string ref = "GATA";
    string align = "GAT";

    string alignmentA = "";
    string alignmentB = "";
    int i = ref.length(); //αριστερή λέξη (αρα το index1 απεικονίζει γραμμές)
    int j = align.length(); //πάνω λέξη (άρα το index2 απεικονίζει στήλες)
    int diag;
    int up;
    int left;

    //Το σημείο (index1, index2) δείχνει στο κάτω δεξιά στοιχείο του matrix

    while(index1>0 || index2>0)
    {
        diag = matrix(i-1, j-1);
        up = matrix(i-1, j);
        left = matrix(i, j-2);

        int max = max(diag,up,left);

        if(diag is max)
        {
            i -= 1;
            j -= 1;
            alignmentA = ref(i) + alignmentA;
            alignmentB = ref(i) + alignmentB;

        }

        if(left is max)
        {
            alignmentB = "-" + alignmentB;
            j -= 1;
        }

        if(up is max)
        {
            alignmentA = "-" + alignmentA;
            i -= 1;
        }


    }