@echo off
rem カレントディレクトリ移動（バッチ実行ディレクトリ）
cd /d %~dp0

rem 入力ファイル
set infilenm=input.txt
rem 出力ファイル
set outfilenm=output.txt
rem 置換前文字列
set beforestr=foo
rem 置換後文字列
set afterstr=bar

rem 出力ファイル作成
type nul >%outfilenm%

rem ファイル編集
setlocal enabledelayedexpansion
for /f "delims=" %%A in (%infilenm%) do (
    set line=%%A
    echo !line:%beforestr%=%afterstr%!>>%outfilenm%
)
endlocal