var linked_tree = [{
  id: '1-abc'
  value: '...'
}, {
  id: '2-abc',
  parent: '1-abc',
  value: '...'
}, {
  id: '2-def',
  parent: '1-abc',
  value: '...'
}, {
  id: '3-abc',
  parent: '2-abc',
  value: '...'
}];

// Convert to

var linked_tree = [{
  id: '1-abc'
  value: '...',
  nodes: [{
    id: '2-abc',
    parent: '1-abc',
    value: '...'
  }, {
    id: '2-def',
    parent: '1-abc',
    value: '...',
    nodes: [{
      id: '3-abc',
      parent: '2-abc',
      value: '...'
    }]
  }
}];