pasta1/
   script.py
pasta2/
   modules/
      python/
          pasta3/
              __init__.py
               modulo1.py
               modulo2.py

#!/usr/bin/python

# -*- coding: utf-8 -*-

import sys
import datetime

from pasta3.modulo1 import Mod1
from pasta3.modulo2 import Mod2

$ ./script.py
Traceback (most recent call last):
     File "./script.py", line 9, in <module> from pasta3.modulo1 import Mod1
ImportError: No module named pasta3.modulo1

import imp

arquivo, caminho, descricao = imp.find_module('Modulo1', ['/foo/bar/baz/'])

modulo1 = imp.load_module('Modulo1', arquivo, caminho, descricao)

modulo1.funcao1()

from ..pasta3.modulo1 import Mod1

export PYTHONPATH = /pasta2/modules/python/pasta3

$ ln -s ./pasta2 ./pasta1/pasta2