{
    x: 1,
    myarray: [
        {
           a: 1,
           b: 2,
        },
        {
           a: 1,
           b: 4,
        }
    ]
}

MyModel.update({x: 1, myarray.a: 1},
                   {$set:
                      {"myarray.$.b": 3}
                   },
                   function(err) {
    });

db.collection.find({"x": 1, "myarray.a": 1}).forEach(function(doc) {
    doc.myarray.forEach(function(item){
        if(item.a == 1){
            item.b = 3;
        }
    });
    db.collection.save(doc);
});