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  413. │   │   ├── mm9.fa.rsa
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  417. │   ├── liftover
  418. │   │   ├── mm9ToHg18.over.chain
  419. │   │   ├── mm9ToHg19.over.chain
  420. │   │   ├── mm9ToMm10.over.chain
  421. │   │   └── mm9ToMm8.over.chain
  422. │   ├── mm9.2bit
  423. │   ├── mm9.gtf
  424. │   └── rsem
  425. │   ├── mm9.1.ebwt
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  436. │   ├── mm9.ti
  437. │   └── mm9.transcripts.fa
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  440. │   ├── set5-database.fasta
  441. │   ├── set5-database.fasta.zip
  442. │   ├── set5-database-reindexed.bursttrie_0.dat
  443. │   ├── set5-database-reindexed.kmer_0.dat
  444. │   ├── set5-database-reindexed.pos_0.dat
  445. │   ├── set5-database-reindexed.stats
  446. │   ├── set6-database.fasta
  447. │   ├── set6-database.fasta.zip
  448. │   ├── set6-database-reindexed.bursttrie_0.dat
  449. │   ├── set6-database-reindexed.kmer_0.dat
  450. │   ├── set6-database-reindexed.pos_0.dat
  451. │   └── set6-database-reindexed.stats
  452. ├── sacCer1
  453. │   └── liftover
  454. │   ├── sacCer1ToSacCer2.over.chain
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  458. │   └── sacCer2ToSacCer3.over.chain
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  461. │   │   ├── genome.1.bt2
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  463. │   │   ├── genome.3.bt2
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  467. │   ├── bowtie-index
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  469. │   │   ├── sacCer3.2.ebwt
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  473. │   │   └── sacCer3.rev.2.ebwt
  474. │   ├── bwa_index
  475. │   │   ├── sacCer3.fa
  476. │   │   ├── sacCer3.fa.amb
  477. │   │   ├── sacCer3.fa.ann
  478. │   │   ├── sacCer3.fa.bwt
  479. │   │   ├── sacCer3.fa.pac
  480. │   │   ├── sacCer3.fa.rbwt
  481. │   │   ├── sacCer3.fa.rpac
  482. │   │   ├── sacCer3.fa.rsa
  483. │   │   └── sacCer3.fa.sa
  484. │   ├── genome.fa
  485. │   ├── genome.fa.fai
  486. │   ├── liftover
  487. │   │   └── sacCer3ToSacCer2.over.chain
  488. │   ├── rsem
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  491. │   │   ├── SacCer3.3.ebwt
  492. │   │   ├── SacCer3.4.ebwt
  493. │   │   ├── SacCer3.chrlist
  494. │   │   ├── SacCer3.grp
  495. │   │   ├── SacCer3.idx.fa
  496. │   │   ├── SacCer3.n2g.idx.fa
  497. │   │   ├── SacCer3.rev.1.ebwt
  498. │   │   ├── SacCer3.rev.2.ebwt
  499. │   │   ├── SacCer3.seq
  500. │   │   ├── SacCer3.ti
  501. │   │   └── SacCer3.transcripts.fa
  502. │   ├── sacCer3.2bit
  503. │   ├── sacCer3.gtf
  504. │   └── Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.91.gff3
  505. └── test-content
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