cd ~
mkdir www
mkdir -p www/example.com/{public,log,backup}
sudo gedit /etc/apache2/sites-available/site.ru.conf
---
# domain: site.ru
# public: /home/user/www/site.ru/

<VirtualHost *:80>
  # Admin email, Server Name (domain name), and any aliases
  ServerAdmin webmaster@site.ru
  ServerName  www.site.ru
  ServerAlias site.ru

  # Index file and Document Root (там, где расположены публичные файлы сайта)
  DirectoryIndex index.html index.php
  DocumentRoot /home/user/www/site.ru/public

  # Это для того, чтобы не было ошибок доступа + корректно работал .htaccess
  <Directory "/home/user/www/site.ru/public">
    AllowOverride All
    Order allow,deny
    Allow from all
    Require all granted
  </Directory>

  # Log file locations
  LogLevel warn
  ErrorLog  /home/user/www/site.ru/log/error.log
  CustomLog /home/user/www/site.ru/log/access.log combined
</VirtualHost>
---
sudo a2ensite site.ru.conf