Inicialmente hice tres cosas:
(Estoy ignorando kanas pues eso lo he sabido desde siempre, intente estudiar cuando era muy niño)

1- Leer un poco de la guia de Tae Kim para aprender lo basico de gramatica. - http://www.guidetojapanese.org/learn/grammar
2- Conseguir un deck de anki de kanjis y otro de vocabulario, hacer reps todos los días.
3- Intentar leer un poco todos los dias y anotar las cosas que no entendia.

AHORA, rapidamente me tope con un monton de problemas con este sistema. El primero, y más obvio, es que es muy facil creer que sabes algo que en realidad no sabes y, en segundo lugar, es muy facil confudir cosas que no sabes. Además, el vocabulario y kanjis en el vacio no ayudan mucho. Tambien tome clases pues tener profesores que me corrijan es siempre util. No tengo la perso de buscar japos con paciencia en el internet y el ambiente más formal me ayuda.

Así que, en ese punto, agarre un libro de texto (El minna no nihongo, pero el genki tambien funciona) y empece a estudiar lección a lección y a hacer los ejercicios. Aun no termino con todo el material, pero esto me ayudo MUCHISIMO a ordenar lo que sabia y no sabia.

Luego, fue una cosa de buscar materiales distintos y usarlos. Cada que encontraba una nueva fuente interesante en IRC o 4chan, la revisaba. Le pongo especial atención a material que recomienda gente que sabe más que yo.

Prolly mis paginas favoritas, ahora, para complementar son:
1- Imabi: http://www.imabi.net/
2- Jgram: http://www.jgram.org/

Te dejo links de otros metodos utilizados por otra gente. Suelen tener buenos recursos:

1- https://docs.google.com/document/d/15uvv72eVFBtcOlfHaHUfT_HhZsgWxd7VjT9u-zVSwdw/pub
2- https://docs.google.com/document/d/1pKgBm8Aa58mjB1hYhbK-VOPZsRBTXBuPBzw8Xikm2ss/pub?embedded=true