/**
 * Добавление предупреждений
 */
$stmt = $pdo->prepare("INSERT INTO `users_warns` (`admin_id`, `user_id`) VALUES (:admin_id, :user_id)"); // подготавливаем запрос
$stmt->execute([
    'admin_id' => $user_id, // id юзера (админа), кто юзает команду
    'user_id' => $badUser['id'], // id наказуемого, нужно получить где-то выше
]);

/**
 * Подсчёт кол-ва
 */
$stmt = $pdo->prepare("SELECT * FROM `users_warns` WHERE `user_id` = :user_id"); // подготавливаем запрос
$stmt->execute([
    'user_id' => $user_id,
]); // выполняем

$warns = $stmt->rowCount(); // кол-во записей (предупреждений) юзера

if ($warns > 5) {
    echo 'test';
}