/www/index.html
/www/jp/app.js
/www/dependencias/*.js

CodeSource fuente = MiClase.class.getProtectionDomain().getCodeSource();
if (fuente != null) {
  URL urlJar = fuente.getLocation();
  ZipInputStream zip = new ZipInputStream(urlJar.openStream());
  while(true) {
    ZipEntry recurso = zip.getNextEntry();
    if (recurso == null)
      break; //Fin de iteracion dentro del jar
    String name = recurso.getName();
    if (/*Filtrar los recursos aqui*/...) {
      /* Si es un recurso, copiarlo a la carpeta destino */
      ...
    }
  }
}