Fig_11

pdf("fig_11.pdf", width = 5, height = 5)
par(bty = "n", las = 1, mar = c(5, 5, 1, 1) + 0.2)

# función suma armónicos
sum_arm <- function(n) {
  a <- numeric(n)
  for (i in 1:n) {
    for (j in 1:i) {
      a[j] <- a[j] + 1/i
    }
  }
  a/n
}

# la secuencia de un archivo txt
sec <- readChar("secuencia.txt", file.info("secuencia.txt")$size)

# posiciones de las metioninas
mets <- unlist(gregexpr("M", sec))
# distancias entre ellas
n <- length(mets) - 1
distancias <- numeric(n)
for (i in 1:n) {
  distancias[i] <- mets[i + 1] - mets[i]
}
# ordenar de mayor a menor distancia
distancias <- sort(distancias, decreasing = TRUE)
# gráfico
plot(distancias, type = "h", lwd = 2, bty = "n", xaxt = "n", xlab = "Rango",
     ylab = "Distancia (residuos)", xlim = c(1, 17))
axis(1, at = 1:n, labels = 1:n)
longitud <- sum(distancias)
lines(longitud * sum_arm(n), col = "red", lwd = 2)
legend("topright", bty = "n", cex = 0.8, c("observado", "teórico"), lty = 1, lwd = 2, col = c("black", "red"))

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