library(htmlwidgets)
library(magrittr)
library(dygraphs)
library(webshot)
library(dplyr)
library(varhandle)

fileName = "data/sledzie.csv"
herrings = read.csv(fileName, header = TRUE, sep = ",", dec = ".")
herrings[herrings == "?"] <- NA

completeData <- herrings %>% mutate(
  cfin1 = case_when((is.na(cfin1) & !is.na(lag(cfin1))) ~ lag(cfin1), is.na(cfin1) ~ lead(cfin1), TRUE ~ cfin1),
  cfin2 = case_when((is.na(cfin2) & !is.na(lag(cfin2))) ~ lag(cfin2), is.na(cfin2) ~ lead(cfin2), TRUE ~ cfin2),
  chel1 = case_when((is.na(chel1) & !is.na(lag(chel1))) ~ lag(chel1), is.na(chel1) ~ lead(chel1), TRUE ~ chel1),
  chel2 = case_when((is.na(chel2) & !is.na(lag(chel2))) ~ lag(chel2), is.na(chel2) ~ lead(chel2), TRUE ~ chel2),
  lcop1 = case_when((is.na(lcop1) & !is.na(lag(lcop1))) ~ lag(lcop1), is.na(lcop1) ~ lead(lcop1), TRUE ~ lcop1),
  lcop2 = case_when((is.na(lcop2) & !is.na(lag(lcop2))) ~ lag(lcop2), is.na(lcop2) ~ lead(lcop2), TRUE ~ lcop2),
  sst = case_when((is.na(sst) & !is.na(lag(sst))) ~ lag(sst), is.na(sst) ~ lead(sst), TRUE ~ sst)
)

completeData <- completeData %>% filter_all(all_vars(!is.na(.)))
groupedData <- completeData %>% group_by(cfin1, cfin2, chel1, chel2, lcop1, lcop2, fbar, recr, cumf, totaln, sst, sal, nao)
groupedData <- groupedData %>% mutate(mean_glony = mean(c(cfin1, cfin2, chel1, chel2, lcop1, lcop2)))
groupedData <- unfactor(groupedData)

make_sizes <- function(name){
  herr_vec <- groupedData[[name]]
  max <- dim(herrings)[1]
  average <- as.integer(max/60)
  sizes <- c()
  sum  <- 0

  for (index in 1:length(herr_vec) ) {
    sum <- sum + herr_vec[index]

    if (index %% average == 0) {
      mean <- sum/60
      sizes <- c(sizes, mean)
      sum  <- 0
    }
  }
  return(sizes)
}

normalize <- function(x){
    ww = ((x - min(x)) / (max(x) - min(x)))
    return(ww)
}

make_df <- function(x1,x2) {
  return(data.frame(
  time= c(seq(0,58,1), 60),
  value=normalize(make_sizes(x1)),
  value2=normalize(make_sizes(x2))

  ))
}

data1 <- make_df("length","sst")
data2 <- make_df("length","nao")
data3 <- make_df("totaln","length")
data4 <- make_df("totaln","fbar")
data5 <- make_df("totaln","cumf")
data6 <- make_df("fbar","cumf")
data7 <- make_df("nao","sst")
data8 <- make_df("nao","mean_glony")

p1 <- dygraph(data1, main = "Porównanie dlugosci śledzia do temperatury wody", ylab = "Znormalizowana wartość") %>% dyOptions(fillGraph = TRUE, fillAlpha = 0.4) %>% dySeries("value", label = "Długość śledzia") %>%
  dySeries("value2", label = "Temp. wody")
p1

p2 <- dygraph(data2, main = "Porównanie dlugosci śledzia do oscylacji północnoatlantyckiej", ylab = "Znormalizowana wartość") %>% dyOptions(fillGraph = TRUE, fillAlpha = 0.4) %>% dySeries("value", label = "Długość śledzia") %>%
  dySeries("value2", label = "Oscylacja północnoatlantycka")
p2

p3 <- dygraph(data3, main = "Porównanie liczby złowionych śledzi do ich długości", ylab = "Znormalizowana wartość") %>% dyOptions(fillGraph = TRUE, fillAlpha = 0.4) %>% dySeries("value", label = "Liczba złowionych śledzi") %>%
  dySeries("value2", label = "Długość śledzi")
p3

p4 <- dygraph(data4, main = "Porównanie liczby złowionych śledzi do łącznego rocznego procentu zostawionego narybku", ylab = "Znormalizowana wartość") %>% dyOptions(fillGraph = TRUE, fillAlpha = 0.4) %>% dySeries("value", label = "Liczba złowionych śledzi ") %>%
  dySeries("value2", label = "Łączny roczny procent zostawionego narybku")
p4

p5 <- dygraph(data5, main = "Porównanie liczby złowionych śledzi do regionalnego rocznego procentu zostawionego narybku", ylab = "Znormalizowana wartość") %>% dyOptions(fillGraph = TRUE, fillAlpha = 0.4) %>% dySeries("value", label = "Liczba złowionych śledzi ") %>%
  dySeries("value2", label = "Regionalny procent zostawionego narybku")
p5

p6 <- dygraph(data6, main = "Porównanie procentu zostawionego narybku globalnego vs regionalnego", ylab = "Znormalizowana wartość") %>% dyOptions(fillGraph = TRUE, fillAlpha = 0.4) %>% dySeries("value", label = "Globalny roczny %") %>%
  dySeries("value2", label = "Regionalny %")
p6

p7 <- dygraph(data7, main = "Oscylacja polnoconatlantycka a temperatura wody", ylab = "Znormalizowana wartość") %>% dyOptions(fillGraph = TRUE, fillAlpha = 0.4) %>% dySeries("value", label = "Oscylacja północnoatlantycka") %>%
  dySeries("value2", label = "Temp. wody przy powierzchni")
p7

p8 <- dygraph(data8, main = "Oscylacja polnoconatlantycka a średnie łączne zagęszczenie glonów", ylab = "Znormalizowana wartość") %>% dyOptions(fillGraph = TRUE, fillAlpha = 0.4) %>% dySeries("value", label = "Oscylacja północnoatlantycka") %>%
  dySeries("value2", label = "Średnie zagęszczenie glonów")
p8

names <- c("p1.png","p2.png","p3.png","p4.png")

width<- 1080
height <- 610

saveWidget(p1, "temp.html", selfcontained = FALSE)
webshot("temp.html", file = names[1],
        cliprect = c(10,30,width+50,height+50)
        ,vwidth = width, vheight = height )

saveWidget(p2, "temp.html", selfcontained = FALSE)
webshot("temp.html", file = names[2],
        cliprect = c(10,30,width+50,height+50)
        ,vwidth = width, vheight = height )

saveWidget(p3, "temp.html", selfcontained = FALSE)
webshot("temp.html", file = names[3],
        cliprect = c(10,30,width+50,height+50)
        ,vwidth = width, vheight = height )

saveWidget(p4, "temp.html", selfcontained = FALSE)
webshot("temp.html", file = names[4],
        cliprect = c(10,30,width+50,height+50)
        ,vwidth = width, vheight = height )

saveWidget(p5, "temp.html", selfcontained = FALSE)
webshot("temp.html", file = names[1],
        cliprect = c(10,30,width+50,height+50)
        ,vwidth = width, vheight = height )

saveWidget(p6, "temp.html", selfcontained = FALSE)
webshot("temp.html", file = names[2],
        cliprect = c(10,30,width+50,height+50)
        ,vwidth = width, vheight = height )

saveWidget(p7, "temp.html", selfcontained = FALSE)
webshot("temp.html", file = names[3],
        cliprect = c(10,30,width+50,height+50)
        ,vwidth = width, vheight = height )

saveWidget(p8, "temp.html", selfcontained = FALSE)
webshot("temp.html", file = names[4],
        cliprect = c(10,30,width+50,height+50)
        ,vwidth = width, vheight = height )