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Nov 16th, 2012
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  1. /illumina/software/CASAVA-1.8.2/libexec/CASAVA-1.8.2/demultiplexBcls \
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  5.         --output-dir /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled \
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  20.         --barcode NoIndex \
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  23.        
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  47. /illumina/software/CASAVA-1.8.2/libexec/CASAVA-1.8.2/demultiplexBcls \
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  94. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]    make Target:    Project_Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz
  95. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz]    make Reason:    Temp/l8_r2/Project_Demo/Sample_PhiX/.sentinel
  96. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]    make Reason:    Temp/l6_r2/Project_Demo/Sample_PhiX/.sentinel
  97. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz]    make Prereqs:   Temp/l8_r2/Project_Demo/Sample_PhiX/.sentinel
  98. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]    make Prereqs:   Temp/l6_r2/Project_Demo/Sample_PhiX/.sentinel
  99. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz]    [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]    make Cmd:   /illumina/software/CASAVA-1.8.2/libexec/CASAVA-1.8.2/demultiplexBcls  --need-separate-controls --positions-format=.locs --fastq-cluster-count=4000000 --gz-level=1 --mismatches='0' --instrument-name='HWUSI-EAS1579R' --run-number='00002'  --basecalls-dir /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls  --intensities-dir /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls/..  --output-dir /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled  --output-format fastq   --compression gzip  --flow-cell-id FC  --unknown-barcode 'NoIndex'  --lane 8  --tile 0001  --tile 0002  --tile 0003  --tile 0004  --tile 0005  --tile 0006  --tile 0007  --tile 0008  --tile 0009  --tile 0010  --tile 0011  --tile 0012  --tile 0013  --tile 0014  --tile 0015  --tile 0016  --tile 0017  --tile 0018  --tile 0019  --tile 0020  --tile 0021  --tile 0022  --tile 0023  --tile 0024  --tile 0025  --tile 0026  --tile 0027  --tile 0028  --tile 0029  --tile 0030  --tile 0031  --tile 0032  --tile 0033  --tile 0034  --tile 0035  --tile 0036  --tile 0037  --tile 0038  --tile 0039  --tile 0040  --tile 0041  --tile 0042  --tile 0043  --tile 0044  --tile 0045  --tile 0046  --tile 0047  --tile 0048  --tile 0049  --tile 0050  --tile 0051  --tile 0052  --tile 0053  --tile 0054  --tile 0055  --tile 0056  --tile 0057  --tile 0058  --tile 0059  --tile 0060  --tile 0061  --tile 0062  --tile 0063  --tile 0064  --tile 0065  --tile 0066  --tile 0067  --tile 0068  --tile 0069  --tile 0070  --tile 0071  --tile 0072  --tile 0073  --tile 0074  --tile 0075  --tile 0076  --tile 0077  --tile 0078  --tile 0079  --tile 0080  --tile 0081  --tile 0082  --tile 0083  --tile 0084  --tile 0085  --tile 0086  --tile 0087  --tile 0088  --tile 0089  --tile 0090  --tile 0091  --tile 0092  --tile 0093  --tile 0094  --tile 0095  --tile 0096  --tile 0097  --tile 0098  --tile 0099  --tile 0100  --tile 0101  --tile 0102  --tile 0103  --tile 0104  --tile 0105  --tile 0106  --tile 0107  --tile 0108  --tile 0109  --tile 0110  --tile 0111  --tile 0112  --tile 0113  --tile 0114  --tile 0115  --tile 0116  --tile 0117  --tile 0118  --tile 0119  --tile 0120   --input-read-number 2   --output-read-number 2  --read-cycles "31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50"  --adapter ''  --output-summary-path Temp/L008_R2_demux_summary.xml  --sample PhiX  --barcode NoIndex  --sample-dir Project_Demo/Sample_PhiX
  100. make Cmd:   /illumina/software/CASAVA-1.8.2/libexec/CASAVA-1.8.2/demultiplexBcls  --need-separate-controls --positions-format=.locs --fastq-cluster-count=4000000 --gz-level=1 --mismatches='0' --instrument-name='HWUSI-EAS1579R' --run-number='00002'  --basecalls-dir /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls  --intensities-dir /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls/..  --output-dir /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled  --output-format fastq   --compression gzip  --flow-cell-id FC  --unknown-barcode 'NoIndex'  --lane 6  --tile 0001  --tile 0002  --tile 0003  --tile 0004  --tile 0005  --tile 0006  --tile 0007  --tile 0008  --tile 0009  --tile 0010  --tile 0011  --tile 0012  --tile 0013  --tile 0014  --tile 0015  --tile 0016  --tile 0017  --tile 0018  --tile 0019  --tile 0020  --tile 0021  --tile 0022  --tile 0023  --tile 0024  --tile 0025  --tile 0026  --tile 0027  --tile 0028  --tile 0029  --tile 0030  --tile 0031  --tile 0032  --tile 0033  --tile 0034  --tile 0035  --tile 0036  --tile 0037  --tile 0038  --tile 0039  --tile 0040  --tile 0041  --tile 0042  --tile 0043  --tile 0044  --tile 0045  --tile 0046  --tile 0047  --tile 0048  --tile 0049  --tile 0050  --tile 0051  --tile 0052  --tile 0053  --tile 0054  --tile 0055  --tile 0056  --tile 0057  --tile 0058  --tile 0059  --tile 0060  --tile 0061  --tile 0062  --tile 0063  --tile 0064  --tile 0065  --tile 0066  --tile 0067  --tile 0068  --tile 0069  --tile 0070  --tile 0071  --tile 0072  --tile 0073  --tile 0074  --tile 0075  --tile 0076  --tile 0077  --tile 0078  --tile 0079  --tile 0080  --tile 0081  --tile 0082  --tile 0083  --tile 0084  --tile 0085  --tile 0086  --tile 0087  --tile 0088  --tile 0089  --tile 0090  --tile 0091  --tile 0092  --tile 0093  --tile 0094  --tile 0095  --tile 0096  --tile 0097  --tile 0098  --tile 0099  --tile 0100  --tile 0101  --tile 0102  --tile 0103  --tile 0104  --tile 0105  --tile 0106  --tile 0107  --tile 0108  --tile 0109  --tile 0110  --tile 0111  --tile 0112  --tile 0113  --tile 0114  --tile 0115  --tile 0116  --tile 0117  --tile 0118  --tile 0119  --tile 0120   --input-read-number 2   --output-read-number 2  --read-cycles "31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50"  --adapter ''  --output-summary-path Temp/L006_R2_demux_summary.xml  --sample PhiX  --barcode NoIndex  --sample-dir Project_Demo/Sample_PhiX
  101. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]    make Target:    Project_Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz
  102. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]    make Reason:    Temp/l8_r1/Project_Demo/Sample_PhiX/.sentinel
  103. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz]    Output Paths:
  104. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]    make Prereqs:   Temp/l8_r1/Project_Demo/Sample_PhiX/.sentinel
  105. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz]    /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled/Project_Demo/Sample_PhiX
  106. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz]    Barcode Paths:
  107. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]    make Target:    Project_Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz
  108. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]    [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]    make Reason:    Temp/l6_r1/Project_Demo/Sample_PhiX/.sentinel
  109. make Cmd:   /illumina/software/CASAVA-1.8.2/libexec/CASAVA-1.8.2/demultiplexBcls  --need-separate-controls --positions-format=.locs --fastq-cluster-count=4000000 --gz-level=1 --mismatches='0' --instrument-name='HWUSI-EAS1579R' --run-number='00002'  --basecalls-dir /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls  --intensities-dir /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls/..  --output-dir /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled  --output-format fastq   --compression gzip  --flow-cell-id FC  --unknown-barcode 'NoIndex'  --lane 8  --tile 0001  --tile 0002  --tile 0003  --tile 0004  --tile 0005  --tile 0006  --tile 0007  --tile 0008  --tile 0009  --tile 0010  --tile 0011  --tile 0012  --tile 0013  --tile 0014  --tile 0015  --tile 0016  --tile 0017  --tile 0018  --tile 0019  --tile 0020  --tile 0021  --tile 0022  --tile 0023  --tile 0024  --tile 0025  --tile 0026  --tile 0027  --tile 0028  --tile 0029  --tile 0030  --tile 0031  --tile 0032  --tile 0033  --tile 0034  --tile 0035  --tile 0036  --tile 0037  --tile 0038  --tile 0039  --tile 0040  --tile 0041  --tile 0042  --tile 0043  --tile 0044  --tile 0045  --tile 0046  --tile 0047  --tile 0048  --tile 0049  --tile 0050  --tile 0051  --tile 0052  --tile 0053  --tile 0054  --tile 0055  --tile 0056  --tile 0057  --tile 0058  --tile 0059  --tile 0060  --tile 0061  --tile 0062  --tile 0063  --tile 0064  --tile 0065  --tile 0066  --tile 0067  --tile 0068  --tile 0069  --tile 0070  --tile 0071  --tile 0072  --tile 0073  --tile 0074  --tile 0075  --tile 0076  --tile 0077  --tile 0078  --tile 0079  --tile 0080  --tile 0081  --tile 0082  --tile 0083  --tile 0084  --tile 0085  --tile 0086  --tile 0087  --tile 0088  --tile 0089  --tile 0090  --tile 0091  --tile 0092  --tile 0093  --tile 0094  --tile 0095  --tile 0096  --tile 0097  --tile 0098  --tile 0099  --tile 0100  --tile 0101  --tile 0102  --tile 0103  --tile 0104  --tile 0105  --tile 0106  --tile 0107  --tile 0108  --tile 0109  --tile 0110  --tile 0111  --tile 0112  --tile 0113  --tile 0114  --tile 0115  --tile 0116  --tile 0117  --tile 0118  --tile 0119  --tile 0120   --input-read-number 1   --output-read-number 1  --read-cycles "1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30"  --adapter ''  --output-summary-path Temp/L008_R1_demux_summary.xml  --sample PhiX  --barcode NoIndex  --sample-dir Project_Demo/Sample_PhiX
  110. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]    make Prereqs:   Temp/l6_r1/Project_Demo/Sample_PhiX/.sentinel
  111. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz]    ->/mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled/Project_Demo/Sample_PhiX
  112. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]    make Cmd:   /illumina/software/CASAVA-1.8.2/libexec/CASAVA-1.8.2/demultiplexBcls  --need-separate-controls --positions-format=.locs --fastq-cluster-count=4000000 --gz-level=1 --mismatches='0' --instrument-name='HWUSI-EAS1579R' --run-number='00002'  --basecalls-dir /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls  --intensities-dir /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls/..  --output-dir /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled  --output-format fastq   --compression gzip  --flow-cell-id FC  --unknown-barcode 'NoIndex'  --lane 6  --tile 0001  --tile 0002  --tile 0003  --tile 0004  --tile 0005  --tile 0006  --tile 0007  --tile 0008  --tile 0009  --tile 0010  --tile 0011  --tile 0012  --tile 0013  --tile 0014  --tile 0015  --tile 0016  --tile 0017  --tile 0018  --tile 0019  --tile 0020  --tile 0021  --tile 0022  --tile 0023  --tile 0024  --tile 0025  --tile 0026  --tile 0027  --tile 0028  --tile 0029  --tile 0030  --tile 0031  --tile 0032  --tile 0033  --tile 0034  --tile 0035  --tile 0036  --tile 0037  --tile 0038  --tile 0039  --tile 0040  --tile 0041  --tile 0042  --tile 0043  --tile 0044  --tile 0045  --tile 0046  --tile 0047  --tile 0048  --tile 0049  --tile 0050  --tile 0051  --tile 0052  --tile 0053  --tile 0054  --tile 0055  --tile 0056  --tile 0057  --tile 0058  --tile 0059  --tile 0060  --tile 0061  --tile 0062  --tile 0063  --tile 0064  --tile 0065  --tile 0066  --tile 0067  --tile 0068  --tile 0069  --tile 0070  --tile 0071  --tile 0072  --tile 0073  --tile 0074  --tile 0075  --tile 0076  --tile 0077  --tile 0078  --tile 0079  --tile 0080  --tile 0081  --tile 0082  --tile 0083  --tile 0084  --tile 0085  --tile 0086  --tile 0087  --tile 0088  --tile 0089  --tile 0090  --tile 0091  --tile 0092  --tile 0093  --tile 0094  --tile 0095  --tile 0096  --tile 0097  --tile 0098  --tile 0099  --tile 0100  --tile 0101  --tile 0102  --tile 0103  --tile 0104  --tile 0105  --tile 0106  --tile 0107  --tile 0108  --tile 0109  --tile 0110  --tile 0111  --tile 0112  --tile 0113  --tile 0114  --tile 0115  --tile 0116  --tile 0117  --tile 0118  --tile 0119  --tile 0120   --input-read-number 1   --output-read-number 1  --read-cycles "1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30"  --adapter ''  --output-summary-path Temp/L006_R1_demux_summary.xml  --sample PhiX  --barcode NoIndex  --sample-dir Project_Demo/Sample_PhiX
  113. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz]   
  114. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz]    opening /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled/Project_Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.tmp.gz
  115. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz]    Error: 2012-Nov-16 14:48:07: No such file or directory: /home/milev/CASAVA_v1.8.2/src/c++/lib/alignment/BclReader.cpp(86): Throw in function unsigned int casava::alignment::BclReader::readClusterCount()
  116. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz]    Dynamic exception type: boost::exception_detail::clone_impl<casava::common::IoException>
  117. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz]    std::exception::what: File /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls/L008/C31.1/s_8_1.bcl does not exist
  118. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz]    : File /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls/L008/C31.1/s_8_1.bcl does not exist
  119. make: *** [Project_Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R2_001.fastq.gz] Error 1
  120. make: *** Waiting for unfinished jobs....
  121. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]    Output Paths:
  122. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]    /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled/Project_Demo/Sample_PhiX
  123. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]    Output Paths:
  124. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]    Barcode Paths:
  125. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]    /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled/Project_Demo/Sample_PhiX
  126. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]    Barcode Paths:
  127. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]    ->/mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled/Project_Demo/Sample_PhiX
  128. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]    ->/mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled/Project_Demo/Sample_PhiX
  129. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]   
  130. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]   
  131. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]    opening /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled/Project_Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.tmp.gz
  132. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]    opening /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled/Project_Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.tmp.gz
  133. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]    [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]    Error: 2012-Nov-16 14:48:07: No such file or directory: /home/milev/CASAVA_v1.8.2/src/c++/lib/alignment/BclReader.cpp(86): Throw in function unsigned int casava::alignment::BclReader::readClusterCount()
  134. Error: 2012-Nov-16 14:48:07: No such file or directory: /home/milev/CASAVA_v1.8.2/src/c++/lib/alignment/BclReader.cpp(86): Throw in function unsigned int casava::alignment::BclReader::readClusterCount()
  135. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]    Output Paths:
  136. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]    /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled/Project_Demo/Sample_PhiX
  137. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]    Dynamic exception type: boost::exception_detail::clone_impl<casava::common::IoException>
  138. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]    [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]    Dynamic exception type: boost::exception_detail::clone_impl<casava::common::IoException>
  139. Barcode Paths:
  140. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]    std::exception::what: File /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls/L006/C1.1/s_6_1.bcl does not exist
  141. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]    std::exception::what: File /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls/L006/C31.1/s_6_1.bcl does not exist
  142. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz]    : File /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls/L006/C31.1/s_6_1.bcl does not exist
  143. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]    ->/mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled/Project_Demo/Sample_PhiX
  144. make: *** [Project_Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R2_001.fastq.gz] Error 1
  145. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz]    : File /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls/L006/C1.1/s_6_1.bcl does not exist
  146. make: *** [Project_Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L006_R1_001.fastq.gz] Error 1
  147. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]   
  148. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]    opening /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Assembled/Project_Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.tmp.gz
  149. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]    Error: 2012-Nov-16 14:48:07: No such file or directory: /home/milev/CASAVA_v1.8.2/src/c++/lib/alignment/BclReader.cpp(86): Throw in function unsigned int casava::alignment::BclReader::readClusterCount()
  150. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]    Dynamic exception type: boost::exception_detail::clone_impl<casava::common::IoException>
  151. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]    std::exception::what: File /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls/L008/C1.1/s_8_1.bcl does not exist
  152. [2012-11-16 14:48:07]   [illumina]  [Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz]    : File /mnt/storage/DATA/GAIIX/Data/Intensities/BaseCalls/L008/C1.1/s_8_1.bcl does not exist
  153. make: *** [Project_Demo/Sample_PhiX/PhiX_NoIndex_L008_R1_001.fastq.gz] Error 1
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