Partie 5, 15h10 21avril

import urllib.request
import sys


def check_importMIMAT(MIMAT): # Micro ARN
    print("Verification de la récupération du µARN en cours... Database : mirbase")
    weblink = "http://www.mirbase.org/cgi-bin/get_seq.pl?acc="+MIMAT
    final = urllib.request.urlopen(weblink)
    data_uARN= final.read()
    final.close()

    if len(data_uARN) != 0 : # Si l'iD fournie est juste, len(data) ne sera pas nulle
        return True # Renvoie True
    else:
        print("Problème dans la création du fichier MIMAT.")

def check_importBC_seq(BC_seq): # Sequence
    print("Verification de la récupération de la sequence en cours... Database : EBI")
    weblink = "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/"+BC_seq
    weblink += "&display=fasta"
    final = urllib.request.urlopen(weblink)
    data_BC_seq = final.read()
    data_BC_seq_test = data_BC_seq.decode("utf-8")
    final.close()

    if "not found" not in data_BC_seq_test :# Si l'iD fournie est juste, len(data) ne sera pas nulle
        return True # Renvoie True
    else:
        print("Problème dans la création du fichier EBI.") # Sinon renvoie False

def check_importBC_fiche(BC_fiche): # Fiche
    print("Verification de la récupération de la fiche en cours... Database : ENA")
    weblink = "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/"+BC_fiche
    weblink += "&display=text"
    final = urllib.request.urlopen(weblink)
    data_BC_fiche = final.read()
    data_BC_fiche_test = data_BC_fiche.decode("utf-8")
    final.close()

    if "not found"  not in data_BC_fiche_test : # Si l'iD fournie est juste, len(data) ne sera pas nulle
        return True #Renvoit True si ID correct.
    else:
        print("Problème dans la création de la fiche ENA.") #Renvoit True si ID incorrect.

def import_MIMATseq(): # Si on ne le précise pas, b vaudra 0 de base

    weblink = "http://www.mirbase.org/cgi-bin/get_seq.pl?acc="+MIMAT # Recrée une adresse complète mirbase via l'id fournie
    final = urllib.request.urlopen(weblink)
    data = final.read()
    string = data.decode("utf-8") # Permet de convertir via utf8
    string = string.replace('<pre>','') # Supprime les balises <pre> par rien
    seq_string = string.replace('</pre>','') #Supprime les balises <\pre> par rien
    final.close()


    return seq_string # Renvoie la séquence fasta sous forme de string

def import_BC_seq (): # Si on ne le précise pas, b vaudra 0 de base

    weblink = "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/"+BC_seq # Recrée une adresse complète EBI via l'ID fournie
    weblink += "&display=fasta"
    final = urllib.request.urlopen(weblink)
    data = final.read()
    string = data.decode("utf-8") # Permet de convertir via utf8
    string = string.replace('<pre>','') # Supprime les balises <pre> par rien
    seq_string = string.replace('</pre>','') #Supprime les balises <\pre> par rien
    final.close()

    return seq_string # Renvoie la séquence fasta sous forme de string

def import_BC_fiche (): # Si on ne le précise pas, b vaudra 0 de base

    weblink = "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/"+BC_fiche # Recrée une adresse complète EBI via l'ID fournie
    weblink += "&display=text"
    final = urllib.request.urlopen(weblink)
    data = final.read()
    string = data.decode("utf-8") # Permet de convertir via utf8
    string = string.replace('<pre>','') # Supprime les balises <pre> par rien
    fiche_string = string.replace('</pre>','') #Supprime les balises <\pre> par rien
    final.close()

    return fiche_string # Renvoie la séquence fasta sous forme de string

def create_file_micro():

    f = open(MIMAT+"seq.txt","w") # Ouvre le fichier "Séquence_mirbase.txt" en mode ajout ("a" = append)
    f.write(import_MIMATseq()[2:]) # écrit dans le fichier la séquence, nécéssite le [2:] pour pas avoir un saut de ligne
    f.write('\n') # Saut à la ligne après l'ajout de séquence pour la lisibilité en cas d'import multiple de séquence
    f.close()   # Fermeture de fenêtre

def create_file_seq():

    f = open(BC_seq+"seq.txt","w")
    f.write(import_BC_seq()) # Idem que Verification mirbase sauf qu'on ajoute l'argument 1 pour la BD Ncbi
    f.write('\n')
    f.close()

def create_file_fiche():

    f = open(BC_fiche+"fiche.txt","w")
    f.write(import_BC_fiche()) # Idem que Verification mirbase sauf qu'on ajoute l'argument 1 pour la BD Ncbi
    f.write('\n')
    f.close()






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MIMAT=input("Step1-Veuillez indiquer un ID au format mirbase contenant votre microARN (Ex: MIMAT0000128) :") #"mmu-mir-30a.fas" MIMAT0000128 file_uARN
BC_seq=input("Step2-Veuillez indiquer un ID au format  au format fasta contentant uniquement votre sequence (Ex :BC058693) :") #"smad1.fas" BC058693 file_utr_fas
BC_fiche=input("Step3-Veuillez indiquer un ID au format ENA contentant votre sequence afin d'isoler le CDS (Ex : BC058693) : ")#"smad1_ENA.txt" BC058693 file_ena



if check_importMIMAT(MIMAT) is True:
    import_MIMATseq()
    create_file_micro()

if check_importBC_seq(BC_seq) is True:
    import_BC_seq
    create_file_seq()

if check_importBC_fiche(BC_fiche) is True:
    import_BC_fiche
    create_file_fiche()