))
  991.                                                                (Coalesce
  992.                                                                  (ApplyUnaryPrimOp Bang
  993.                                                                    (Apply isnan Boolean
  994.                                                                      (GetField ethnic_group
  995.                                                                        (Ref row))))
  996.                                                                  (False)))))
  997.                                                          (InsertFields
  998.                                                            (SelectFields (s phenotype)
  999.                                                              (Ref sa))
  1000.                                                            None
  1001.                                                            (ukbb
  1002.                                                              (GetField __uid_4
  1003.                                                                (Ref sa)))))
  1004.                                                        (ApplySpecial `&&` Boolean
  1005.                                                          (Coalesce
  1006.                                                            (ApplyComparisonOp EQ
  1007.                                                              (GetField ethnic_group
  1008.                                                                (GetField ukbb
  1009.                                                                  (Ref sa)))
  1010.                                                              (F64 1.0))
  1011.                                                            (False))
  1012.                                                          (Coalesce
  1013.                                                            (ApplyIR contains Boolean
  1014.                                                              (Literal Set[String] <literal value>)
  1015.                                                              (GetField s
  1016.                                                                (Ref sa)))
  1017.                                                            (False))))
  1018.                                                      (TableLiteral))
  1019.                                                    (InsertFields
  1020.                                                      (SelectFields (s phenotype ukbb)
  1021.                                                        (Ref sa))
  1022.                                                      None
  1023.                                                      (ukbb2
  1024.                                                        (GetField __uid_7
  1025.                                                          (Ref sa)))))
  1026.                                                  (ApplySpecial `&&` Boolean
  1027.                                                    (ApplySpecial `&&` Boolean
  1028.                                                      (Coalesce
  1029.                                                        (ApplyUnaryPrimOp Bang
  1030.                                                          (ApplyIR contains Boolean
  1031.                                                            (Literal Set[String] <literal value>)
  1032.                                                            (GetField s
  1033.                                                              (Ref sa))))
  1034.                                                        (False))
  1035.                                                      (Coalesce
  1036.                                                        (ApplyUnaryPrimOp Bang
  1037.                                                          (ApplyIR contains Boolean
  1038.                                                            (Literal Set[String] <literal value>)
  1039.                                                            (GetField s
  1040.                                                              (Ref sa))))
  1041.                                                        (False)))
  1042.                                                    (Coalesce
  1043.                                                      (ApplyUnaryPrimOp Bang
  1044.                                                        (ApplyIR contains Boolean
  1045.                                                          (Literal Set[String] <literal value>)
  1046.                                                          (GetField s
  1047.                                                            (Ref sa))))
  1048.                                                      (False))))
  1049.                                                (Let __iruid_41820
  1050.                                                  (MakeStruct
  1051.                                                    (n_called
  1052.                                                      (ApplyAggOp Sum
  1053.                                                        ()
  1054.                                                        (
  1055.                                                          (Apply toInt64 Int64
  1056.                                                            (ApplyUnaryPrimOp Bang
  1057.                                                              (IsNA
  1058.                                                                (GetField GT
  1059.                                                                  (Ref g))))))))
  1060.                                                    (n_not_called
  1061.                                                      (ApplyAggOp Sum
  1062.                                                        ()
  1063.                                                        (
  1064.                                                          (Apply toInt64 Int64
  1065.                                                            (IsNA
  1066.                                                              (GetField GT
  1067.                                                                (Ref g)))))))
  1068.                                                    (n_filtered
  1069.                                                      (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  1070.                                                        (Cast Int64
  1071.                                                          (Ref n_cols))
  1072.                                                        (ApplyAggOp Count
  1073.                                                          ()
  1074.                                                          ())))
  1075.                                                    (call_stats
  1076.                                                      (ApplyAggOp CallStats
  1077.                                                        (
  1078.                                                          (ArrayLen
  1079.                                                            (GetField alleles
  1080.                                                              (Ref va))))
  1081.                                                        (
  1082.                                                          (GetField GT
  1083.                                                            (Ref g))))))
  1084.                                                  (Let __iruid_41821
  1085.                                                    (If
  1086.                                                      (ApplyComparisonOp EQ
  1087.                                                        (ArrayLen
  1088.                                                          (GetField alleles
  1089.                                                            (Ref va)))
  1090.                                                        (I32 2))
  1091.                                                      (Apply hardy_weinberg_test Struct{het_freq_hwe:Float64,p_value:Float64}
  1092.                                                        (ApplyIR indexArray Int32
  1093.                                                          (GetField homozygote_count
  1094.                                                            (GetField call_stats
  1095.                                                              (Ref __iruid_41820)))
  1096.                                                          (I32 0)
  1097.                                                          (Str "  File \"<i..."))
  1098.                                                        (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  1099.                                                          (ApplyIR indexArray Int32
  1100.                                                            (GetField AC
  1101.                                                              (GetField call_stats
  1102.                                                                (Ref __iruid_41820)))
  1103.                                                            (I32 1)
  1104.                                                            (Str "  File \"<i..."))
  1105.                                                          (ApplyBinaryPrimOp Multiply
  1106.                                                            (I32 2)
  1107.                                                            (ApplyIR indexArray Int32
  1108.                                                              (GetField homozygote_count
  1109.                                                                (GetField call_stats
  1110.                                                                  (Ref __iruid_41820)))
  1111.                                                              (I32 1)
  1112.                                                              (Str "  File \"<i..."))))
  1113.                                                        (ApplyIR indexArray Int32
  1114.                                                          (GetField homozygote_count
  1115.                                                            (GetField call_stats
  1116.                                                              (Ref __iruid_41820)))
  1117.                                                          (I32 1)
  1118.                                                          (Str "  File \"<i...")))
  1119.                                                      (NA Struct{het_freq_hwe:Float64,p_value:Float64}))
  1120.                                                    (Let __iruid_41826
  1121.                                                      (ArrayMap __iruid_41827
  1122.                                                        (ToArray
  1123.                                                          (StreamRange
  1124.                                                            (I32 0)
  1125.                                                            (ArrayLen
  1126.                                                              (GetField alleles
  1127.                                                                (Ref va)))
  1128.                                                            (I32 1)))
  1129.                                                        (ApplySpecial `||` Boolean
  1130.                                                          (ApplyComparisonOp EQ
  1131.                                                            (Ref __iruid_41827)
  1132.                                                            (I32 0))
  1133.                                                          (ApplyComparisonOp EQ
  1134.                                                            (ApplyIR __uid_1 Int32
  1135.                                                              (ApplyIR indexArray String
  1136.                                                                (GetField alleles
  1137.                                                                  (Ref va))
  1138.                                                                (I32 0)
  1139.                                                                (Str "  File \"<i..."))
  1140.                                                              (ApplyIR indexArray String
  1141.                                                                (GetField alleles
  1142.                                                                  (Ref va))
  1143.                                                                (Ref __iruid_41827)
  1144.                                                                (Str "  File \"<i...")))
  1145.                                                            (I32 1))))
  1146.                                                      (Let __iruid_41828
  1147.                                                        (ArrayMap __iruid_41829
  1148.                                                          (ArrayFilter __iruid_41830
  1149.                                                            (ArrayMap __iruid_41831
  1150.                                                              (ToArray
  1151.                                                                (StreamRange
  1152.                                                                  (I32 0)
  1153.                                                                  (ArrayLen
  1154.                                                                    (Ref __iruid_41826))
  1155.                                                                  (I32 1)))
  1156.                                                              (MakeTuple (0 1)
  1157.                                                                (Ref __iruid_41831)
  1158.                                                                (ApplyIR indexArray Boolean
  1159.                                                                  (Ref __iruid_41826)
  1160.                                                                  (Ref __iruid_41831)
  1161.                                                                  (Str "  File \"<i..."))))
  1162.                                                            (GetTupleElement 1
  1163.                                                              (Ref __iruid_41830)))
  1164.                                                          (GetTupleElement 0
  1165.                                                            (Ref __iruid_41829)))
  1166.                                                        (Let __iruid_41832
  1167.                                                          (Apply min_rep Struct{locus:Locus(GRCh37),alleles:Array[String]}
  1168.                                                            (GetField locus
  1169.                                                              (Ref va))
  1170.                                                            (ArrayMap __iruid_41833
  1171.                                                              (Ref __iruid_41828)
  1172.                                                              (ApplyIR indexArray String
  1173.                                                                (GetField alleles
  1174.                                                                  (Ref va))
  1175.                                                                (Ref __iruid_41833)
  1176.                                                                (Str "  File \"<i..."))))
  1177.                                                          (InsertFields
  1178.                                                            (Ref va)
  1179.                                                            ("locus" "alleles" "rsid" "varid" "variant_qc" "__allele_inclusion" "old_locus" "old_alleles" "old_to_new" "new_to_old" "__new_locus" "__new_alleles")
  1180.                                                            (variant_qc
  1181.                                                              (MakeStruct
  1182.                                                                (AC
  1183.                                                                  (GetField AC
  1184.                                                                    (GetField call_stats
  1185.                                                                      (Ref __iruid_41820))))
  1186.                                                                (AF
  1187.                                                                  (GetField AF
  1188.                                                                    (GetField call_stats
  1189.                                                                      (Ref __iruid_41820))))
  1190.                                                                (AN
  1191.                                                                  (GetField AN
  1192.                                                                    (GetField call_stats
  1193.                                                                      (Ref __iruid_41820))))
  1194.                                                                (homozygote_count
  1195.                                                                  (GetField homozygote_count
  1196.                                                                    (GetField call_stats
  1197.                                                                      (Ref __iruid_41820))))
  1198.                                                                (call_rate
  1199.                                                                  (ApplyBinaryPrimOp FloatingPointDivide
  1200.                                                                    (Cast Float64
  1201.                                                                      (GetField n_called
  1202.                                                                        (Ref __iruid_41820)))
  1203.                                                                    (Cast Float64
  1204.                                                                      (ApplyBinaryPrimOp Add
  1205.                                                                        (ApplyBinaryPrimOp Add
  1206.                                                                          (GetField n_called
  1207.                                                                            (Ref __iruid_41820))
  1208.                                                                          (GetField n_not_called
  1209.                                                                            (Ref __iruid_41820)))
  1210.                                                                        (GetField n_filtered
  1211.                                                                          (Ref __iruid_41820))))))
  1212.                                                                (n_called
  1213.                                                                  (GetField n_called
  1214.                                                                    (Ref __iruid_41820)))
  1215.                                                                (n_not_called
  1216.                                                                  (GetField n_not_called
  1217.                                                                    (Ref __iruid_41820)))
  1218.                                                                (n_filtered
  1219.                                                                  (GetField n_filtered
  1220.                                                                    (Ref __iruid_41820)))
  1221.                                                                (n_het
  1222.                                                                  (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  1223.                                                                    (GetField n_called
  1224.                                                                      (Ref __iruid_41820))
  1225.                                                                    (Cast Int64
  1226.                                                                      (ArrayFold __iruid_41823 __iruid_41824
  1227.                                                                        (ArrayFilter __iruid_41825
  1228.                                                                          (GetField homozygote_count
  1229.                                                                            (GetField call_stats
  1230.                                                                              (Ref __iruid_41820)))
  1231.                                                                          (ApplyUnaryPrimOp Bang
  1232.                                                                            (IsNA
  1233.                                                                              (Ref __iruid_41825))))
  1234.                                                                        (I32 0)
  1235.                                                                        (ApplyBinaryPrimOp Add
  1236.                                                                          (Ref __iruid_41823)
  1237.                                                                          (Ref __iruid_41824))))))
  1238.                                                                (n_non_ref
  1239.                                                                  (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  1240.                                                                    (GetField n_called
  1241.                                                                      (Ref __iruid_41820))
  1242.                                                                    (Cast Int64
  1243.                                                                      (ApplyIR indexArray Int32
  1244.                                                                        (GetField homozygote_count
  1245.                                                                          (GetField call_stats
  1246.                                                                            (Ref __iruid_41820)))
  1247.                                                                        (I32 0)
  1248.                                                                        (Str "  File \"<i...")))))
  1249.                                                                (het_freq_hwe
  1250.                                                                  (GetField het_freq_hwe
  1251.                                                                    (Ref __iruid_41821)))
  1252.                                                                (p_value_hwe
  1253.                                                                  (GetField p_value
  1254.                                                                    (Ref __iruid_41821)))))
  1255.                                                            (__allele_inclusion
  1256.                                                              (Ref __iruid_41826))
  1257.                                                            (old_locus
  1258.                                                              (GetField locus
  1259.                                                                (Ref va)))
  1260.                                                            (old_alleles
  1261.                                                              (GetField alleles
  1262.                                                                (Ref va)))
  1263.                                                            (old_to_new
  1264.                                                              (Let __iruid_41834
  1265.                                                                (ToDict
  1266.                                                                  (ArrayMap __iruid_41835
  1267.                                                                    (Let __iruid_41836
  1268.                                                                      (ArrayFilter __iruid_41837
  1269.                                                                        (Let __iruid_41838
  1270.                                                                          (GetField alleles
  1271.                                                                            (Ref va))
  1272.                                                                          (ArrayMap __iruid_41839
  1273.                                                                            (ToArray
  1274.                                                                              (StreamRange
  1275.                                                                                (I32 0)
  1276.                                                                                (ArrayLen
  1277.                                                                                  (Ref __iruid_41838))
  1278.                                                                                (I32 1)))
  1279.                                                                            (MakeTuple (0 1)
  1280.                                                                              (Ref __iruid_41839)
  1281.                                                                              (ApplyIR indexArray String
  1282.                                                                                (Ref __iruid_41838)
  1283.                                                                                (Ref __iruid_41839)
  1284.                                                                                (Str "  File \"<i...")))))
  1285.                                                                        (ApplyIR indexArray Boolean
  1286.                                                                          (Ref __iruid_41826)
  1287.                                                                          (GetTupleElement 0
  1288.                                                                            (Ref __iruid_41837))
  1289.                                                                          (Str "  File \"<i...")))
  1290.                                                                      (ArrayMap __iruid_41840
  1291.                                                                        (ToArray
  1292.                                                                          (StreamRange
  1293.                                                                            (I32 0)
  1294.                                                                            (ArrayLen
  1295.                                                                              (Ref __iruid_41836))
  1296.                                                                            (I32 1)))
  1297.                                                                        (MakeTuple (0 1)
  1298.                                                                          (Ref __iruid_41840)
  1299.                                                                          (ApplyIR indexArray Tuple[Int32,String]
  1300.                                                                            (Ref __iruid_41836)
  1301.                                                                            (Ref __iruid_41840)
  1302.                                                                            (Str "  File \"<i...")))))
  1303.                                                                    (MakeTuple (0 1)
  1304.                                                                      (GetTupleElement 1
  1305.                                                                        (GetTupleElement 1
  1306.                                                                          (Ref __iruid_41835)))
  1307.                                                                      (GetTupleElement 0
  1308.                                                                        (Ref __iruid_41835)))))
  1309.                                                                (ArrayMap __iruid_41841
  1310.                                                                  (GetField alleles
  1311.                                                                    (Ref va))
  1312.                                                                  (ApplyIR get Int32
  1313.                                                                    (Ref __iruid_41834)
  1314.                                                                    (Ref __iruid_41841)))))
  1315.                                                            (new_to_old
  1316.                                                              (Ref __iruid_41828))
  1317.                                                            (__new_locus
  1318.                                                              (GetField locus
  1319.                                                                (Ref __iruid_41832)))
  1320.                                                            (__new_alleles
  1321.                                                              (GetField alleles
  1322.                                                                (Ref __iruid_41832))))))))))
  1323.                                              (ApplySpecial `&&` Boolean
  1324.                                                (Coalesce
  1325.                                                  (ApplyComparisonOp GT
  1326.                                                    (ArrayLen
  1327.                                                      (GetField __new_alleles
  1328.                                                        (Ref va)))
  1329.                                                    (I32 1))
  1330.                                                  (False))
  1331.                                                (Coalesce
  1332.                                                  (ApplySpecial `&&` Boolean
  1333.                                                    (ApplyComparisonOp EQ
  1334.                                                      (GetField locus
  1335.                                                        (Ref va))
  1336.                                                      (GetField __new_locus
  1337.                                                        (Ref va)))
  1338.                                                    (ApplyComparisonOp EQ
  1339.                                                      (GetField alleles
  1340.                                                        (Ref va))
  1341.                                                      (GetField __new_alleles
  1342.                                                        (Ref va))))
  1343.                                                  (False))))
  1344.                                            (MatrixKeyRowsBy (locus alleles) False
  1345.                                              (MatrixMapRows
  1346.                                                (MatrixKeyRowsBy () False
  1347.                                                  (MatrixFilterRows
  1348.                                                    (MatrixMapRows
  1349.                                                      (MatrixFilterCols
  1350.                                                        (MatrixMapCols None
  1351.                                                          (MatrixAnnotateColsTable "__uid_7"
  1352.                                                            (MatrixFilterCols
  1353.                                                              (MatrixMapCols None
  1354.                                                                (MatrixAnnotateColsTable "__uid_4"
  1355.                                                                  (MatrixMapCols None
  1356.                                                                    (MatrixAnnotateColsTable "__uid_3"
  1357.                                                                      (MatrixMapRows
  1358.                                                                        (MatrixRead None False False "{\"name\":\"MatrixBGENReader\",\"files\":[\"ukb_imp_chr16_v3.bgen\"],\"sampleFile\":\"ukb52480_imp_chr16_v3_s487314.sample\",\"indexFileMap\":{},\"blockSizeInMB\":128}")
  1359.                                                                        (MakeStruct
  1360.                                                                          (locus
  1361.                                                                            (GetField locus
  1362.                                                                              (Ref va)))
  1363.                                                                          (alleles
  1364.                                                                            (GetField alleles
  1365.                                                                              (Ref va)))
  1366.                                                                          (rsid
  1367.                                                                            (GetField rsid
  1368.                                                                              (Ref va)))
  1369.                                                                          (varid
  1370.                                                                            (GetField varid
  1371.                                                                              (Ref va)))))
  1372.                                                                      (TableFilter
  1373.                                                                        (TableLiteral)
  1374.                                                                        (Coalesce
  1375.                                                                          (ApplyUnaryPrimOp Bang
  1376.                                                                            (Apply isnan Boolean
  1377.                                                                              (GetField BMI
  1378.                                                                                (Ref row))))
  1379.                                                                          (False))))
  1380.                                                                    (InsertFields
  1381.                                                                      (SelectFields (s)
  1382.                                                                        (Ref sa))
  1383.                                                                      None
  1384.                                                                      (phenotype
  1385.                                                                        (GetField __uid_3
  1386.                                                                          (Ref sa)))))
  1387.                                                                  (TableFilter
  1388.                                                                    (TableLiteral)
  1389.                                                                    (ApplySpecial `&&` Boolean
  1390.                                                                      (Coalesce
  1391.                                                                        (ApplyUnaryPrimOp Bang
  1392.                                                                          (Apply isnan Boolean
  1393.                                                                            (GetField sex
  1394.                                                                              (Ref row))))
  1395.                                                                        (False))
  1396.                                                                      (Coalesce
  1397.                                                                        (ApplyUnaryPrimOp Bang
  1398.                                                                          (Apply isnan Boolean
  1399.                                                                            (GetField ethnic_group
  1400.                                                                              (Ref row))))
  1401.                                                                        (False)))))
  1402.                                                                (InsertFields
  1403.                                                                  (SelectFields (s phenotype)
  1404.                                                                    (Ref sa))
  1405.                                                                  None
  1406.                                                                  (ukbb
  1407.                                                                    (GetField __uid_4
  1408.                                                                      (Ref sa)))))
  1409.                                                              (ApplySpecial `&&` Boolean
  1410.                                                                (Coalesce
  1411.                                                                  (ApplyComparisonOp EQ
  1412.                                                                    (GetField ethnic_group
  1413.                                                                      (GetField ukbb
  1414.                                                                        (Ref sa)))
  1415.                                                                    (F64 1.0))
  1416.                                                                  (False))
  1417.                                                                (Coalesce
  1418.                                                                  (ApplyIR contains Boolean
  1419.                                                                    (Literal Set[String] <literal value>)
  1420.                                                                    (GetField s
  1421.                                                                      (Ref sa)))
  1422.                                                                  (False))))
  1423.                                                            (TableLiteral))
  1424.                                                          (InsertFields
  1425.                                                            (SelectFields (s phenotype ukbb)
  1426.                                                              (Ref sa))
  1427.                                                            None
  1428.                                                            (ukbb2
  1429.                                                              (GetField __uid_7
  1430.                                                                (Ref sa)))))
  1431.                                                        (ApplySpecial `&&` Boolean
  1432.                                                          (ApplySpecial `&&` Boolean
  1433.                                                            (Coalesce
  1434.                                                              (ApplyUnaryPrimOp Bang
  1435.                                                                (ApplyIR contains Boolean
  1436.                                                                  (Literal Set[String] <literal value>)
  1437.                                                                  (GetField s
  1438.                                                                    (Ref sa))))
  1439.                                                              (False))
  1440.                                                            (Coalesce
  1441.                                                              (ApplyUnaryPrimOp Bang
  1442.                                                                (ApplyIR contains Boolean
  1443.                                                                  (Literal Set[String] <literal value>)
  1444.                                                                  (GetField s
  1445.                                                                    (Ref sa))))
  1446.                                                              (False)))
  1447.                                                          (Coalesce
  1448.                                                            (ApplyUnaryPrimOp Bang
  1449.                                                              (ApplyIR contains Boolean
  1450.                                                                (Literal Set[String] <literal value>)
  1451.                                                                (GetField s
  1452.                                                                  (Ref sa))))
  1453.                                                            (False))))
  1454.                                                      (Let __iruid_41845
  1455.                                                        (AggLet __iruid_41846 False
  1456.                                                          (GetField GT
  1457.                                                            (Ref g))
  1458.                                                          (InsertFields
  1459.                                                            (Ref va)
  1460.                                                            None
  1461.                                                            (variant_qc
  1462.                                                              (Let __iruid_41847
  1463.                                                                (MakeStruct
  1464.                                                                  (n_called
  1465.                                                                    (ApplyAggOp Sum
  1466.                                                                      ()
  1467.                                                                      (
  1468.                                                                        (Apply toInt64 Int64
  1469.                                                                          (ApplyUnaryPrimOp Bang
  1470.                                                                            (IsNA
  1471.                                                                              (Ref __iruid_41846)))))))
  1472.                                                                  (n_not_called
  1473.                                                                    (ApplyAggOp Sum
  1474.                                                                      ()
  1475.                                                                      (
  1476.                                                                        (Apply toInt64 Int64
  1477.                                                                          (IsNA
  1478.                                                                            (Ref __iruid_41846))))))
  1479.                                                                  (n_filtered
  1480.                                                                    (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  1481.                                                                      (Cast Int64
  1482.                                                                        (Ref n_cols))
  1483.                                                                      (ApplyAggOp Count
  1484.                                                                        ()
  1485.                                                                        ())))
  1486.                                                                  (call_stats
  1487.                                                                    (ApplyAggOp CallStats
  1488.                                                                      (
  1489.                                                                        (ArrayLen
  1490.                                                                          (GetField alleles
  1491.                                                                            (Ref va))))
  1492.                                                                      (
  1493.                                                                        (Ref __iruid_41846)))))
  1494.                                                                (Let __iruid_41849
  1495.                                                                  (GetField call_stats
  1496.                                                                    (Ref __iruid_41847))
  1497.                                                                  (Let __iruid_41850
  1498.                                                                    (GetField homozygote_count
  1499.                                                                      (Ref __iruid_41849))
  1500.                                                                    (Let __iruid_41851
  1501.                                                                      (GetField n_called
  1502.                                                                        (Ref __iruid_41847))
  1503.                                                                      (Let __iruid_41852
  1504.                                                                        (GetField n_not_called
  1505.                                                                          (Ref __iruid_41847))
  1506.                                                                        (Let __iruid_41853
  1507.                                                                          (GetField n_filtered
  1508.                                                                            (Ref __iruid_41847))
  1509.                                                                          (Let __iruid_41854
  1510.                                                                            (If
  1511.                                                                              (ApplyComparisonOp EQ
  1512.                                                                                (ArrayLen
  1513.                                                                                  (GetField alleles
  1514.                                                                                    (Ref va)))
  1515.                                                                                (I32 2))
  1516.                                                                              (Let __iruid_41855
  1517.                                                                                (GetField call_stats
  1518.                                                                                  (Ref __iruid_41847))
  1519.                                                                                (Let __iruid_41856
  1520.                                                                                  (GetField homozygote_count
  1521.                                                                                    (Ref __iruid_41855))
  1522.                                                                                  (Apply hardy_weinberg_test Struct{het_freq_hwe:Float64,p_value:Float64}
  1523.                                                                                    (ApplyIR indexArray Int32
  1524.                                                                                      (Ref __iruid_41856)
  1525.                                                                                      (I32 0)
  1526.                                                                                      (Str "  File \"<i..."))
  1527.                                                                                    (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  1528.                                                                                      (ApplyIR indexArray Int32
  1529.                                                                                        (GetField AC
  1530.                                                                                          (Ref __iruid_41855))
  1531.                                                                                        (I32 1)
  1532.                                                                                        (Str "  File \"<i..."))
  1533.                                                                                      (ApplyBinaryPrimOp Multiply
  1534.                                                                                        (I32 2)
  1535.                                                                                        (ApplyIR indexArray Int32
  1536.                                                                                          (Ref __iruid_41856)
  1537.                                                                                          (I32 1)
  1538.                                                                                          (Str "  File \"<i..."))))
  1539.                                                                                    (ApplyIR indexArray Int32
  1540.                                                                                      (Ref __iruid_41856)
  1541.                                                                                      (I32 1)
  1542.                                                                                      (Str "  File \"<i...")))))
  1543.                                                                              (NA Struct{het_freq_hwe:Float64,p_value:Float64}))
  1544.                                                                            (MakeStruct
  1545.                                                                              (AC
  1546.                                                                                (GetField AC
  1547.                                                                                  (Ref __iruid_41849)))
  1548.                                                                              (AF
  1549.                                                                                (GetField AF
  1550.                                                                                  (Ref __iruid_41849)))
  1551.                                                                              (AN
  1552.                                                                                (GetField AN
  1553.                                                                                  (Ref __iruid_41849)))
  1554.                                                                              (homozygote_count
  1555.                                                                                (Ref __iruid_41850))
  1556.                                                                              (call_rate
  1557.                                                                                (ApplyBinaryPrimOp FloatingPointDivide
  1558.                                                                                  (Cast Float64
  1559.                                                                                    (Ref __iruid_41851))
  1560.                                                                                  (Cast Float64
  1561.                                                                                    (ApplyBinaryPrimOp Add
  1562.                                                                                      (ApplyBinaryPrimOp Add
  1563.                                                                                        (Ref __iruid_41851)
  1564.                                                                                        (Ref __iruid_41852))
  1565.                                                                                      (Ref __iruid_41853)))))
  1566.                                                                              (n_called
  1567.                                                                                (Ref __iruid_41851))
  1568.                                                                              (n_not_called
  1569.                                                                                (Ref __iruid_41852))
  1570.                                                                              (n_filtered
  1571.                                                                                (Ref __iruid_41853))
  1572.                                                                              (n_het
  1573.                                                                                (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  1574.                                                                                  (Ref __iruid_41851)
  1575.                                                                                  (Cast Int64
  1576.                                                                                    (ArrayFold __iruid_41862 __iruid_41863
  1577.                                                                                      (ArrayFilter __iruid_41860
  1578.                                                                                        (Ref __iruid_41850)
  1579.                                                                                        (ApplyUnaryPrimOp Bang
  1580.                                                                                          (IsNA
  1581.                                                                                            (Ref __iruid_41860))))
  1582.                                                                                      (Cast Int32
  1583.                                                                                        (I64 0))
  1584.                                                                                      (ApplyBinaryPrimOp Add
  1585.                                                                                        (Ref __iruid_41862)
  1586.                                                                                        (Ref __iruid_41863))))))
  1587.                                                                              (n_non_ref
  1588.                                                                                (ApplyBinaryPrimOp Subtract
  1589.                                                                                  (Ref __iruid_41851)
  1590.                                                                                  (Cast Int64
  1591.                                                                                    (ApplyIR indexArray Int32
  1592.                                                                                      (Ref __iruid_41850)
  1593.                                                                                      (I32 0)
  1594.                                                                                      (Str "  File \"<i...")))))
  1595.                                                                              (het_freq_hwe
  1596.                                                                                (GetField het_freq_hwe
  1597.                                                                                  (Ref __iruid_41854)))
  1598.                                                                              (p_value_hwe
  1599.                                                                                (GetField p_value
  1600.                                                                                  (Ref __iruid_41854))))))))))))))
  1601.                                                        (Let __iruid_41865
  1602.                                                          (GetField alleles
  1603.                                                            (Ref __iruid_41845))
  1604.                                                          (Let __iruid_41866
  1605.                                                            (ArrayMap __iruid_41867
  1606.                                                              (ToArray
  1607.                                                                (StreamRange
  1608.                                                                  (I32 0)
  1609.                                                                  (ArrayLen
  1610.                                                                    (Ref __iruid_41865))
  1611.                                                                  (I32 1)))
  1612.                                                              (ApplySpecial `||` Boolean
  1613.                                                                (ApplyComparisonOp EQ
  1614.                                                                  (Ref __iruid_41867)
  1615.                                                                  (I32 0))
  1616.                                                                (ApplyComparisonOp EQ
  1617.                                                                  (ApplyIR __uid_1 Int32
  1618.                                                                    (ApplyIR indexArray String
  1619.                                                                      (Ref __iruid_41865)
  1620.                                                                      (I32 0)
  1621.                                                                      (Str "  File \"<i..."))
  1622.                                                                    (ApplyIR indexArray String
  1623.                                                                      (Ref __iruid_41865)
  1624.                                                                      (Ref __iruid_41867)
  1625.                                                                      (Str "  File \"<i...")))
  1626.                                                                  (I32 1))))
  1627.                                                            (Let __iruid_41868
  1628.                                                              (GetField alleles
  1629.                                                                (Ref __iruid_41845))
  1630.                                                              (Let __iruid_41869
  1631.                                                                (ArrayMap __iruid_41870
  1632.                                                                  (ArrayFilter __iruid_41871
  1633.                                                                    (ArrayMap __iruid_41872
  1634.                                                                      (ToArray
  1635.                                                                        (StreamRange
  1636.                                                                          (I32 0)
  1637.                                                                          (ArrayLen
  1638.                                                                            (Ref __iruid_41866))
  1639.                                                                          (I32 1)))
  1640.                                                                      (MakeTuple (0 1)
  1641.                                                                        (Ref __iruid_41872)
  1642.                                                                        (ApplyIR indexArray Boolean
  1643.                                                                          (Ref __iruid_41866)
  1644.                                                                          (Ref __iruid_41872)
  1645.                                                                          (Str "  File \"<i..."))))
  1646.                                                                    (GetTupleElement 1
  1647.                                                                      (Ref __iruid_41871)))
  1648.                                                                  (GetTupleElement 0
  1649.                                                                    (Ref __iruid_41870)))
  1650.                                                                (Let __iruid_41873
  1651.                                                                  (Apply min_rep Struct{locus:Locus(GRCh37),alleles:Array[String]}
  1652.                                                                    (GetField locus
  1653.                                                                      (Ref __iruid_41845))
  1654.                                                                    (ArrayMap __iruid_41874
  1655.                                                                      (Ref __iruid_41869)
  1656.                                                                      (ApplyIR indexArray String
  1657.                                                                        (GetField alleles
  1658.                                                                          (Ref __iruid_41845))
  1659.                                                                        (Ref __iruid_41874)
  1660.                                                                        (Str "  File \"<i..."))))
  1661.                                                                  (InsertFields
  1662.                                                                    (Ref __iruid_41845)
  1663.                                                                    ("locus" "alleles" "rsid" "varid" "variant_qc" "__allele_inclusion" "old_locus" "old_alleles" "old_to_new" "new_to_old" "__new_locus" "__new_alleles")
  1664.                                                                    (__allele_inclusion
  1665.                                                                      (Ref __iruid_41866))
  1666.                                                                    (old_locus
  1667.                                                                      (GetField locus
  1668.                                                                        (Ref __iruid_41845)))
  1669.                                                                    (old_alleles
  1670.                                                                      (Ref __iruid_41865))
  1671.                                                                    (old_to_new
  1672.                                                                      (Let __iruid_41875
  1673.                                                                        (ToDict
  1674.                                                                          (ArrayMap __iruid_41876
  1675.                                                                            (Let __iruid_41877
  1676.                                                                              (ArrayFilter __iruid_41878
  1677.                                                                                (ArrayMap __iruid_41879
  1678.                                                                                  (ToArray
  1679.                                                                                    (StreamRange
  1680.                                                                                      (I32 0)
  1681.                                                                                      (ArrayLen
  1682.                                                                                        (Ref __iruid_41868))
  1683.                                                                                      (I32 1)))
  1684.                                                                                  (MakeTuple (0 1)
  1685.                                                                                    (Ref __iruid_41879)
  1686.                                                                                    (ApplyIR indexArray String
  1687.                                                                                      (Ref __iruid_41868)
  1688.                                                                                      (Ref __iruid_41879)
  1689.                                                                                      (Str "  File \"<i..."))))
  1690.                                                                                (ApplyIR indexArray Boolean
  1691.                                                                                  (Ref __iruid_41866)
  1692.                                                                                  (GetTupleElement 0
  1693.                                                                                    (Ref __iruid_41878))
  1694.                                                                                  (Str "  File \"<i...")))
  1695.                                                                              (ArrayMap __iruid_41880
  1696.                                                                                (ToArray
  1697.                                                                                  (StreamRange
  1698.                                                                                    (I32 0)
  1699.                                                                                    (ArrayLen
  1700.                                                                                      (Ref __iruid_41877))
  1701.                                                                                    (I32 1)))
  1702.                                                                                (MakeTuple (0 1)
  1703.                                                                                  (Ref __iruid_41880)
  1704.                                                                                  (ApplyIR indexArray Tuple[Int32,String]
  1705.                                                                                    (Ref __iruid_41877)
  1706.                                                                                    (Ref __iruid_41880)
  1707.                                                                                    (Str "  File \"<i...")))))
  1708.                                                                            (MakeTuple (0 1)
  1709.                                                                              (GetTupleElement 1
  1710.                                                                                (GetTupleElement 1
  1711.                                                                                  (Ref __iruid_41876)))
  1712.                                                                              (GetTupleElement 0
  1713.                                                                                (Ref __iruid_41876)))))
  1714.                                                                        (ArrayMap __iruid_41881
  1715.                                                                          (Ref __iruid_41868)
  1716.                                                                          (ApplyIR get Int32
  1717.                                                                            (Ref __iruid_41875)
  1718.                                                                            (Ref __iruid_41881)))))
  1719.                                                                    (new_to_old
  1720.                                                                      (Ref __iruid_41869))
  1721.                                                                    (__new_locus
  1722.                                                                      (GetField locus
  1723.                                                                        (Ref __iruid_41873)))
  1724.                                                                    (__new_alleles
  1725.                                                                      (GetField alleles
  1726.                                                                        (Ref __iruid_41873)))))))))))
  1727.                                                    (ApplySpecial `&&` Boolean
  1728.                                                      (Coalesce
  1729.                                                        (ApplyComparisonOp GT
  1730.                                                          (ArrayLen
  1731.                                                            (GetField __new_alleles
  1732.                                                              (Ref va)))
  1733.                                                          (I32 1))
  1734.                                                        (False))
  1735.                                                      (Coalesce
  1736.                                                        (ApplySpecial `||` Boolean
  1737.                                                          (ApplyComparisonOp NEQ
  1738.                                                            (GetField locus
  1739.                                                              (Ref va))
  1740.                                                            (GetField __new_locus
  1741.                                                              (Ref va)))
  1742.                                                          (ApplyComparisonOp NEQ
  1743.                                                            (GetField alleles
  1744.                                                              (Ref va))
  1745.                                                            (GetField __new_alleles
  1746.                                                              (Ref va))))
  1747.                                                        (False)))))
  1748.                                                (InsertFields
  1749.                                                  (Ref va)
  1750.                                                  None
  1751.                                                  (locus
  1752.                                                    (GetField __new_locus
  1753.                                                      (Ref va)))
  1754.                                                  (alleles
  1755.                                                    (GetField __new_alleles
  1756.                                                      (Ref va)))))))
  1757.                                          (MakeStruct
  1758.                                            (locus
  1759.                                              (GetField locus
  1760.                                                (Ref va)))
  1761.                                            (alleles
  1762.                                              (GetField alleles
  1763.                                                (Ref va)))
  1764.                                            (rsid
  1765.                                              (GetField rsid
  1766.                                                (Ref va)))
  1767.                                            (varid
  1768.                                              (GetField varid
  1769.                                                (Ref va)))
  1770.                                            (variant_qc
  1771.                                              (GetField variant_qc
  1772.                                                (Ref va)))
  1773.                                            (old_locus
  1774.                                              (GetField old_locus
  1775.                                                (Ref va)))
  1776.                                            (old_alleles
  1777.                                              (GetField old_alleles
  1778.                                                (Ref va)))
  1779.                                            (old_to_new
  1780.                                              (GetField old_to_new
  1781.                                                (Ref va)))
  1782.                                            (new_to_old
  1783.                                              (GetField new_to_old
  1784.                                                (Ref va)))))
  1785.                                        (Coalesce
  1786.                                          (ApplyComparisonOp GT
  1787.                                            (GetField p_value_hwe
  1788.                                              (GetField variant_qc
  1789.                                                (Ref va)))
  1790.                                            (F64 1.0E-10))
  1791.                                          (False)))
  1792.                                      (InsertFields
  1793.                                        (SelectFields (locus alleles)
  1794.                                          (Ref va))
  1795.                                        None
  1796.                                        (__uid_38
  1797.                                          (GetField varid
  1798.                                            (Ref va)))))))
  1799.                                (TableLiteral))
  1800.                              (InsertFields
  1801.                                (SelectFields (locus alleles __uid_38)
  1802.                                  (Ref row))
  1803.                                None
  1804.                                (__uid_39
  1805.                                  (GetField __uid_40
  1806.                                    (Ref row)))))
  1807.                            (MakeStruct
  1808.                              (__uid_37
  1809.                                (Let __iruid_41885
  1810.                                  (ApplyAggOp Collect
  1811.                                    ()
  1812.                                    (
  1813.                                      (MakeTuple (0 1)
  1814.                                        (MakeTuple (0)
  1815.                                          (GetField __uid_38
  1816.                                            (Ref row)))
  1817.                                        (GetField __uid_39
  1818.                                          (Ref row)))))
  1819.                                  (ToDict
  1820.                                    (Ref __iruid_41885)))))
  1821.                            (SelectFields (locus alleles)
  1822.                              (Ref row))))
  1823.                        (InsertFields
  1824.                          (SelectFields (locus alleles rsid varid variant_qc old_locus old_alleles old_to_new new_to_old)
  1825.                            (Ref va))
  1826.                          None
  1827.                          (SNP_info
  1828.                            (ApplyIR get Struct{MAF:Float64,minor_allele:String,info_score:Float64}
  1829.                              (GetField __uid_37
  1830.                                (GetField __uid_37
  1831.                                  (Ref va)))
  1832.                              (MakeTuple (0)
  1833.                                (GetField varid
  1834.                                  (Ref va)))))))
  1835.                      (ApplySpecial `&&` Boolean
  1836.                        (Coalesce
  1837.                          (ApplyComparisonOp GT
  1838.                            (GetField info_score
  1839.                              (GetField SNP_info
  1840.                                (Ref va)))
  1841.                            (F64 0.4))
  1842.                          (False))
  1843.                        (Coalesce
  1844.                          (ApplyComparisonOp GT
  1845.                            (GetField MAF
  1846.                              (GetField SNP_info
  1847.                                (Ref va)))
  1848.                            (F64 0.001))
  1849.                          (False))))
  1850.                    (TableLiteral))
  1851.                  (Let __iruid_41887
  1852.                    (SelectFields (s phenotype ukbb ukbb2)
  1853.                      (Ref sa))
  1854.                    (InsertFields
  1855.                      (Ref __iruid_41887)
  1856.                      ("s" "phenotype" "ukbb" "ukbb2" "PCA" "__uid_43" "__uid_44")
  1857.                      (PCA
  1858.                        (GetField __uid_41
  1859.                          (Ref sa)))
  1860.                      (__uid_43
  1861.                        (GetField BMI
  1862.                          (GetField phenotype
  1863.                            (Ref __iruid_41887))))
  1864.                      (__uid_44
  1865.                        (F64 1.0)))))
  1866.                (InsertFields
  1867.                  (Ref g)
  1868.                  None
  1869.                  (__uid_45
  1870.                    (Apply dosage Float64
  1871.                      (GetField GP
  1872.                        (Ref g))))))
  1873.              (SelectFields (phenotype ukbb ukbb2 PCA __uid_43 __uid_44)
  1874.                (Ref sa)))
  1875.            (MakeStruct
  1876.              (locus
  1877.                (GetField locus
  1878.                  (Ref va)))
  1879.              (alleles
  1880.                (GetField alleles
  1881.                  (Ref va)))))
  1882.          (SelectFields (__uid_43 __uid_44)
  1883.            (Ref sa)))
  1884.        (SelectFields (__uid_45)
  1885.          (Ref g)))))
  1886.  (InsertFields
  1887.    (Ref row)
  1888.    None
  1889.    (y_transpose_x
  1890.      (ApplyIR indexArray Float64
  1891.        (GetField y_transpose_x
  1892.          (Ref row))
  1893.        (I32 0)
  1894.        (Str "  File \"<i...")))
  1895.    (beta
  1896.      (ApplyIR indexArray Float64
  1897.        (GetField beta
  1898.          (Ref row))
  1899.        (I32 0)
  1900.        (Str "  File \"<i...")))
  1901.    (standard_error
  1902.      (ApplyIR indexArray Float64
  1903.        (GetField standard_error
  1904.          (Ref row))
  1905.        (I32 0)
  1906.        (Str "  File \"<i...")))
  1907.    (t_stat
  1908.      (ApplyIR indexArray Float64
  1909.        (GetField t_stat
  1910.          (Ref row))
  1911.        (I32 0)
  1912.        (Str "  File \"<i...")))
  1913.    (p_value
  1914.      (ApplyIR indexArray Float64
  1915.        (GetField p_value
  1916.          (Ref row))
  1917.        (I32 0)
  1918.        (Str "  File \"<i...")))))
  1919.     at is.hail.utils.ErrorHandling$class.fatal(ErrorHandling.scala:11)
  1920.     at is.hail.utils.package$.fatal(package.scala:74)
  1921.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.apply(PruneDeadFields.scala:73)
  1922.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$apply$1$$anonfun$apply$mcV$sp$6.apply(Optimize.scala:28)
  1923.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$apply$1$$anonfun$apply$mcV$sp$6.apply(Optimize.scala:28)
  1924.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$is$hail$expr$ir$Optimize$$runOpt$1$1.apply(Optimize.scala:17)
  1925.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$is$hail$expr$ir$Optimize$$runOpt$1$1.apply(Optimize.scala:17)
  1926.     at is.hail.utils.ExecutionTimer.time(ExecutionTimer.scala:69)
  1927.     at is.hail.expr.ir.Optimize$.is$hail$expr$ir$Optimize$$runOpt$1(Optimize.scala:17)
  1928.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$apply$1.apply$mcV$sp(Optimize.scala:28)
  1929.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$apply$1.apply(Optimize.scala:21)
  1930.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$apply$1.apply(Optimize.scala:21)
  1931.     at is.hail.utils.ExecutionTimer.time(ExecutionTimer.scala:69)
  1932.     at is.hail.expr.ir.Optimize$.apply(Optimize.scala:20)
  1933.     at is.hail.expr.ir.lowering.LoweringPipeline.apply(LoweringPipeline.scala:16)
  1934.     at is.hail.expr.ir.Interpret$.apply(Interpret.scala:23)
  1935.     at is.hail.expr.ir.TableIR$$anonfun$persist$1.apply(TableIR.scala:49)
  1936.     at is.hail.expr.ir.TableIR$$anonfun$persist$1.apply(TableIR.scala:48)
  1937.     at is.hail.utils.package$.using(package.scala:596)
  1938.     at is.hail.expr.ir.ExecuteContext$$anonfun$scoped$1.apply(ExecuteContext.scala:10)
  1939.     at is.hail.expr.ir.ExecuteContext$$anonfun$scoped$1.apply(ExecuteContext.scala:9)
  1940.     at is.hail.utils.package$.using(package.scala:596)
  1941.     at is.hail.annotations.Region$.scoped(Region.scala:18)
  1942.     at is.hail.expr.ir.ExecuteContext$.scoped(ExecuteContext.scala:9)
  1943.     at is.hail.expr.ir.TableIR.persist(TableIR.scala:48)
  1944.     at is.hail.expr.ir.TableIR.pyPersist(TableIR.scala:68)
  1945.     at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
  1946.     at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
  1947.     at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
  1948.     at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
  1949.     at py4j.reflection.MethodInvoker.invoke(MethodInvoker.java:244)
  1950.     at py4j.reflection.ReflectionEngine.invoke(ReflectionEngine.java:357)
  1951.     at py4j.Gateway.invoke(Gateway.java:282)
  1952.     at py4j.commands.AbstractCommand.invokeMethod(AbstractCommand.java:132)
  1953.     at py4j.commands.CallCommand.execute(CallCommand.java:79)
  1954.     at py4j.GatewayConnection.run(GatewayConnection.java:238)
  1955.     at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)
  1956.  
  1957. java.lang.AssertionError: assertion failed
  1958.     at scala.Predef$.assert(Predef.scala:156)
  1959.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.upcast(PruneDeadFields.scala:1867)
  1960.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.upcast(PruneDeadFields.scala:1849)
  1961.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$$anonfun$175.apply(PruneDeadFields.scala:1841)
  1962.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$$anonfun$175.apply(PruneDeadFields.scala:1840)
  1963.     at scala.collection.TraversableLike$$anonfun$map$1.apply(TraversableLike.scala:234)
  1964.     at scala.collection.TraversableLike$$anonfun$map$1.apply(TraversableLike.scala:234)
  1965.     at scala.collection.IndexedSeqOptimized$class.foreach(IndexedSeqOptimized.scala:33)
  1966.     at scala.collection.mutable.WrappedArray.foreach(WrappedArray.scala:35)
  1967.     at scala.collection.TraversableLike$class.map(TraversableLike.scala:234)
  1968.     at scala.collection.AbstractTraversable.map(Traversable.scala:104)
  1969.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.upcast(PruneDeadFields.scala:1840)
  1970.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.upcast(PruneDeadFields.scala:1889)
  1971.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$$anonfun$rebuild$4.apply(PruneDeadFields.scala:1507)
  1972.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$$anonfun$rebuild$4.apply(PruneDeadFields.scala:1506)
  1973.     at scala.collection.TraversableLike$$anonfun$map$1.apply(TraversableLike.scala:234)
  1974.     at scala.collection.TraversableLike$$anonfun$map$1.apply(TraversableLike.scala:234)
  1975.     at scala.collection.mutable.ResizableArray$class.foreach(ResizableArray.scala:59)
  1976.     at scala.collection.mutable.ArrayBuffer.foreach(ArrayBuffer.scala:48)
  1977.     at scala.collection.TraversableLike$class.map(TraversableLike.scala:234)
  1978.     at scala.collection.AbstractTraversable.map(Traversable.scala:104)
  1979.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1506)
  1980.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1465)
  1981.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1456)
  1982.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1515)
  1983.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1465)
  1984.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1456)
  1985.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1475)
  1986.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1462)
  1987.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1475)
  1988.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1465)
  1989.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1475)
  1990.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1462)
  1991.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1529)
  1992.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$$anonfun$rebuild$3.apply(PruneDeadFields.scala:1432)
  1993.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$$anonfun$rebuild$3.apply(PruneDeadFields.scala:1429)
  1994.     at scala.collection.TraversableLike$$anonfun$map$1.apply(TraversableLike.scala:234)
  1995.     at scala.collection.TraversableLike$$anonfun$map$1.apply(TraversableLike.scala:234)
  1996.     at scala.collection.IndexedSeqOptimized$class.foreach(IndexedSeqOptimized.scala:33)
  1997.     at scala.collection.mutable.WrappedArray.foreach(WrappedArray.scala:35)
  1998.     at scala.collection.TraversableLike$class.map(TraversableLike.scala:234)
  1999.     at scala.collection.AbstractTraversable.map(Traversable.scala:104)
  2000.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1429)
  2001.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.rebuild(PruneDeadFields.scala:1358)
  2002.     at is.hail.expr.ir.PruneDeadFields$.apply(PruneDeadFields.scala:82)
  2003.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$apply$1$$anonfun$apply$mcV$sp$6.apply(Optimize.scala:28)
  2004.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$apply$1$$anonfun$apply$mcV$sp$6.apply(Optimize.scala:28)
  2005.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$is$hail$expr$ir$Optimize$$runOpt$1$1.apply(Optimize.scala:17)
  2006.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$is$hail$expr$ir$Optimize$$runOpt$1$1.apply(Optimize.scala:17)
  2007.     at is.hail.utils.ExecutionTimer.time(ExecutionTimer.scala:69)
  2008.     at is.hail.expr.ir.Optimize$.is$hail$expr$ir$Optimize$$runOpt$1(Optimize.scala:17)
  2009.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$apply$1.apply$mcV$sp(Optimize.scala:28)
  2010.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$apply$1.apply(Optimize.scala:21)
  2011.     at is.hail.expr.ir.Optimize$$anonfun$apply$1.apply(Optimize.scala:21)
  2012.     at is.hail.utils.ExecutionTimer.time(ExecutionTimer.scala:69)
  2013.     at is.hail.expr.ir.Optimize$.apply(Optimize.scala:20)
  2014.     at is.hail.expr.ir.lowering.LoweringPipeline.apply(LoweringPipeline.scala:16)
  2015.     at is.hail.expr.ir.Interpret$.apply(Interpret.scala:23)
  2016.     at is.hail.expr.ir.TableIR$$anonfun$persist$1.apply(TableIR.scala:49)
  2017.     at is.hail.expr.ir.TableIR$$anonfun$persist$1.apply(TableIR.scala:48)
  2018.     at is.hail.utils.package$.using(package.scala:596)
  2019.     at is.hail.expr.ir.ExecuteContext$$anonfun$scoped$1.apply(ExecuteContext.scala:10)
  2020.     at is.hail.expr.ir.ExecuteContext$$anonfun$scoped$1.apply(ExecuteContext.scala:9)
  2021.     at is.hail.utils.package$.using(package.scala:596)
  2022.     at is.hail.annotations.Region$.scoped(Region.scala:18)
  2023.     at is.hail.expr.ir.ExecuteContext$.scoped(ExecuteContext.scala:9)
  2024.     at is.hail.expr.ir.TableIR.persist(TableIR.scala:48)
  2025.     at is.hail.expr.ir.TableIR.pyPersist(TableIR.scala:68)
  2026.     at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
  2027.     at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
  2028.     at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
  2029.     at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
  2030.     at py4j.reflection.MethodInvoker.invoke(MethodInvoker.java:244)
  2031.     at py4j.reflection.ReflectionEngine.invoke(ReflectionEngine.java:357)
  2032.     at py4j.Gateway.invoke(Gateway.java:282)
  2033.     at py4j.commands.AbstractCommand.invokeMethod(AbstractCommand.java:132)
  2034.     at py4j.commands.CallCommand.execute(CallCommand.java:79)
  2035.     at py4j.GatewayConnection.run(GatewayConnection.java:238)
  2036.     at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)
  2037.  
  2038.  
  2039.  
  2040.  
  2041. Hail version: 0.2.33-5d8cae649505
  2042. Error summary: AssertionError: assertion failed
RAW Paste Data
We use cookies for various purposes including analytics. By continuing to use Pastebin, you agree to our use of cookies as described in the Cookies Policy. OK, I Understand
Top