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Bioconductor devel

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May 8th, 2017
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raw download clone embed print report
  1. > library("ChAMP")
  2. Loading required package: minfi
  3. Loading required package: BiocGenerics
  4. Loading required package: parallel
  5.  
  6. Attaching package: ‘BiocGenerics’
  7.  
  8. The following objects are masked from ‘package:parallel’:
  9.  
  10.     clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ, clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply, parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
  11.  
  12. The following objects are masked from ‘package:stats’:
  13.  
  14.     IQR, mad, sd, var, xtabs
  15.  
  16. The following objects are masked from ‘package:base’:
  17.  
  18.     anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colMeans, colnames, colSums, do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted, lapply,
  19.     lengths, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rowMeans, rownames, rowSums, sapply, setdiff, sort, table,
  20.     tapply, union, unique, unsplit, which, which.max, which.min
  21.  
  22. Loading required package: GenomicRanges
  23. Loading required package: stats4
  24. Loading required package: S4Vectors
  25.  
  26. Attaching package: ‘S4Vectors’
  27.  
  28. The following object is masked from ‘package:base’:
  29.  
  30.     expand.grid
  31.  
  32. Loading required package: IRanges
  33. Loading required package: GenomeInfoDb
  34. Loading required package: SummarizedExperiment
  35. Loading required package: Biobase
  36. Welcome to Bioconductor
  37.  
  38.     Vignettes contain introductory material; view with 'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see 'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.
  39.  
  40. Loading required package: DelayedArray
  41. Loading required package: matrixStats
  42.  
  43. Attaching package: ‘matrixStats’
  44.  
  45. The following objects are masked from ‘package:Biobase’:
  46.  
  47.     anyMissing, rowMedians
  48.  
  49.  
  50. Attaching package: ‘DelayedArray’
  51.  
  52. The following objects are masked from ‘package:matrixStats’:
  53.  
  54.     colMaxs, colMins, colRanges, rowMaxs, rowMins, rowRanges
  55.  
  56. The following object is masked from ‘package:base’:
  57.  
  58.     apply
  59.  
  60. Loading required package: Biostrings
  61. Loading required package: XVector
  62.  
  63. Attaching package: ‘Biostrings’
  64.  
  65. The following object is masked from ‘package:DelayedArray’:
  66.  
  67.     type
  68.  
  69. The following object is masked from ‘package:base’:
  70.  
  71.     strsplit
  72.  
  73. Loading required package: bumphunter
  74. Loading required package: foreach
  75. foreach: simple, scalable parallel programming from Revolution Analytics
  76. Use Revolution R for scalability, fault tolerance and more.
  77. http://www.revolutionanalytics.com
  78. Loading required package: iterators
  79. Loading required package: locfit
  80. locfit 1.5-9.1   2013-03-22
  81. Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
  82. Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)
  83. Loading required package: ChAMPdata
  84. Loading required package: FEM
  85. Loading required package: AnnotationDbi
  86. Loading required package: Matrix
  87.  
  88. Attaching package: ‘Matrix’
  89.  
  90. The following object is masked from ‘package:S4Vectors’:
  91.  
  92.     expand
  93.  
  94. Loading required package: marray
  95. Loading required package: limma
  96.  
  97. Attaching package: ‘limma’
  98.  
  99. The following object is masked from ‘package:BiocGenerics’:
  100.  
  101.     plotMA
  102.  
  103. Loading required package: corrplot
  104. Loading required package: igraph
  105.  
  106. Attaching package: ‘igraph’
  107.  
  108. The following object is masked from ‘package:Biostrings’:
  109.  
  110.     union
  111.  
  112. The following object is masked from ‘package:GenomicRanges’:
  113.  
  114.     union
  115.  
  116. The following object is masked from ‘package:IRanges’:
  117.  
  118.     union
  119.  
  120. The following object is masked from ‘package:S4Vectors’:
  121.  
  122.     union
  123.  
  124. The following objects are masked from ‘package:BiocGenerics’:
  125.  
  126.     normalize, union
  127.  
  128. The following objects are masked from ‘package:stats’:
  129.  
  130.     decompose, spectrum
  131.  
  132. The following object is masked from ‘package:base’:
  133.  
  134.     union
  135.  
  136. Loading required package: impute
  137. Loading required package: org.Hs.eg.db
  138.  
  139. Loading required package: graph
  140.  
  141. Attaching package: ‘graph’
  142.  
  143. The following objects are masked from ‘package:igraph’:
  144.  
  145.     degree, edges, intersection
  146.  
  147. The following object is masked from ‘package:Biostrings’:
  148.  
  149.     complement
  150.  
  151. Loading required package: DMRcate
  152. Loading required package: DSS
  153. Loading required package: bsseq
  154.  
  155. Attaching package: ‘bsseq’
  156.  
  157. The following object is masked from ‘package:minfi’:
  158.  
  159.     getMeth
  160.  
  161. Loading required package: splines
  162. Loading required package: DMRcatedata
  163.  
  164. Loading required package: Illumina450ProbeVariants.db
  165. Loading required package: IlluminaHumanMethylationEPICmanifest
  166. Package loaded
  167.        ___ _      _   __  __ ___
  168.       / __| |_   /_\ |  \/  | _ \
  169.      | (__| ' \ / _ \| |\/| |  _/
  170.      \___|_||_/_/ \_\_|  |_|_|  
  171.      ------------------------------
  172. ChAMP provides comprehensive integrated analysis pipeline for DNA methylation HumanMethylation Beadchip.
  173.  
  174. You may use vignette("ChAMP") to view html version guildbook.
  175.  
  176. If you have any question or suggestion about ChAMP, please email to [email protected].
  177. There were 15 warnings (use warnings() to see them)
  178. > testDir=system.file("extdata",package="ChAMPdata")
  179. > myLoad <- champ.load(testDir,arraytype="450K")
  180. [===========================]
  181. [<<<< ChAMP.LOAD START >>>>>]
  182. -----------------------------
  183. Loading data from C:/Program Files/R/R-3.4.0patched/library/ChAMPdata/extdata
  184. [read.metharray.sheet] Found the following CSV files:
  185. [1] "C:/Program Files/R/R-3.4.0patched/library/ChAMPdata/extdata/lung_test_set.csv"
  186. Loading required package: IlluminaHumanMethylation450kmanifest
  187. << Read DataSet Success. >>
  188.  
  189. The fraction of failed positions per sample
  190.  
  191.            (You may need to delete samples with high proportion of failed probes
  192. ):
  193.   Failed CpG Fraction.
  194. C1         0.0013429122
  195. C2         0.0022162171
  196. C3         0.0003563249
  197. C4         0.0002842360
  198. T1         0.0003831007
  199. T2         0.0011946152
  200. T3         0.0014953286
  201. T4         0.0015447610
  202. Filtering probes with a detection p-value above 0.01 in one or more samples has removed 2728 probes from the analysis. If a large number of probes have been removed, ChAMP suggests you to identify potentially bad samples.
  203. << Filter DetP Done. >>
  204.  
  205. Error in (function (classes, fdef, mtable)  :
  206.  unable to find an inherited method for function 'assayData' for signature '"RGChannelSetExtended"'
  207. > sessionInfo()
  208. R version 3.4.0 Patched (2017-05-05 r72662)
  209. Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
  210. Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
  211.  
  212. Matrix products: default
  213.  
  214. locale:
  215. [1] LC_COLLATE=English_United Kingdom.1252  LC_CTYPE=English_United Kingdom.1252    LC_MONETARY=English_United Kingdom.1252 LC_NUMERIC=C                          
  216. [5] LC_TIME=English_United Kingdom.1252    
  217.  
  218. attached base packages:
  219. [1] splines   stats4    parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base    
  220.  
  221. other attached packages:
  222. [1] IlluminaHumanMethylation450kmanifest_0.4.0 ChAMP_2.9.0                                IlluminaHumanMethylationEPICmanifest_0.3.0 Illumina450ProbeVariants.db_1.13.0        
  223. [5] DMRcate_1.13.0                             DMRcatedata_1.13.0                         DSS_2.17.0                                 bsseq_1.13.2                              
  224. [9] FEM_3.5.0                                  graph_1.55.0                               org.Hs.eg.db_3.4.1                         impute_1.51.0                            
  225. [13] igraph_1.0.1                               corrplot_0.77                              marray_1.55.0                              limma_3.33.2                              
  226. [17] Matrix_1.2-10                              AnnotationDbi_1.39.0                       ChAMPdata_2.9.0                            minfi_1.23.2                              
  227. [21] bumphunter_1.17.0                          locfit_1.5-9.1                             iterators_1.0.8                            foreach_1.4.3                            
  228. [25] Biostrings_2.45.0                          XVector_0.17.0                             SummarizedExperiment_1.7.2                 DelayedArray_0.3.4                        
  229. [29] matrixStats_0.52.2                         Biobase_2.37.2                             GenomicRanges_1.29.3                       GenomeInfoDb_1.13.1                      
  230. [33] IRanges_2.11.1                             S4Vectors_0.15.1                           BiocGenerics_0.23.0                        BiocInstaller_1.27.2                      
  231.  
  232. loaded via a namespace (and not attached):
  233.  [1] R.utils_2.5.0                                       IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19_0.6.0 RSQLite_1.1-2                                      
  234.  [4] htmlwidgets_0.8                                     trimcluster_0.1-2                                   grid_3.4.0                                        
  235.  [7] BiocParallel_1.11.1                                 munsell_0.4.3                                       codetools_0.2-15                                  
  236. [10] preprocessCore_1.39.0                               statmod_1.4.29                                      colorspace_1.3-2                                  
  237. [13] fastICA_1.2-0                                       knitr_1.15.1                                        robustbase_0.92-7                                  
  238. [16] JADE_2.0-0                                          isva_1.9                                            GenomeInfoDbData_0.99.0                            
  239. [19] biovizBase_1.25.1                                   diptest_0.75-7                                      R6_2.2.0                                          
  240. [22] doParallel_1.0.10                                   illuminaio_0.19.0                                   clue_0.3-53                                        
  241. [25] AnnotationFilter_1.1.0                              flexmix_2.3-14                                      bitops_1.0-6                                      
  242. [28] reshape_0.8.6                                       assertthat_0.2.0                                    IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19_0.6.0
  243. [31] scales_0.4.1                                        nnet_7.3-12                                         gtable_0.2.0                                      
  244. [34] methylumi_2.23.0                                    sva_3.25.0                                          ensembldb_2.1.3                                    
  245. [37] genefilter_1.59.0                                   rtracklayer_1.37.0                                  lazyeval_0.2.0                                    
  246. [40] acepack_1.4.1                                       GEOquery_2.43.0                                     dichromat_2.0-0                                    
  247. [43] checkmate_1.8.2                                     yaml_2.1.14                                         reshape2_1.4.2                                    
  248. [46] GenomicFeatures_1.29.1                              backports_1.0.5                                     httpuv_1.3.3                                      
  249. [49] qvalue_2.9.0                                        Hmisc_4.0-3                                         tools_3.4.0                                        
  250. [52] nor1mix_1.2-2                                       ggplot2_2.2.1                                       RColorBrewer_1.1-2                                
  251. [55] DNAcopy_1.51.0                                      siggenes_1.51.0                                     Rcpp_0.12.10                                      
  252. [58] plyr_1.8.4                                          base64enc_0.1-3                                     progress_1.1.2                                    
  253. [61] zlibbioc_1.23.0                                     purrr_0.2.2                                         RCurl_1.95-4.8                                    
  254. [64] BiasedUrn_1.07                                      prettyunits_1.0.2                                   rpart_4.1-11                                      
  255. [67] openssl_0.9.6                                       viridis_0.4.0                                       cluster_2.0.6                                      
  256. [70] magrittr_1.5                                        data.table_1.10.4                                   goseq_1.29.0                                      
  257. [73] mvtnorm_1.0-6                                       wateRmelon_1.21.0                                   whisker_0.3-2                                      
  258. [76] ProtGenerics_1.9.0                                  missMethyl_1.11.0                                   RPMM_1.25                                          
  259. [79] mime_0.5                                            xtable_1.8-2                                        XML_3.98-1.7                                      
  260. [82] mclust_5.2.3                                        gridExtra_2.2.1                                     compiler_3.4.0                                    
  261. [85] biomaRt_2.33.1                                      tibble_1.3.0                                        R.oo_1.21.0                                        
  262. [88] htmltools_0.3.6                                     mgcv_1.8-17                                         Formula_1.2-1                                      
  263. [91] tidyr_0.6.2                                         DBI_0.6-1                                           geneLenDataBase_1.13.0                            
  264. [94] MASS_7.3-47                                         fpc_2.1-10                                          permute_0.9-4                                      
  265. [97] quadprog_1.5-5                                      R.methodsS3_1.7.1                                   Gviz_1.21.1                                        
  266. [100] RefFreeEWAS_2.1                                     GenomicAlignments_1.13.1                            registry_0.3                                      
  267. [103] foreign_0.8-68                                      plotly_4.6.0                                        annotate_1.55.0                                    
  268. [106] rngtools_1.2.4                                      pkgmaker_0.22                                       multtest_2.33.0                                    
  269. [109] beanplot_1.2                                        ruv_0.9.6                                           doRNG_1.6.6                                        
  270. [112] stringr_1.2.0                                       VariantAnnotation_1.23.0                            digest_0.6.12                                      
  271. [115] base64_2.0                                          htmlTable_1.9                                       dendextend_1.5.2                                  
  272. [118] kernlab_0.9-25                                      curl_2.6                                            shiny_1.0.3                                        
  273. [121] Rsamtools_1.29.0                                    gtools_3.5.0                                        modeltools_0.2-21                                  
  274. [124] nlme_3.1-131                                        jsonlite_1.4                                        viridisLite_0.2.0                                  
  275. [127] BSgenome_1.45.1                                     lattice_0.20-35                                     DEoptimR_1.0-8                                    
  276. [130] httr_1.2.1                                          survival_2.41-3                                     GO.db_3.4.1                                        
  277. [133] interactiveDisplayBase_1.15.0                       shinythemes_1.1.1                                   prabclus_2.2-6                                    
  278. [136] class_7.3-14                                        stringi_1.1.5                                       AnnotationHub_2.9.1                                
  279. [139] latticeExtra_0.6-28                                 memoise_1.1.0                                       dplyr_0.5.0
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