,Flag2,,Flag4,Flag5,,,,,Flag10,Flag11,Flag12,Flag13

awk -F, '{for(i=1;i<=NF;i++)if($i=="Flag10")print i}' file

$ echo ',Flag2,,Flag4,Flag5,,,,,Flag10,Flag11,Flag12,Flag13' | awk -F, '{for(i=1;i<=NF;i++)if($i=="Flag10")print i}'
10

awk -F, -v head="Flag10" '
    FNR == 1 {for (i=1; i<=NF; i++) col[$i] = i}
    {print $col[head]}
' << END
,Flag2,,Flag4,Flag5,,,,,Flag10,Flag11,Flag12,Flag13
10,20,30,40,50,60,70,80,90,100,110,120,130
END

Flag10
100