Я давно еще хотел сделать другую виртуалку для GQ, но что-то не задалось.
Она нужна как минимум потому, что на нынешней стоит херовая версия убунты, из-за которой мы даже нормально перезагрузить виртуалку не можем. Сейчас появился дополнительный стимул завести новую – мы на ней будем разворачивать новую версию GQ (без БД, бэкэнд на котлине, м.б. какие-то новые фичи и тд).
Никита, настрой, пожалуйста, такую виртуалку. Для этого надо обратиться к Арсению Сероке, он ее выделит и направит новый URL на нее (скажем, /gq).
Что на нее ставить – решай сам. Главное – чтобы стабильно. Предлагаю 14.04.
Там по аналогии развернешь все (ты уже могёшь).
Как ты уже видел, я выложил на гит не только core нашего бэкэнда, но и некоторую реализацию конечного бэкэнда – контроллеры на спринге и все, что с ними связано. Вот этот контроллер умеет отвечать на запрос вида "вот тебе список х.з. каких генов, дай мне по ним найденные модули и результат отображения этих генов в entrez".
Тебе надо по аналогии сделать контроллер, который принимает на вход список генов в произвольном формате и id модуля (GSE123_GPL123#123) и находит пересечение этого модуля с входными генами в entrez формате.
Этот контроллер является аналогом вот этого функционала, который работает сейчас. Насчет формата обмена данными особо не парься, всегда успеем поправить. Сделай пока так же, как и в имеющемся контроллере.
Эта задача может занять продолжительное время, так как почти каждое "слово" в коде на спринге придется гуглить :) Если совсем худо, пиши в слэк, буду отвечать.
На все пиши тесты :) В качестве примеров используй мой код, я постарался реализовать все то по максимуму в ширь, чтобы затронуть все аспекты спринга, которые нам нужны.
Как тестить ручками: делаешь gradle bootRepackage (это создаст в build/libs новый jar). Запускаешь его. Не забудь указать в конфигах при запуске путь к каталогу с данными.
После этого делаешь отдельную ветку genequery-web, направляешь запросы к новому бэкэнду (как это сделано тут). Смотришь, чтобы все работало :)
Я тебя ни в чем не ограничиваю в плане фантазий – делай, как считаешь нужным. Если что, потом поправим.

https://github.com/ctlab/genequery-web/blob/master/genequery/searcher/views.py#L298-L334
https://github.com/ctlab/genequery-web/blob/master/genequery/searcher/views.py#L272-L295