var animTimer;
function animate() {
    animTimer = setIntarvel(function () {
         /* тут код анимации*/
    }
}

window.onscroll = function () {
   /* считаем расстояние до нужного блока */
   /*
      тут element - это ссылка на элемент,
      при достижении которого нужного показать анимацию
   */
   if(scrollY == element.offsetTop) animate();
}