# Используется либа lxml вместо стандартной питоновской
from lxml import etree as et

# Парсим файлы
parser = et.XMLParser(remove_blank_text=True)
file1 = et.ElementTree().parse('1.xml', parser)
file2 = et.ElementTree().parse('2.xml', parser)

a_tag = file1.find('a') # Ищем тег 'a'

# Пихаем в file2 тег 'a' с теми же атрибутами, что и у 'a' из первого файла
new_a = et.SubElement(file2, 'a', a_tag.attrib)

b_tags = file2.findall('b') # 'Ищем теги b' из второго файла

# Добавляем теги 'b' в 'a' и удаляем их из корня
for b in b_tags:
    et.SubElement(new_a, 'b', b.attrib).text = ''
    file2.remove(b)

# Пишем это всё в новый файл
tree = et.ElementTree(file2)
tree.write('3.xml', encoding='UTF-8', pretty_print=True)