// arr1, arr2 = проверяемые отсортированные сжатые массивы,
// arr[нечётный_индекс] = эл-т массива,
// arr[чётный_индекс] = кол-во вхождений этого значения

int i, j;
int matches = 0;
for(i = 0, j = 0; i < arr1.size() && j < arr2.size(); )
{
    if(arr1[i] == arr2[j])
    {
        matches+= min(arr1[i+1], arr2[j+1];
        i+=2; j+=2;
    }
    else if(arr1[i] < arr2[j]) { i+=2; }
    else { arr2[j] < arr1[i] ) { j+= 2; }
}