<tr>
    <p> Olá, <?php echo $nome ?>! </p>
</tr>
<tr>
    <p>
        Há um novo protocolo referente ao documento nº <?php echo $controle ?>.
    </p>
</tr>

$body = '<tr>
    <p> Olá, [NOME]! </p>
</tr>
<tr>
    <p>
        Há um novo protocolo referente ao documento nº [CONTROLE].
    </p>
</tr>';

// Dados
$nome = 'Gabriel Rodrigues';
$controle = 'Dados do Controle';
// Substituindo Macros pelos valores.
$body = str_replace('[NOME]', $nome, $body);
$body = str_replace('[CONTROLE]', $controle, $body);
echo $body;