Nascido Pedro Henrique João Cipriano Assis e Alcântara de Saxe Coburgo Orleans e Bragança, foi a segunda criança e o segundo filho homem a nascer de Leopoldina II do Brasil e seu primeiro consorte Luís Carlos de Orleans, a imperatriz e o príncipe consorte. Teve por irmãos, Afonso Henrique (falecido), Ana Augusta, Leopoldina, Pedro Augusto e Carlos Luís. Durante alguns meses após a morte de Afonso, Pedro passou a frequentar psiquiatras que pudessem ajudar o príncipe a aceitar a morte do irmão mais velho. A morte de Afonso sempre se deu a famosa maldição dos Bragança. Pedro cresceu sendo príncipe herdeiro do Brasil e completou os estudos assistido por tutores no Real Gabinete de Literatura Portuguesa, diferente de seus irmãos que frequentaram o Colégio de Pedro II. Desde pequeno, foi incentivado ao hipismo e a esgrima. Seu esporte favorito era o futebol. Aos dez anos, Pedro Henrique já falava o inglês, francês, italiano, alemão, além do hebráico e latim. Por ser o herdeiro de um império vasto, estudou Economia pela Harvard, na Inglaterra e posteriormente ao retornar para casa, se engajou nas atividades socioassistenciais para com o império. Pedro também trabalhou durante o reinado de sua mãe em apaziguar a relação aspera da imperatriz com o primeiro ministro. Ainda jovem, recebeu honras em respeito às suas atividades com os mais necessitados e chegou a ser comparado com o magnânimo. Durante o reinado de sua mãe, o príncipe assumiu a regência do Império do Brasil, em cinco eventualidades e nas últimas delas, foi responsável por grandes atos.