В index.php
в самой первой строчке либо перед вызовом основного сайта. Ето типа начать запись в буфер.

ob_start();



в конце индекс либо в конце вызова основного кода

$html  = ob_get_clean();
$html  = str_replace("http:", "https:", $html);
echo $html;



Что оно делает.
Вместо вывода в выходной поток пишет в буфер. Затем мы получаем вывод в строку и чистим буфер.
Делаем замену и выводим.