convprot.awk

#! /usr/bin/awk -f

BEGIN {
  FS="[;,\r]"
  maxf=381
}

NR>1 {
  for(i=3; i<=NF; i++) if($i!="") {
    dat[$i]=1
    if(maxf<$i) maxf=$i
  }
  ORS=""
  print $1 "-" $2
  for(i=6; i<=maxf; i++) print "\t" dat[i]+0
  ORS="\n"
  print ""

  delete dat
  # ^^^ non-GNU version of delete dat: vvv
  # match("",dat)
}

END {
  ORS="\t"
  print "# maxf=", maxf
}