Secondary loop problems

<?php get_header(); ?>

<div id="wrapper">

        <div class="sidebar">

            <nav id="options">
                <ul id="sort-by" class="option-set clearfix">
                    <li><a href="<?php bloginfo('url'); ?>" title="Home">Home</a></li>
                    <li<?php
                    if (in_category('3'))
                    {
                    echo " id=\"current\"";
                    }
                    ?>><a href="<?php bloginfo('url'); ?>/#sortBy=behindthescenes" title="<?php echo get_the_category_by_id(3); ?>" class="c"><?php echo get_the_category_by_id(3); ?></a></li>
                    <li<?php
                    if (in_category('1'))
                    {
                    echo " id=\"current\"";
                    }
                    ?>><a href="<?php bloginfo('url'); ?>/#sortBy=artistsprojects" title="<?php echo get_the_category_by_id(1); ?>" class="g"><?php echo get_the_category_by_id(1); ?></a></li>
                    <li<?php
                    if (in_category('5'))
                    {
                    echo " id=\"current\"";
                    }
                    ?>><a href="<?php bloginfo('url'); ?>/#sortBy=thebuildingproject" title="<?php echo get_the_category_by_id(5); ?>" class="l"><?php echo get_the_category_by_id(5); ?></a></li>
                    <li<?php
                    if (in_category('6'))
                    {
                    echo " id=\"current\"";
                    }
                    ?>><a href="<?php bloginfo('url'); ?>/#sortBy=newsbites" title="<?php echo get_the_category_by_id(6); ?>" class="p"><?php echo get_the_category_by_id(6); ?></a></li>
                    <li<?php
                    if (in_category('7'))
                    {
                    echo " id=\"current\"";
                    }
                    ?>><a href="<?php bloginfo('url'); ?>/#sortBy=offsite" title="<?php echo get_the_category_by_id(7); ?>" class="y"><?php echo get_the_category_by_id(7); ?></a></li>
                    <li<?php
                    if (in_category('8'))
                    {
                    echo " id=\"current\"";
                    }
                    ?>><a href="<?php bloginfo('url'); ?>/contact" title="<?php echo get_the_category_by_id(8); ?>" class="my"><?php echo get_the_category_by_id(8); ?></a></li>
                </ul>
            </nav>

            <div id="newsletter-wrap">
                <p>Subscribe to our email list</p>
                <?php echo do_shortcode( '[contact-form-7 id="147" title="Subscribe"]' ); ?>
            </div>

            <p class="classification"><a href="http://www.kettlesyard.co.uk/">Main site</a></p>


                <?php
                $pageintro=get_post_meta($post->ID,'Page_Intro',true);
                $pageintroref=get_post_meta($post->ID,'Page_Intro_Ref',true);
                if($pageintro != '') {
                echo '<footer><p>'. $pageintro . '</p><p>'. $pageintroref .'</p></p></footer>';
                } else {
                echo ' ';
                }
                ?>


        </div> <!--! /sidebar -->

        <div id="main" role="main">

                <?php foreach( get_the_category() as $cat ) echo '<section class="middle ' . $cat->slug . '" >'; ?>

                    <?php if (have_posts()) : ?>
                        <?php while (have_posts()) : the_post(); ?>

                    <article>

                        <figure>

                          <?php
                              $image_link=get_post_meta($post->ID,'Image_Link',true);
                              if($image_link != '') {
                              echo '<a href="http://example.com">'. get_the_post_thumbnail() .'</a>';
                              } else {
                              echo get_the_post_thumbnail();
                              }
                          ?>

                          <figcaption>
                                <?php
                                // Call in the contents of a custom field called Credit and if custom field in admin panel is empty don't display <p> tags otherwise wrap contents of custom field in <p> tags
                                $credit=get_post_meta($post->ID,'Credit',true);
                                if($credit != '') {
                                echo '<p>'. $credit .'</p>';
                                } else {
                                echo ' ';
                                }
                                ?>
                          </figcaption>
                        </figure>

                        <?php if ( in_category('contact')) : //display nothing ?>

                            <?php
                            $sub_title=get_post_meta($post->ID,'subtitle',true);
                            if($sub_title != '') {
                            echo '<h1>'. get_the_title() .'<span> / '. $sub_title . '</span></h1>';
                            } else {
                            echo '<h1>'. get_the_title() .'<span> / ' . get_the_time('l jS F') .'</span></h1>';
                            }
                            ?>

                        <?php else : ?>

                            <?php
                            $sub_title=get_post_meta($post->ID,'subtitle',true);
                            if($sub_title != '') {
                            echo '<h1>'. get_the_title() .'<span> / '. $sub_title . ' / ' . get_the_time('l jS F') .'</span></h1>';
                            } else {
                            echo '<h1>'. get_the_title() .'<span> / ' . get_the_time('l jS F') .'</span></h1>';
                            }
                            ?>

                        <?php endif; ?>


                        <?php the_content(''); ?>

                        <?php if ( in_category( 'contact' ) ) : // Display nothing ?>

                        <?php // Else, show comments
                        else : ?>

                        <div class="a-options">
                            <a href="#post-<?php the_ID(); ?>" class="comments scrollto">Comment</a>

                            <!-- share -->
                            <div class="share-button">
                                <div class="buttons">
                                    <div class="facebook">

                                        <div class="fb-like" data-send="false" data-layout="button_count" data-width="450" data-show-faces="false" data-font="arial"></div>

                                    </div>

                                    <div class="twitter">

                                        <a href="https://twitter.com/share" class="twitter-share-button" data-text="<?php the_title(); ?>" data-url="<?php the_permalink(); ?>" data-via="kettlesyard" data-related="kettlesyard" data-hashtags="kettlesyard">Tweet</a>
                                        <script>!function(d,s,id){var js,fjs=d.getElementsByTagName(s)[0];if(!d.getElementById(id)){js=d.createElement(s);js.id=id;js.src="//platform.twitter.com/widgets.js";fjs.parentNode.insertBefore(js,fjs);}}(document,"script","twitter-wjs");</script>

                                    </div>

                                    <div class="pinterest">
                                        <a href="http://pinterest.com/pin/create/button/?url=<?php the_permalink(); ?>" class="pin-it-button" count-layout="horizontal"><img border="0" src="//assets.pinterest.com/images/PinExt.png" title="Pin It" /></a>
                                    </div>

                                </div>

                                <span class="pseudo-button">&#043; Share</span>
                             </div> <!--! /share -->

                        </div><!--! /a-options -->

                                <?php comments_template(); ?>

                        <?php endif; ?>

                      </article>

                    <?php endwhile; ?>

                    <?php endif; ?>

                    <!-- Faulty Secondary loop referring to my question -->
                    <div id="post-wrap">


                                    <?php // Show all posts within this category
                                    $paged = (get_query_var('paged')) ? get_query_var('paged') : 1;
                                    $args= array(
                                        'category_name' => $cat->slug,
                                        'paged' => $paged,
                                        'cat' => '-12',
                                        'posts_per_page' => 2,
                                        'post__not_in' => array( $post->ID )
                                    );
                                    query_posts($args); ?>

                                    <?php $current_post_date = $post->post_date; ?>

                                    <?php if( have_posts() ) : while ( have_posts() ) : the_post(); ?>

                                    <?php if ($post->post_date < $current_post_date) {  ?>

                                    <article>
                                        <figure>

                                          <?php
                                              $image_link=get_post_meta($post->ID,'Image_Link',true);
                                              if($image_link != '') {
                                              echo '<a href="http://example.com">'. get_the_post_thumbnail() .'</a>';
                                              } else {
                                              echo get_the_post_thumbnail();
                                              }
                                          ?>

                                          <figcaption>
                                                <?php
                                                // Call in the contents of a custom field called Credit and if custom field in admin panel is empty don't display <p> tags otherwise wrap contents of custom field in <p> tags
                                                $credit=get_post_meta($post->ID,'Credit',true);
                                                if($credit != '') {
                                                echo '<p>'. $credit .'</p>';
                                                } else {
                                                echo ' ';
                                                }
                                                ?>
                                          </figcaption>
                                        </figure>

                                        <?php
                                        $sub_title=get_post_meta($post->ID,'subtitle',true);
                                        if($sub_title != '') {
                                        echo '<h1>'. get_the_title() .'<span> / '. $sub_title . ' / ' . get_the_time('l jS F') .'</span></h1>';
                                        } else {
                                        echo '<h1>'. get_the_title() .'<span> / ' . get_the_time('l jS F') .'</span></h1>';
                                        }
                                        ?>

                                        <?php the_content(''); ?>

                                        <div class="a-options">
                                            <a href="#post-<?php the_ID(); ?>" class="comments scrollto">Comment</a>

                                            <!-- share -->
                                            <div class="share-button">
                                                <div class="buttons">
                                                    <div class="facebook">

                                                        <div class="fb-like" data-send="false" data-layout="button_count" data-width="450" data-show-faces="false" data-font="arial"></div>

                                                    </div>

                                                    <div class="twitter">

                                                        <a href="https://twitter.com/share" class="twitter-share-button" data-text="<?php the_title(); ?>" data-url="<?php the_permalink(); ?>" data-via="kettlesyard" data-related="kettlesyard" data-hashtags="kettlesyard">Tweet</a>
                                                        <script>!function(d,s,id){var js,fjs=d.getElementsByTagName(s)[0];if(!d.getElementById(id)){js=d.createElement(s);js.id=id;js.src="//platform.twitter.com/widgets.js";fjs.parentNode.insertBefore(js,fjs);}}(document,"script","twitter-wjs");</script>

                                                    </div>

                                                    <div class="pinterest">
                                                        <a href="http://pinterest.com/pin/create/button/?url=<?php the_permalink(); ?>" class="pin-it-button" count-layout="horizontal"><img border="0" src="//assets.pinterest.com/images/PinExt.png" title="Pin It" /></a>
                                                    </div>

                                                </div>

                                                <span class="pseudo-button">&#043; Share</span>
                                             </div> <!--! /share -->

                                        </div><!--! /a-options -->


                                        <?php if ( in_category( 'contact' ) ) : // Display nothing ?>

                                            <?php // Else, show comments
                                            else : ?>

                                                <?php global $withcomments;
                                                $withcomments = 1;
                                                comments_template(); ?>

                                        <?php endif; ?>

                                      </article>

                                      <?php } ?>


                                    <?php endwhile; ?>


                                    <div id="next-prev-wrap" class="nextprev"><?php next_posts_link(); ?> <?php previous_posts_link(); ?></div>


                                    <?php endif;  wp_reset_query(); ?>

                                    </div>
                </section>

                <?php get_sidebar(); ?>

           </div> <!--! /main -->


</div><!--/left-col -->
<?php get_footer(); ?>