<?php
//свое количество записей в каждом разделе
function custom_posts_per_page($query) {
    if (!is_admin()) {
        if (is_archive(array('story'))) {
            $query->set('posts_per_page', 6);
        }//endif
    }
}

add_action('pre_get_posts', 'custom_posts_per_page');