#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

//funkcia na vypis sekvencie zo suboru na obrazovku
int vypis(FILE *fr, char *c){
	int p,s=0;

	//pouzivatel zada cele cislo p predstavujuce pocet pismen v riadku na vypis celeho suboru
	scanf("%d", &p);

	//program zisti ci zadane cislo p od pouzivatela je v rozsahu 1-20, ak nie je funkcia skonci a pokracuje sa v hlavnom programe
	if (p<1 || p>20){
		printf("Nespravny pocet nukleotidov na riadok");
		return 0;
	}

	//program zisti ci sa dany subor da otvorit, ak nie funkcia skonci a pokracuje sa v hlavnom programe
	if ((fr = fopen("DNAsekvencie.dat", "r")) == NULL){
		printf("Neotvoreny subor.\n");
		return 0;
	}
	//premenna "s" je pocitadlo podla ktoreho sa vypise subor na "p" pismen pre riadok a funkcia skonci
	while ((*c = getc(fr)) != EOF){
		printf("%c", *c);
		s++;
		if (s%p==0) putchar('\n');
	}
	return 0;
}

int nacitanie(FILE *fr, char *c, char w[]){
	int i=0,p=0;

	//program zisti ci sa dany subor da otvorit, ak nie funkcia skonci a pokracuje sa v hlavnom programe
	if ((fr = fopen("DNAsekvencie.dat", "r")) == NULL){
		printf("Neotvoreny subor.\n");
		return 0;
		}

	//skontrolujeme ci v subore je zapisana DNA sekvencia (neobsahuje ine znaky ako A,T,C,G)
	while ((*c = getc(fr)) != EOF){
		if (*c!='A' && *c!='C' && *c!='G' && *c!='T')
			p=1;
	}

	if (p==1)
		printf("Sekvencia nesplna podmienky\n");

	//ak v subore je naozaj zapisana iba DNA sekvencia, tak ju zapiseme do pola "w", ktore obsahuje najviac 1000 znakov a zvysok ignoruje
	else {
		rewind(fr);
		while (((*c = getc(fr)) != EOF) && (i!=1000)){
		w[i]=*c;
		i++;
		}
		printf("Sekvenciu sa podarilo nacitat\n");
	}
	return 0;
}


int histogram(char w[]){
	int i,h[4];

	//program zisti ci sekvencia bola vobec nacitana do pola "w", ak nie je, tak funckia skonci a pokracuje sa v hlavnom programe
	if (w[0]<'A' || w[0]>'Z'){
		printf("Sekvencia nie je nacitana");
		return 0;
	}

	//nastavime pomocne premenne pola "h" na 0
	for(i=0;i<4;i++)
		h[i]=0;

	//prezerame pole "w" a hladame pismena A,C,G a T, ktorych jednotlive mnozstva zapiseme do pomocnych premennych pola "h"
	for(i=0;i<1000;i++){
		if (w[i]=='A') h[0]++;
		if (w[i]=='C') h[1]++;
		if (w[i]=='G') h[2]++;
		if (w[i]=='T') h[3]++;
	}
	printf("A: %d\nC: %d\nG: %d\nT: %d", h[0], h[1], h[2], h[3]);
	return 0;
}

int hladanie(char w[]){
	int i,n,j=0,m=0,k=0,t=0;
	char r[10];

	printf("Zadaj podsekvenciu\n");
	scanf("%s", &r);

	for (i=0;i<1000;i++)
		if (w[i]>='A' && w[i]<='Z') n=i;

	for (i=0;i<10;i++)
		if (r[i]>='A' && r[i]<='Z') m=i;


	for(i=0;i<n+1;i++){
		if (r[t]==w[i]){
			if (k+1!=i) t=0;
			k=i;
			t++;

		}

		if ((m+1)==t) {

			if (i<=3) {
				printf("%d ", i-t+2);
				for (j=0;j<3-i+1;j++)
					printf("-");
				for(j=0;j<i+4;j++)
					printf("%c", w[j]);
				putchar('\n');
			}
			if (i>3 && n-i>=3) {
				printf("%d ", i-t+2);
				for(j=i-3;j<i+5;j++)
					printf("%c", w[j]);
				putchar('\n');
			}
			if (n-i<=3){
				printf("%d ", i-t+2);
				for(j=i-4;j<n+1;j++)
					printf("%c", w[j]);
				for (j=n-i;j<3;j++)
					printf("-");
				putchar('\n');
			}
			t=0;
		}
	}
}

int komplement(char w[]){
	int i,k;

	for(i=0;i<1000;i++)
		if (w[i]>='A' && w[i]<='Z') k=i+1;

	for(i=0;i<k;){
		if (w[i]=='A'){
			w[i]='T';
			i++;
		}
		if (w[i]=='T'){
			w[i]='A';
			i++;
		}
		if (w[i]=='C'){
			w[i]='G';
			i++;
		}
		if (w[i]=='G'){
			w[i]='C';
			i++;
		}
	}
	for(i=0;i<k;i++)
		printf("%c",w[i]);
}

int priemer(char w[]){
	int i=0,s=0,p=0,a=0,j=0,f=0;
	char l,k;
	float d=0;
	scanf("%c %c", &l, &k);
	for (i=0;i<1000;i++)
		if (w[i]==l) p++;

	for (i=0;i<1000;i++){
		if (w[i]==l){
			s=i;
			for (j=i+1;j<1000;j++)
				if (w[j]==k){
					a=j;
					d+=a-s;
					f++;
				}
		}
	}
	d/=f;
	printf("%.2f", d);
}

int main() {
	FILE *fr;
	int i=0;
	char c,q,w[1000];

	fr = fopen("DNAsekvencie.dat", "r");

	do{
		printf("Vyber jednu z moznosti:\nv - vypis sekvencie\nn - nacitanie sekvencie do statickeho pola\nh - histogram\np - vyhladanie \nc - komplementarne vlakno\nd - priemerna vzdialenost\nk - ukoncenie programu\n");
		q=getchar();
		getchar();
		switch (q) {
			case 'v':
				vypis(fr, &c);
				break;
			case 'n':
				nacitanie(fr,&c,w);
				break;
			case 'h':
				histogram(w);
				break;
			case 'p':
				hladanie(w);
				break;
			case 'c':
				komplement(w);
				break;
			case 'd':
				priemer(w);
				break;
		}
	putchar('\n');
	}while (q!='k');

	fclose(fr);
	system("pause");
	return 0;
}