#include <iostream>
#include <vector>
#include <fstream>
#include <algorithm>
#include <sstream>
#include <bitset>
#include <cmath>
#include <iterator>

#define FASTA "D:\\studia\\III\\AKwB\\zadIII\\1.txt"
#define QUAL "D:\\studia\\III\\AKwB\\zadIII\\1.qual.txt"

using namespace std;
struct sekwencja {
    string zrodlo;
    string sek;
    vector<int> qual;
};

struct Wierzcholek {
    string zrodlo;
    string sekwencja;
    vector<int> qual;
    unsigned int pozycja = 0;
    vector<Wierzcholek*> krawedzie;

    bool operator==(Wierzcholek &other) {
        return zrodlo == other.zrodlo && sekwencja == other.sekwencja && pozycja == other.pozycja;
    }
};

vector<Wierzcholek> V;

bool find_node(vector<Wierzcholek *> &krawedzie, Wierzcholek &node1) {
    for (auto &it : krawedzie) {
        if (*it == node1) return true;
    }
    return false;
}

vector<string> splitString(string s)
{
    stringstream iss(s);
    vector<string> tokens{istream_iterator<string>{iss},
                          istream_iterator<string>{}};
    return tokens;
}

vector<sekwencja> wczytywanie() {
    vector<sekwencja> wszystkie;
    sekwencja jedna;
    ifstream file(FASTA);
    while (file.good()) {
        getline(file, jedna.zrodlo);
        getline(file, jedna.sek);
        wszystkie.push_back(jedna);
    }
    file.close();

    file.open(QUAL);
    string zrodlo;
    string linia;
    int temp_qual;
    while (getline(file, zrodlo))
        for (auto &sekwencja_r : wszystkie) {
            if (zrodlo == sekwencja_r.zrodlo) {
                getline(file, linia);
               // istringstream l(linia);
                vector<string>temp = splitString(linia);
                for (auto &i : temp)
                {
                    sekwencja_r.qual.push_back(atoi(i.c_str()));
                }

              //  while (l >> temp_qual) sekwencja_r.qual.push_back(temp_qual);
                if (sekwencja_r.sek.size() != sekwencja_r.qual.size()) {
                    cout << "Wielkość sekwencji nukleotydów nie zgadza się z liczbą oceny wiarygodności nukleotydów"
                         << endl;
                    cout << "Nukleotydów: " << sekwencja_r.sek.size() << endl << "Wiarygodności: "
                         << sekwencja_r.qual.size() << endl;
                    exit(1);
                }
                break;
            }
        }
    file.close();

    cout << endl << endl;
    return wszystkie;
}

void tworzenie_gafu(vector<sekwencja> wszystkie,int n, int dop)
{
    for (auto &it: wszystkie) {
        int j = 0;
        cout << "pierwszy for" << endl;
        for (int i = 0; i < it.sek.size() - n + 1; i ++) {
            Wierzcholek *v = new Wierzcholek;
            string a = it.sek.substr(j, n);
            v->sekwencja = a;
            for (int q = j; q < j+n; q++) {
                v->qual.push_back(it.qual[q]);
            }
            v->zrodlo = it.zrodlo;
            v->pozycja = j;
            V.push_back(*v);
            j++;
        }
    }
    cout << "mamy wierzchołki" << endl;
    for (auto &it: V) {
        for (auto &it2: V) {
            if (it.zrodlo != it2.zrodlo &&
                it.sekwencja == it2.sekwencja) {
                if (!find_node(it.krawedzie, it2))
                    it.krawedzie.push_back(&it2);
                if (!find_node(it2.krawedzie, it))
                    it2.krawedzie.push_back(&it);
            }
        }
    }
    cout << "połączenia1" << endl;
    for (auto &it: V)
    {
        for(int i=0; i<it.qual.size(); i++)
        {
           // cout<<it.qual[i]<<"  ";
            if(it.qual[i]<dop)
            {
                it.qual.erase(it.qual.begin()+i);
                it.sekwencja.erase(it.sekwencja.begin()+i);
            }
        }
    }
    cout << "usuwanie skończone" << endl;

    for (auto &it: V) {
        for (auto &it2: V) {
            if (it.zrodlo != it2.zrodlo &&
                (it.sekwencja == it2.sekwencja || it.sekwencja.find(it2.sekwencja) != string::npos)) {
                if (!find_node(it.krawedzie, it2))
                    it.krawedzie.push_back(&it2);
                if (!find_node(it2.krawedzie, it))
                    it2.krawedzie.push_back(&it);
            }
        }
    }

    cout << "połączenia2" << endl;
//    vector<Wierzcholek> :: iterator it3;
    vector<Wierzcholek *> :: iterator dupa;
    cout<<endl<<endl<<endl;
    for (auto &chuj : V){
        cout << chuj.zrodlo << "    " << chuj.pozycja << endl;
    }
    for(auto &it3 : V)
    {
        cout<<it3.zrodlo<<"  "<<it3.pozycja<<"  "<<it3.sekwencja<<"  "<<it3.krawedzie.size()<<endl << "Sąsiedzi: "<< endl;
        for(dupa=it3.krawedzie.begin(); dupa!=it3.krawedzie.end(); ++dupa)
        {
            cout<<(*dupa)->zrodlo<<"  "<< (*dupa)->pozycja<<"  "<<(*dupa)->sekwencja<<"  " << (*dupa)->krawedzie.size()<<endl;
        }
        cout<<endl<<endl<<endl<<"***"<<endl;
    }
}
int main()
{
    vector<sekwencja> wszystkie=wczytywanie();
    cout << "wczytywanie zrobione" << endl;
    int n=4;
    int dop=25;
    tworzenie_gafu(wszystkie,n, dop);
    cout << "tworzenie zakończone" << endl;
}