while linp = finp.gets  #bierze w petli linie z pliku input

    linp =~ /^.*?\t.*?\t(.*?)\t.*?\t(.*?)\t.*?\t(.*?)\t(.*?)\t/     #wyszukuje zmienne do porownania z zawartością linii pliku get
    transcript = $1
    mirna = $2
    start = $3
    stop = $4

    key = transcript + mirna + start + stop #łączy zmienne do porownania

    while lget = fget.gets  #bierze w petli linie z pliku get (w tym pliku są kolumny, z ktorych wartosci trzeba przekleic do input)

        lget =~ /^(.*?)\t(.*?)\t(.*?)\t(.*?)\t.*?\t(.*?)\t(.*?)\n/  #wyszukuje zmienne do porownania z zawartoscia linii pliku input
        ref_transcript = $1
        ref_mirna = $2
        ref_start = $5
        ref_stop = $6

        refkey = ref_transcript + ref_mirna + ref_start + ref_stop      #łączy zmienne do porownania

        if (key == refkey)      #sprawdza, czy linie z pliku input i get sobie odpowiadaja
            flankdir = $3
            if flankdir = "5flank"      #sprawdza do ktorej kolumny trzeba bedzie wstawic wartosc $4
                energy5 = $4
            end
            if flankdir = "3flank"      #sprawdza do ktorej kolumny trzeba bedzie wstawic wartosc $4
                energy3 = $4
            end
        end

    end
    fget.rewind

    linp = linp.delete("\n") + "\t" + energy5 + "\t" + energy3 + "\n"   #szykuje linię do zapisania
    fout.write(linp)    #zapisuje linię w pliku otput (pochodna input + wstawione 2 nowe kolumny z energy5 i energy3
end