var a = [
  [
    {
      id: "AAA"
    },
    {
      id: "BBB"
    }
  ],
  [
    {
      id: "AAA"
    },
    {
      id: "DDD"
    }
  ]
];
var b = [
  [
    {
      id: "BBB"
    }
  ],
  [
    {
      id: "CCC"
    },
    {
      id: "BBB"
    }
  ],
  [
    {
      id: "AAA"
    }
  ],
  [
    {
      id: "AAA"
    },
    {
      id: "DDD"
    }
  ],
  [
    {
      id: "DDD"
    }
  ],
  [
    {
      id: "CCC"
    },
    {
      id: "DDD"
    }
  ],
  [
    {
      id: "AAA"
    }
  ],
  [
    {
      id: "AAA"
    },
    {
      id: "BBB"
    }
  ]
];

function remove_duplicates(a, b) {
    for (var i = 0, len = a.length; i < len; i++) {
        for (var j = 0, len = b.length; j < len; j++) {
            if (a[i].name == b[j].name) {
                b.splice(j, 1);
            }
        }
    }

    console.log(a);
    console.log(b);

}

console.log(a);
console.log(b);

remove_duplicates(a,b);