(df.set_index('item')).sub(c.set_index('item').reindex(df.item).value,axis=0).gt(0).groupby(level=0).sum()
Out[646]:
        A    B    C
item
a     1.0  1.0  0.0
b     0.0  2.0  1.0
c     1.0  1.0  1.0
d     2.0  0.0  0.0