<?php
$link = mysqli_connect('localhost', 'root', '', 'lab');

$query = 'SET @ROW = 0;'; // Variable MySQL représentant un compteur
$query .= 'UPDATE atable SET id = @ROW := @ROW+1 ORDER BY id'; // On réindexe dans l'ordre tout en incrémentant le compteur

if(mysqli_multi_query($link, $query)) { // On réindexe la table
    if(mysqli_more_results($link))
        mysqli_next_result($link); // On purge les resultats

    $result = mysqli_query($link, 'SELECT COUNT(*) FROM atable'); // On récupère le nombre de lignes
    $row = mysqli_fetch_row($result); // On récupère un tableau
    mysqli_query($link, 'ALTER TABLE atable AUTO_INCREMENT = ' . ($row[0] + 1)); // On met à jour l'autoincrement
    mysqli_free_result($result);
}

mysqli_close($link);