library(raster)
library(rts)
library(rgdal)
library(gdalUtils)
library(akima)
library(lubridate)
library(MODIS)


dirwork="home/alf/Scrivania/lav_modis"

setwd(paste0("/",dirwork))

source("aux_func_modis.r")

MODISoptions(localArcPath=dirwork,outDirPath=dirwork)

modis_class_data="MOD13Q1"

getHdf(product=modis_class_data,begin="2015001",end="2015365",tileH=18,tileV=4)

list_files=list.files(path=paste0("MODIS/",modis_class_data,".005"),full.names = T, recursive = T)
files=gsub("^.*/","",list_files)
strdatex=as.Date(as.vector(sapply(files,FUN=function(x) as.Date(paste(c(substr(x,10,13),substr(x,14,18)),collapse="-"),"%Y-%j"))))


res_MODIS_MOD13Q1_2015=list()

for ( i in 1:length(list_files)) {

  res_MODIS_MOD13Q1_2015[[i]]=infofromMODIShdf(list_files[i],strdatex[i])
  gdal_translate(src_dataset=res_MODIS_MOD13Q1_2015[[i]]$names[1],res_MODIS_MOD13Q1_2015[[i]]$outnames[1],of="GTiff",co="TILED=YES",verbose=TRUE)
  gdal_translate(src_dataset=res_MODIS_MOD13Q1_2015[[i]]$names[2],res_MODIS_MOD13Q1_2015[[i]]$outnames[2],of="GTiff",co="TILED=YES",verbose=TRUE)
  gdal_translate(src_dataset=res_MODIS_MOD13Q1_2015[[i]]$names[3],res_MODIS_MOD13Q1_2015[[i]]$outnames[3],of="GTiff",co="TILED=YES",verbose=TRUE)


}