./my_program --option1 --option2 --option3

use_option3=1 # or 0

option3=""
if [ $use_option3 == 1 ]; then
    option3="--option3"
fi

./my_program --option1 --option2 "$option3"

opts=(--option1 --option2)

if [[ $use_option3 == 1 ]]; then
    opts+=(--option3)
fi

./my_program "${opts[@]}"