finp = file.open(file,"r")
fout = file.open(file2,"w")

header = finp.gets
headerext = ("\t" + "mR_Int_Score_Count" + "\t" + "mR_Int_Score_TotalEnergy" + "\t" + "mR_Int_Score_Total_miRsvr")
fout.write(header.delete("\n") + headerext + "\n")

while line = finp.gets  #dla kazdej linii z pliku finp

    line =~ /^.*?\t(.*?)\t.*?\t.*?\t.*?\t(.*?)\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t(.*?)\t(.*?)\t.*?\t.*?\n/

    mirna = $1          #określ wartości w kluczowych kolumnach
    transcript = $2
    energy = $3.to_i
    mirsvr = $4.to_i

    totenergy = totenergy + energy  #zacznij sumować te wartości
    totmirsvr = totmisvr + mirsvr
    count = count+1

    while refline = finp.gets #poszukaj podobnej linii (o takich samych wartościach w 2. i 6. kolumnie)

        refline =~ /^.*?\t(.*?)\t.*?\t.*?\t.*?\t(.*?)\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\n/

        refmirna = $1
        reftranscript = $2

        if ((refmirna == mirna) and (reftranscript == transcript))  #jezeli linie sobie odpowiadaja, to kontynuuj sumowanie wartosci

            totenergy = totenergy + energy
            totmirsvr = totmisvr + mirsvr
            count = count +1

        end

    finp.rewind     #przewind do początku

    while refline = finp.gets   #zapisz wszystkie podobne linie z nowymi kolumnami (count, totenergy, totmirsvr)

        refline =~ /^.*?\t(.*?)\t.*?\t.*?\t.*?\t(.*?)\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\t.*?\n/

        refmirna = $1
        reftranscript = $2

        if ((refmirna == mirna) and (reftranscript == transcript))  #jezeli linie sobie odpowiadaja, to zapisz rozszerzoną linię w nowym pliku

            extline = refline.delete("\n") + "\t" + count + "\t" + totenergy + "\t" + totmirsvr + "\n"

            fout.write(extline)

        end

    end

end

finp.close
fout.close