#!/bin/bash

for((i = 1; i <= 10; i++))
do
    gmx grompp -f transitionA.mdp -c frameA$i.gro -p newtop.top -maxwarn 1 -o transitionA$i.tpr
    gmx grompp -f transitionB.mdp -c frameB$i.gro -p newtop.top -maxwarn 1 -o transitionB$i.tpr
    gmx mdrun -v -s transitionA$i.tpr -dhdl dhdlA$i.xvg -ntomp 4 -ntmpi 1
    gmx mdrun -v -s transitionB$i.tpr -dhdl dhdlB$i.xvg -ntomp 4 -ntmpi 1
done