preg_replace('/\/\/\S*[^\n]+\n/', "\n", $Content);

Находит // и удаляет всё в строке от него, включая его самого, до \n не включительно.

Как сделать так, чтобы оно игнорировало :// . То есть

// текст => потерло всё
кот //текст => кот
смотри какой сайт хороший http://shtosm.ru/ => смотри какой сайт хороший http://shtosm.ru/