id - auto_increment
name - само слово( уникальный )

$text = "В корзине лежит яблоко. В поле стоит дерево.";

//Сначала нужно найти все слова, бьем фразу в массив по пробелам

$words = explode(' ', $text);

//Затем проверяем каждое слово:

foreach($words as $word) {

    $word = trim($word); //убираем пробелы

    //Проверяем в базе, любимым адаптером выполняя запрос
    //Само собой никто не мешает заменить ILIKE на LIKE или =
    $wordId = $msSql->fetchOne("SELECT id FROM slove WHERE name ILIKE '{$word}'");


    //Если в базе такое слово есть, то заменяем его в тексте на нужный span
   if (!empty($wordId)) {
      $text = str_replace($word, "<span id='$wordId'>$word</span>", $text);
   }

}

$text = "В корзине лежит яблоко. В поле стоит дерево.";

// все слова из таблицы, присутствующие в тексте получаем одним запросом
$result = mysql_query("SELECT id, name FROM slovo
WHERE INSTR('" . mysql_escape_string($text) . "', name)");

// проходим по всем словам и делаем замену
while ($row = mysql_fetch_array($result, MYSQL_ASSOC)) {
    $text = str_ireplace($row['name'],
        '<span id="word-' . $row['id'] . '">' . $row['name'] . '</span>',
        $text);
}

class ConnectPDO {

        private $connect = array(
            'login' => 'DB_USER',
            'password' => 'DB_PASS',
            'db' => 'slovo_db'
        );

        private $dbc;

        public function __construct() {
            $db_name=$this->connect['db'];
            $this->dbc = new PDO("mysql:host=localhost;dbname=$db_name;charset=utf8", $this->connect['login'], $this->connect['password']);
        }

        public function get_data($sql,$parameters=array()) {

            if (!empty($parameters)) {
                $sth = $this->dbc->prepare($sql);
                $sth->execute($parameters);
            } else {
                $sth = $this->dbc->prepare($sql);
                $sth->execute();
            }

            $result = $sth->fetchAll();

            return $result;
        }

    }

$connection=new ConnectPDO();

    $data = array();


    $text = "asd  sad asd as dasd asd asdasdas das das das";

    //explode делает массив из фразы с которым далее очень просто работать
    $text_aray = explode(" ", $text);

    foreach ($text_aray as $each) {
        $data[] = $connection->get_data("SELECT * FROM `slovo` WHERE `name` LIKE %:name% ",array('name'=>$each));
    }

    // отобразить все слова из базы
    foreach ($data as $data_block){
        foreach ($data_block as $each_row){
            echo '<span id="'.$each_row['id'].'">'.$each_row['name'].'</span><br>';
        }
    }

DB_USER юзер mysql
DB_PASS пароль mysql
slovo_db база mysql

<?php
  # there is no information about where this text is from... we have it in
  # varriable $text
  $text = "В корзине лежит яблоко. В поле стоит дерево.";

  #one row result from mysqli_fetch_assoc
  $replacement_arr = array("id"=>1, "name"=>"яблоко");

  echo 'before:'.$text."nt";
  f_process_text($text, $replacement_arr);
  echo 'after:'.$text."n";


  function f_process_text(&$text, $replacement_arr){
     #set morphological phrases for $replacement_arr["name"];
     $phrases = f_get_phrases($replacement_arr["name"]);
     list($patterns, $replacements) = f_get_prepared_fo_replacement_arrs($phrases, $replacement_arr["id"]);
     $text = preg_replace( $patterns, $replacements, $text);
  }

  #return array
  function f_get_phrases($words){
    $result = array();
    $result[] = $words;

    #to add phrases it is recomended to use [phpMorphy](http://phpmorphy.sourceforge.net/)

    return $result;
  }

  function f_get_prepared_fo_replacement_arrs($phrases, $id){
      $patterns = array();
      $replacements = array();
      foreach($phrases as $phrase){
          $patterns[] = '/'.$phrase.'/';
          $replacements[] = '<span id="'.$id.'">'.$phrase.'</span>';
      }
      return array($patterns, $replacements);
  }
?>

$dsn = 'mysql:host=localhost;dbname=...';
$user = '...';
$password = '...';

$text = "В корзине лежит яблоко. В поле стоит дерево."; // исходная строка
$max_count_of_replace = count(explode(' ', $text)); // максимальное кол-во замен в исходной строке

$opt = [
    PDO::ATTR_ERRMODE            => PDO::ERRMODE_EXCEPTION,
    PDO::ATTR_DEFAULT_FETCH_MODE => PDO::FETCH_ASSOC
];

try {
    $pdo = new PDO($dsn, $user, $password, $opt);
} catch (PDOException $e) {
    die('Ошибка: ' . $e->getMessage());
}

$sql = 'SELECT `id`, `name` FROM `slovo` WHERE INSTR(:text, `name`)';
$stmt = $pdo->prepare($sql);
$stmt->bindValue(':text', $text, PDO::PARAM_STR);
$stmt->execute();

// заменяем слова из таблицы, присутствующие в $text

$count_of_replace = 0;
foreach ($stmt as $row) {
    $text = str_ireplace($row['name'], "<span id="{$row['id']}">{$row['name']}</span>", $text, $count);

    $count_of_replace += $count;
    if ($count_of_replace > $max_count_of_replace) {
        break;
    }
}

echo $text; // результат

$text = "В корзине лежит яблоко. В поле стоит дерево.";
//заменяем несколько пустых символов на один (чтобы избежать ситуации, когда из-за нескольких пробелов сочетания не будут найдены)
$text = preg_replace('/s{2,}/', ' ', $text);

//подключаемся к базе данных и выбираем
// все слова из таблицы, присутствующие в тексте получаем одним запросом, сортируем по уменьшению длины слов (фраз).
// Это нужно, чтобы исключить вариант когда при наличии 2-х слов/фраз "яблоко", "лежит яблоко" после замены первого,
// второе не получится уже заменить, так как между ними уже будет span
try{
$link = new PDO(   'mysql:host=your-hostname;dbname=your-db;charset=utf8mb4',
                    'your-username',
                    'your-password',
                    array(
                        PDO::ATTR_ERRMODE => PDO::ERRMODE_EXCEPTION,
                        PDO::ATTR_PERSISTENT => false
                    )
                );

$handle = $link->prepare('SELECT id, name FROM slovo WHERE INSTR(?, name) ORDER BY CHAR_LENGTH(name) DESC');
$handle->bindValue(1, $text, PDO::PARAM_STR);
$handle->execute();
$result = $handle->fetchAll(PDO::FETCH_OBJ);

// проходим по всем словам и делаем замену
foreach($result as $row){

  //экранируем служебные символы " .  + * ? [ ^ ] $ ( ) { } = ! < > | : - "
  $word = preg_quote($row->name);

  //используем регулярное выражение чтобы:
  //1) после замены регистр слов не был изменён
  //2) были заменены полностью слова а не только вхождения, например при слове "дерево", слово "деревообработка" останутся не тронутыми

  $text = preg_replace('/(^|W)(' . $word . ')($|W)/iu',  '\1<span id="word-' . $row->id . '">\2</span>\3', $text);
}