matrix.names <- c(x1, x2, x3, x4, y1, y2, y3, y4, z1, z2, z3 z4)
my.matrix <- matrix(ncol = length(matrix.names)
colnames(my.matrix) <- matrix.names

x <- c(1,2)
y <- c(4,2,1,5)
z <- c(1)

x1 x2  x3 x4 y1 y2 y3 y4 z1 z2 z3 z4
[1,]   1  2  NA NA  4  2  1  5  1 NA NA NA

x <- c(1,1,1,1)
y <- c(0,4)
z <- c(4,1,3)

x1 x2 x3 x4 y1 y2 y3 y4 z1 z2 z3 z4
[1,]   1  2 NA NA  4  2  1  5  1 NA NA NA
[2,]   1  1  1  1  0  4 NA NA  4  1  3 NA