kevin@kevin-HP-Z820-Workstation:~/dev/ecoli_serotyping-fork|master⚡
⇒  python src/Tools_Controller/tools_controller.py -in GCA_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna -s 0 -amr 1
[info] clean...
[info] remove temp file: /home/kevin/dev/ecoli_serotyping-fork/GCA_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.blastRes.xml
[info] remove temp file: /home/kevin/dev/ecoli_serotyping-fork/GCA_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.contigToORF.fsa
[info] remove temp file: /home/kevin/dev/ecoli_serotyping-fork/GCA_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.predictedGenes.json
[info] remove temp file: /home/kevin/dev/ecoli_serotyping-fork/GCA_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.contig.fsa
{'GCA_000005845.2_ASM584v2_genomic': {'Antimicrobial Resistance': {u'evgA': 1, u'CMY-117': 1, u'emrY': 1, u'mdsB': 1, u'LRA-18': 1, u'emrR': 1, u'rosA': 1, u'rosB': 1, u'MIR-2': 1, u'CMY-99': 1, u'CMY-98': 1, u'CMY-93': 1, u'emrA': 1, u'emrB': 1, u'CMY-90': 1, u'emrD': 1, u'emrE': 1, u'robA': 1, u'CMY-94': 1, u'CMY-13': 1, u'CMY-12': 1, u'mdtH': 1, u'CMY-17': 1, u'CMY-16': 1, u'CMY-15': 1, u'CMY-14': 1, u'DHA-3': 1, u'MIR-6': 1, u'smeE': 1, u'smeD': 1, u'DHA-7': 1, u'smeB': 1, u'smeA': 1, u'mdtN': 1, u'DHA-21': 1, u'mdtM': 1, u'mdtL': 1, u'ACT-6': 1, u'ACT-7': 1, u'ACT-4': 1, u'ACT-5': 1, u'ACT-2': 1, u'ACT-3': 1, u'mexY': 1, u'mexQ': 1, u'mexN': 1, u'MIR-8': 1, u'MIR-9': 1, u'Klebsiella pneumoniae acrR mutant resulting in high level antibiotic resistance': 1, u'mexF': 1, u'MIR-3': 1, u'mexD': 1, u'MIR-1': 1, u'mexB': 1, u'mexC': 1, u'MIR-4': 1, u'mexA': 1, u'CMY-119': 1, u'CMY-66': 1, u'CMY-67': 1, u'CMY-64': 1, u'DHA-18': 1, u'CMY-62': 1, u'CMY-63': 1, u'CMY-60': 1, u'CMY-61': 1, u'DHA-13': 1, u'DHA-12': 1, u'DHA-10': 1, u'DHA-17': 1, u'DHA-16': 1, u'CMY-68': 1, u'CMY-69': 1, u'CRP': 1, u'tolC': 1, u'ACT-10': 1, u'bacA': 1, u'MIR-14': 1, u'MIR-15': 1, u'MIR-16': 1, u'MIR-17': 1, u'MIR-10': 1, u'MIR-11': 1, u'MIR-12': 1, u'MIR-13': 1, u'CMY-75': 1, u'CMY-74': 1, u'CMY-77': 1, u'CMY-76': 1, u'CMY-71': 1, u'CMY-70': 1, u'CMY-73': 1, u'CMY-72': 1, u'CMY-79': 1, u'CMY-78': 1, u'CMY-2': 1, u'CMY-7': 1, u'CMY-6': 1, u'CMY-5': 1, u'CMY-4': 1, u'cpxR': 1, u'CMY-22': 1, u'adeG': 1, u'adeA': 1, u'adeB': 1, u'ACT-19': 1, u'CMY-95': 1, u'cpxA': 1, u'adeI': 1, u'adeJ': 1, u'ACT-13': 1, u'vanL': 1, u'CMY-40': 1, u'CMY-41': 1, u'CMY-42': 1, u'CMY-43': 1, u'ACT-32': 1, u'DHA-15': 1, u'ACT-30': 1, u'CMY-47': 1, u'CMY-48': 1, u'CMY-49': 1, u'DHA-14': 1, u'DHA-1': 1, u'mdfA': 1, u'acrS': 1, u'CMY-18': 1, u'marA': 1, u'baeR': 1, u'baeS': 1, u'DHA-6': 1, u'acrB': 1, u'acrA': 1, u'acrF': 1, u'DHA-5': 1, u'acrD': 1, u'acrE': 1, u'DHA-2': 1, u'ACT-31': 1, u'CMY-87': 1, u'PmrC': 1, u'PmrB': 1, u'PmrA': 1, u'PmrF': 1, u'PmrE': 1, u'ACT-25': 1, u'ACT-24': 1, u'ACT-27': 1, u'ACT-21': 1, u'ACT-20': 1, u'CMY-59': 1, u'CMY-58': 1, u'CMY-57': 1, u'CMY-56': 1, u'CMY-55': 1, u'CMY-54': 1, u'CMY-53': 1, u'cmeB': 1, u'CMY-51': 1, u'CMY-50': 1, u'Mycobacterium tuberculosis katG mutations conferring resistance to isoniazid': 1, u'mtrD': 1, u'ACT-16': 1, u'mdtP': 1, u'ACT-23': 1, u'mtrC': 1, u'ACT-22': 1, u'amrB': 1, u'mdtC': 1, u'mdtB': 1, u'arnA': 1, u'CMY-118': 1, u'mdtG': 1, u'mdtF': 1, u'mdtE': 1, u'mdtD': 1, u'CMY-113': 1, u'CMY-112': 1, u'CMY-111': 1, u'CMY-110': 1, u'mdtO': 1, u'CMY-116': 1, u'CMY-115': 1, u'CMY-114': 1, u'LAT-1': 1, u'abeM': 1, u'H-NS': 1, u'ACT-29': 1, u'MIR-5': 1, u'ACT-28': 1, u'evgS': 1, u'CMY-28': 1, u'CMY-29': 1, u'ACT-14': 1, u'ACT-15': 1, u'vanG': 1, u'ACT-17': 1, u'ACT-18': 1, u'CMY-23': 1, u'CMY-20': 1, u'CMY-21': 1, u'CMY-26': 1, u'CMY-27': 1, u'CMY-24': 1, u'CMY-25': 1, u'phoQ': 1, u'Mycobacterium tuberculosis rpoB mutants conferring resistance to rifampicin': 1, u'phoP': 1, u'Staphylococcus aureus gyrB conferring resistance to aminocoumarin': 1, u'CMY-108': 1, u'CMY-100': 1, u'CMY-101': 1, u'CMY-102': 1, u'CMY-103': 1, u'CMY-104': 1, u'CMY-105': 1, u'mdtK': 1, u'ACT-36': 1, u'ACT-37': 1, u'DHA-19': 1, u'ACT-1': 1, u'ACT-12': 1, u'DHA-22': 1, u'CMY-38': 1, u'DHA-20': 1, u'ACT-35': 1, u'CMY-31': 1, u'CMY-30': 1, u'CMY-33': 1, u'CMY-32': 1, u'CMY-35': 1, u'CMY-34': 1, u'CMY-37': 1, u'CMY-45': 1, u'CMY-65': 1, u'CMY-46': 1, u'ampC': 1, u'CFE-1': 1, u'emrK': 1, u'CMY-44': 1, u'CMY-84': 1, u'CMY-85': 1, u'CMY-86': 1, u'ACT-9': 1, u'CMY-80': 1, u'CMY-81': 1, u'CMY-82': 1, u'CMY-83': 1, u'ceoB': 1, u'mdtA': 1, u'macB': 1, u'macA': 1, u'CMY-39': 1, u'gadX': 1}}}