#удаляем NaN в 'locality_name' для правильной обработки NaN в циклах ниже
df.dropna(subset=['locality_name'], inplace=True)

df.groupby('locality_name')['airports_nearest'].apply(lambda x: x.fillna(x.median()))

#вывод:
#print(df.isna().sum())
#airports_nearest        5432