var directionsDisplay = new google.maps.DirectionsRenderer({
    suppressMarkers : true // не использовать маркеры
});

// ...............

if (status == google.maps.DirectionsStatus.OK) {
    var markerCounter = 1; //счетчик маркеров
    directionsDisplay.setDirections(response);
    // добавим свои маркеры
    var route = response.routes[0];
    // маркер начала движения
    addMarker(route.legs[0].start_location, markerCounter++);
    // маркеры по всему маршруту, включая конец
    for (var i = 0; i < route.legs.length; i++) {
      addMarker(route.legs[i].end_location, markerCounter++);
    }
 }

// ...............

/** создает маркер с числовым номером i */
function addMarker(position, i) {
  return new google.maps.Marker({
    icon: 'http://chart.apis.google.com/chart?chst=d_map_pin_letter&chld=' + i + '|FF0000|000000',
    position: position,
    map: map
  });
}