Модели под два экструдера идут отдельными stl файлами, каждый под свой цвет. Для slic3r'а выглядит так:
1) загружаем обе stl'ки
2) в меню plater->export amf..
3) убираем stl'ки из загруженных, загружаем получившийся amf
4) режем =)

С киссом еще не проверял.

Ну и еще из удивившего, экструдеры назначаются не разными осями, как я ожидал (E,A,B,C), а переключаются с помощью команд T0 и T1 в гкоде..