daily pastebin goal
38%
SHARE
TWEET

breakdancer_error

a guest Nov 15th, 2013 51 Never
Not a member of Pastebin yet? Sign Up, it unlocks many cool features!
  1.  
  2. 5/5 Testing: RunBreakDancer
  3. 5/5 Test: RunBreakDancer
  4. Command: "/bin/sh" "-ec" "PYTHONPATH=':/home/tptacek/breakdancer/build-common/python:/share/apps/ngs-ccts/chimerscan-0.4.5/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/emperor-0.0.0-repository-90c4e51c/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/emperor-0.0.0-repository-90c4e51c/lib/:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/qiime-galaxy-0.0.1-repository-5b980770/lib/:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/qiime-1.7.0-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/qiime-1.7.0-release/lib/:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/tax2tree-1.0-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/pprospector-1.0.1-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/pynast-1.2-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/sphinx-1.0.4-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/MySQL-python-1.2.3-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/matplotlib-1.1.0-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/pycogent-1.5.3-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/biom-format-1.1.2-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/mpi4py-1.2.2-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/setuptools-0.6c11-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/gdata-2.0.17-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/ipython-latest-repository-9ccac288/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/tornado-2.2.1-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/SQLAlchemy-0.7.1-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/pyzmq-2.1.11-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/numpy-1.5.1-release/lib/python2.7/site-packages:/share/apps/ngs-ccts/QIIME-files-1.7/QIIME-1.7/cython-0.17-release/lib/python2.7/site-packages:' /home/tptacek/breakdancer/integration-test/breakdancer_test.py /home/tptacek/breakdancer/build/bin/breakdancer-max"
  5. Directory: /home/tptacek/breakdancer/build/integration-test
  6. "RunBreakDancer" start time: Nov 08 14:58 CST
  7. Output:
  8. ----------------------------------------------------------
  9. Max Kahan error: 0
  10. .Max Kahan error: 0
  11. FMax Kahan error: 0
  12. .Max Kahan error: 0
  13. FMax Kahan error: 0
  14. I AM IN /home/tptacek/breakdancer/build/integration-test
  15. Executing /home/tptacek/breakdancer/build/bin/breakdancer-max -o 21 inv_del_bam_config > /tmp/tmpySTuB5/output
  16. CWD /home/tptacek/breakdancer/test-data
  17. Return value: 0
  18. Executing /home/tptacek/breakdancer/build/bin/breakdancer-max -h -o 21 inv_del_bam_config > /tmp/tmpWUDpHO/output
  19. CWD /home/tptacek/breakdancer/test-data
  20. Return value: 0
  21. Executing /home/tptacek/breakdancer/build/bin/breakdancer-max inv_del_bam_config > /tmp/tmpVesHOb/output
  22. CWD /home/tptacek/breakdancer/test-data
  23. Return value: 0
  24. Executing /home/tptacek/breakdancer/build/bin/breakdancer-max -h inv_del_bam_config > /tmp/tmpvNXmxM/output
  25. CWD /home/tptacek/breakdancer/test-data
  26. Return value: 0
  27. Executing /home/tptacek/breakdancer/build/bin/breakdancer-max -g /tmp/tmpsVxzne/output inv_del_bam_config > /tmp/tmpsVxzne/output
  28. CWD /home/tptacek/breakdancer/test-data
  29. Return value: 0
  30. Executing /home/tptacek/breakdancer/build/bin/breakdancer-max -a -o 21 inv_del_bam_config > /tmp/tmpns2yxK/output
  31. FMax Kahan error: 0
  32. .Max Kahan error: 0
  33. FMax Kahan error: 0
  34. .
  35. ======================================================================
  36. FAIL: test_breakdancer_af (__main__.TestBreakDancer)
  37. ----------------------------------------------------------------------
  38. Traceback (most recent call last):
  39.   File "/home/tptacek/breakdancer/integration-test/breakdancer_test.py", line 68, in test_breakdancer_af
  40.     self.assertFilesEqual(expected_file, output_file, filter_regex="#Command|#Software")
  41.   File "/home/tptacek/breakdancer/build-common/python/integrationtest.py", line 50, in assertFilesEqual
  42.     self.assertMultiLineEqual("".join(first_data), "".join(second_data))
  43.   File "/home/tptacek/breakdancer/build-common/python/integrationtest.py", line 67, in assertMultiLineEqual
  44.     self.fail("Multi-line strings are unequal:\n" + message)
  45. AssertionError: Multi-line strings are unequal:
  46.   #Library Statistics:
  47.   #NA19238_chr21_del_inv.bam    mean:475.76     std:28.67       uppercutoff:532.53      lowercutoff:311.36      readlen:90      library:H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    reflen:5626088  seqcov:0.0410481        phycov:0.108495 2:42    3:10    32:10
  48.   #NA19240_chr21_del_inv.bam    mean:467.59     std:31.91       uppercutoff:525.5       lowercutoff:277.03      readlen:90      library:H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs    reflen:5626088  seqcov:0.0374168        phycov:0.0971984        1:2     3:8     8:2     32:8
  49.   #Chr1 Pos1    Orientation1    Chr2    Pos2    Orientation2    Type    Size    Score   num_Reads       num_Reads_lib   Allele_frequency        NA19238_chr21_del_inv.bam       NA19240_chr21_del_inv.bam
  50. - 21    29185056        23+2-   21      29185377        23+2-   INS     -226    99      2       NA19238_chr21_del_inv.bam|1:NA19240_chr21_del_inv.bam|1 -nan    NA      NA
  51. ?                                                                                                           -
  52. + 21    29185056        23+2-   21      29185377        23+2-   INS     -226    99      2       NA19238_chr21_del_inv.bam|1:NA19240_chr21_del_inv.bam|1 nan     NA      NA
  53.   21    29185462        23+2-   21      29186122        2+22-   DEL     545     99      21      NA19238_chr21_del_inv.bam|21    -85.1177        176.58  167.89
  54. - 21    34807694        8+6-    21      34808852        8+6-    INS     -304    99      3       NA19238_chr21_del_inv.bam|1:NA19240_chr21_del_inv.bam|2 -nan    NA      NA
  55. ?                                                                                                         -
  56. + 21    34807694        8+6-    21      34808852        8+6-    INS     -304    99      3       NA19238_chr21_del_inv.bam|1:NA19240_chr21_del_inv.bam|2 nan     NA      NA
  57.   21    34808937        8+6-    21      34809799        3+4-    INV     737     99      2       NA19240_chr21_del_inv.bam|2     -430.55 847.39  878.83
  58.  
  59.  
  60. ======================================================================
  61. FAIL: test_breakdancer_all_seqs_af (__main__.TestBreakDancer)
  62. ----------------------------------------------------------------------
  63. Traceback (most recent call last):
  64.   File "/home/tptacek/breakdancer/integration-test/breakdancer_test.py", line 110, in test_breakdancer_all_seqs_af
  65.     self.assertFilesEqual(expected_file, output_file, filter_regex="#Command|#Software")
  66.   File "/home/tptacek/breakdancer/build-common/python/integrationtest.py", line 50, in assertFilesEqual
  67.     self.assertMultiLineEqual("".join(first_data), "".join(second_data))
  68.   File "/home/tptacek/breakdancer/build-common/python/integrationtest.py", line 67, in assertMultiLineEqual
  69.     self.fail("Multi-line strings are unequal:\n" + message)
  70. AssertionError: Multi-line strings are unequal:
  71.   #Library Statistics:
  72.   #NA19238_chr21_del_inv.bam    mean:475.76     std:28.67       uppercutoff:532.53      lowercutoff:311.36      readlen:90      library:H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    reflen:5626088  seqcov:0.0410481        phycov:0.108495 2:42    3:10    32:10
  73.   #NA19240_chr21_del_inv.bam    mean:467.59     std:31.91       uppercutoff:525.5       lowercutoff:277.03      readlen:90      library:H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs    reflen:5626088  seqcov:0.0374168        phycov:0.0971984        1:2     3:8     8:2     32:8
  74.   #Chr1 Pos1    Orientation1    Chr2    Pos2    Orientation2    Type    Size    Score   num_Reads       num_Reads_lib   Allele_frequency        NA19238_chr21_del_inv.bam       NA19240_chr21_del_inv.bam
  75. - 21    29185056        23+2-   21      29185377        23+2-   INS     -226    99      2       NA19238_chr21_del_inv.bam|1:NA19240_chr21_del_inv.bam|1 -nan    NA      NA
  76. ?                                                                                                           -
  77. + 21    29185056        23+2-   21      29185377        23+2-   INS     -226    99      2       NA19238_chr21_del_inv.bam|1:NA19240_chr21_del_inv.bam|1 nan     NA      NA
  78.   21    29185462        23+2-   21      29186122        2+22-   DEL     545     99      21      NA19238_chr21_del_inv.bam|21    -85.1177        176.58  167.89
  79. - 21    34807694        8+6-    21      34808852        8+6-    INS     -304    99      3       NA19238_chr21_del_inv.bam|1:NA19240_chr21_del_inv.bam|2 -nan    NA      NA
  80. ?                                                                                                         -
  81. + 21    34807694        8+6-    21      34808852        8+6-    INS     -304    99      3       NA19238_chr21_del_inv.bam|1:NA19240_chr21_del_inv.bam|2 nan     NA      NA
  82.   21    34808937        8+6-    21      34809799        3+4-    INV     737     99      2       NA19240_chr21_del_inv.bam|2     -430.55 847.39  878.83
  83.  
  84.  
  85. ======================================================================
  86. FAIL: test_breakdancer_bed_dump (__main__.TestBreakDancer)
  87. ----------------------------------------------------------------------
  88. Traceback (most recent call last):
  89.   File "/home/tptacek/breakdancer/integration-test/breakdancer_test.py", line 123, in test_breakdancer_bed_dump
  90.     self.assertFilesEqual(expected_file, output_bed, filter_regex="#Command|#Software")
  91.   File "/home/tptacek/breakdancer/build-common/python/integrationtest.py", line 50, in assertFilesEqual
  92.     self.assertMultiLineEqual("".join(first_data), "".join(second_data))
  93.   File "/home/tptacek/breakdancer/build-common/python/integrationtest.py", line 67, in assertMultiLineEqual
  94.     self.fail("Multi-line strings are unequal:\n" + message)
  95. AssertionError: Multi-line strings are unequal:
  96.   track name=21_29185056_INS_-226       description="BreakDancer 21 29185056 INS -226"  useScore=0
  97. + chr21 29185130        29185039        FCD0E3VABXX:6:1204:5414:27367#TGCGCAGC|H_IJ-NA19#NA19238_chr21_del_inv.bam      mean:475.76     std:28.67       uppercutoff:532.53      lowercutoff:311.36      readlen:90      library:H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    reflen:5626088  seqcov:0.0410481        phycov:0.108495 2:42    3:10    32:10
  98. + #NA19240_chr21_del_inv.bam    mean:467.59     std:31.91       uppercutoff:525.5       lowercutoff:277.03      readlen:90      library:H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs    reflen:5626088  seqcov:0.0374168        phycov:0.0971984        1:2     3:8     8:2     32:8
  99. + #Chr1 Pos1    Orientation1    Chr2    Pos2    Orientation2    Type    Size    Score   num_Reads       num_Reads_lib   NA19238_chr21_del_inv.bam       NA19240_chr21_del_inv.bam
  100. + 21    29185056        23+2-   21      29185377        23+2-   INS     -226    99      2       NA19238_chr21_del_inv.bam|1:NA19240_chr21_del_inv.bam|1 NA      NA
  101. + 21    29185462        23+2-   21      29186122        2+22-   DEL     545     99      21      NA19238_chr21_del_inv.bam|21    176.58  167.89
  102. + 21    34807694        8+6-    21      34808852        8+6-    INS     -304    99      3       NA19238_chr21_del_inv.bam|1:NA19240_chr21_del_inv.bam|2 NA      NA
  103. + 21    34808937        8+6-    21      34809799        3+4-    INV     737     99      2       NA19240_chr21_del_inv.bam|2     847.39  878.83
  104. + CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs 370     0       29185187        29185096        0,0,255
  105. - chr21 29185130        29185039        FCD0E3VABXX:6:1204:5414:27367#TGCGCAGC|H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs     370     1       29185130        29185039        255,0,0
  106. - chr21 29184970        29184879        FCD0E3VABXX:6:1204:5414:27367#TGCGCAGC|H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs     370     0       29184970        29184879        0,0,255
  107. - chr21 29185205        29185114        FCC042UABXX:7:1205:3331:4350#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs      370     1       29185205        29185114        255,0,0
  108. - chr21 29185055        29184964        FCC042UABXX:7:1205:3331:4350#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs      370     0       29185055        29184964        0,0,255
  109. - track name=21_29185462_DEL_545        description="BreakDancer 21 29185462 DEL 545"   useScore=0
  110. - chr21 29186121        29186030        FCC02PAABXX:7:1105:20961:30893#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     1       29186121        29186030        255,0,0
  111. - chr21 29185187        29185096        FCC02PAABXX:7:1105:20961:30893#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     0       29185187        29185096        0,0,255
  112. - chr21 29186123        29186032        FCC042UABXX:8:2105:17232:117577#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs   370     1       29186123        29186032        255,0,0
  113. - chr21 29185187        29185096        FCC042UABXX:8:2105:17232:117577#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs   370     0       29185187        29185096        0,0,255
  114.   chr21 29186126        29186035        FCC02PAABXX:2:2105:19730:17068#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     1       29186126        29186035        255,0,0
  115.   chr21 29185188        29185097        FCC02PAABXX:2:2105:19730:17068#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     0       29185188        29185097        0,0,255
  116.   chr21 29186133        29186042        FCC02PAABXX:7:2108:19753:85464#NNTGGCCN|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     1       29186133        29186042        255,0,0
  117.   chr21 29185195        29185104        FCC02PAABXX:7:2108:19753:85464#NNTGGCCN|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     0       29185195        29185104        0,0,255
  118. CWD /home/tptacek/breakdancer/test-data
  119. Return value: 0
  120. Executing /home/tptacek/breakdancer/build/bin/breakdancer-max -a -h -o 21 inv_del_bam_config > /tmp/tmpiIE7iu/output
  121. CWD /home/tptacek/breakdancer/test-data
  122. Return value: 0
  123. Executing /home/tptacek/breakdancer/build/bin/breakdancer-max -o 21 -d /tmp/tmphrlRw9/actual inv_del_bam_config > /tmp/tmphrlRw9/output
  124. CWD /home/tptacek/breakdancer/test-data
  125. Return value: 0
  126.   chr21 29186148        29186057        FCD0E3VABXX:4:1203:16431:77399#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     1       29186148        29186057        255,0,0
  127.   chr21 29185220        29185129        FCD0E3VABXX:4:1203:16431:77399#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     0       29185220        29185129        0,0,255
  128.   chr21 29186152        29186061        FCC02PAABXX:2:2201:4445:92329#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs     370     1       29186152        29186061        255,0,0
  129.   chr21 29185244        29185153        FCC02PAABXX:2:2201:4445:92329#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs     370     0       29185244        29185153        0,0,255
  130.   chr21 29186152        29186061        FCC02PAABXX:7:1107:2520:24474#NNTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs     370     1       29186152        29186061        255,0,0
  131.   chr21 29185228        29185137        FCC02PAABXX:7:1107:2520:24474#NNTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs     370     0       29185228        29185137        0,0,255
  132.   chr21 29186155        29186064        FCC02PAABXX:2:2203:17455:43660#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     1       29186155        29186064        255,0,0
  133.   chr21 29185222        29185131        FCC02PAABXX:2:2203:17455:43660#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     0       29185222        29185131        0,0,255
  134.   chr21 29186156        29186065        FCC042UABXX:8:2204:9273:4521#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs      370     1       29186156        29186065        255,0,0
  135.   chr21 29185221        29185130        FCC042UABXX:8:2204:9273:4521#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs      370     0       29185221        29185130        0,0,255
  136.   chr21 29186162        29186071        FCC042UABXX:8:1204:5702:142005#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     1       29186162        29186071        255,0,0
  137.   chr21 29185233        29185142        FCC042UABXX:8:1204:5702:142005#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     0       29185233        29185142        0,0,255
  138.   chr21 29186175        29186084        FCC042UABXX:7:1208:7559:50624#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs     370     1       29186175        29186084        255,0,0
  139.   chr21 29185267        29185176        FCC042UABXX:7:1208:7559:50624#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs     370     0       29185267        29185176        0,0,255
  140.   chr21 29186179        29186088        FCD0E3VABXX:4:2203:13881:156453#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs   370     1       29186179        29186088        255,0,0
  141.   chr21 29185235        29185144        FCD0E3VABXX:4:2203:13881:156453#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs   370     0       29185235        29185144        0,0,255
  142.   chr21 29186185        29186094        FCC042UABXX:8:2108:14812:141229#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs   370     1       29186185        29186094        255,0,0
  143.   chr21 29185255        29185164        FCC042UABXX:8:2108:14812:141229#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs   370     0       29185255        29185164        0,0,255
  144.   chr21 29186191        29186100        FCD0DKFABXX:8:1108:9612:99670#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs     370     1       29186191        29186100        255,0,0
  145.   chr21 29185243        29185152        FCD0DKFABXX:8:1108:9612:99670#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs     370     0       29185243        29185152        0,0,255
  146.   chr21 29186194        29186103        FCD0E3VABXX:5:1206:3688:168734#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     1       29186194        29186103        255,0,0
  147.   chr21 29185272        29185181        FCD0E3VABXX:5:1206:3688:168734#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     0       29185272        29185181        0,0,255
  148.   chr21 29186214        29186123        FCC042UABXX:7:2105:6776:150004#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     1       29186214        29186123        255,0,0
  149.   chr21 29185291        29185200        FCC042UABXX:7:2105:6776:150004#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     0       29185291        29185200        0,0,255
  150.   chr21 29186244        29186153        FCD0E3VABXX:5:2207:18139:34701#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     1       29186244        29186153        255,0,0
  151.   chr21 29185297        29185206        FCD0E3VABXX:5:2207:18139:34701#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     0       29185297        29185206        0,0,255
  152.   chr21 29186250        29186159        FCC02PAABXX:7:2202:9318:73553#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs     370     1       29186250        29186159        255,0,0
  153.   chr21 29185306        29185215        FCC02PAABXX:7:2202:9318:73553#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs     370     0       29185306        29185215        0,0,255
  154.   chr21 29186254        29186163        FCC042UABXX:8:1206:11873:63465#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     1       29186254        29186163        255,0,0
  155.   chr21 29185321        29185230        FCC042UABXX:8:1206:11873:63465#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     0       29185321        29185230        0,0,255
  156.   chr21 29186296        29186205        FCD0E3VABXX:4:2106:6423:27192#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs     370     1       29186296        29186205        255,0,0
  157.   chr21 29185376        29185285        FCD0E3VABXX:4:2106:6423:27192#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs     370     0       29185376        29185285        0,0,255
  158.   chr21 29186299        29186208        FCD0E3VABXX:4:1103:14317:185435#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs   370     1       29186299        29186208        255,0,0
  159.   chr21 29185365        29185274        FCD0E3VABXX:4:1103:14317:185435#CCTGGCCA|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs   370     0       29185365        29185274        0,0,255
  160.   track name=21_34807694_INS_-304       description="BreakDancer 21 34807694 INS -304"  useScore=0
  161.   chr21 34807645        34807554        FCD0DKFABXX:8:1201:11762:98161#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     1       34807645        34807554        255,0,0
  162.   chr21 34807639        34807548        FCD0DKFABXX:8:1201:11762:98161#CGATCCTG|H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    370     0       34807639        34807548        0,0,255
  163.   chr21 34808350        34808259        FCD0E3VABXX:6:1205:6873:89139#TGCGCAGC|H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs     370     1       34808350        34808259        255,0,0
  164.   chr21 34808309        34808218        FCD0E3VABXX:6:1205:6873:89139#TGCGCAGC|H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs     370     0       34808309        34808218        0,0,255
  165.   chr21 34808360        34808269        FCB0BBHABXX:5:1202:3880:129445#TGCGCAGC|H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs    370     1       34808360        34808269        255,0,0
  166.   chr21 34808138        34808047        FCB0BBHABXX:5:1202:3880:129445#TGCGCAGC|H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs    370     0       34808138        34808047        0,0,255
  167.   track name=21_34808937_INV_737        description="BreakDancer 21 34808937 INV 737"   useScore=0
  168.   chr21 34809437        34809346        FCC02PAABXX:3:2105:15533:122347#AGTAGTTA|H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs   370     0       34809437        34809346        0,0,255
  169.   chr21 34807948        34807857        FCC02PAABXX:3:2105:15533:122347#AGTAGTTA|H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs   370     0       34807948        34807857        0,0,255
  170.   chr21 34809519        34809428        FCB0BETABXX:5:1201:12222:145755#TGCGCAGC|H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs   370     1       34809519        34809428        255,0,0
  171.   chr21 34808599        34808508        FCB0BETABXX:5:1201:12222:145755#TGCGCAGC|H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs   370     1       34808599        34808508        255,0,0
  172.  
  173.  
  174. ======================================================================
  175. FAIL: test_breakdancer_cn_per_lib_af (__main__.TestBreakDancer)
  176. ----------------------------------------------------------------------
  177. Traceback (most recent call last):
  178.   File "/home/tptacek/breakdancer/integration-test/breakdancer_test.py", line 54, in test_breakdancer_cn_per_lib_af
  179.     self.assertFilesEqual(expected_file, output_file, filter_regex="#Command|#Software")
  180.   File "/home/tptacek/breakdancer/build-common/python/integrationtest.py", line 50, in assertFilesEqual
  181.     self.assertMultiLineEqual("".join(first_data), "".join(second_data))
  182.   File "/home/tptacek/breakdancer/build-common/python/integrationtest.py", line 67, in assertMultiLineEqual
  183.     self.fail("Multi-line strings are unequal:\n" + message)
  184. AssertionError: Multi-line strings are unequal:
  185.   #Library Statistics:
  186.   #NA19238_chr21_del_inv.bam    mean:475.76     std:28.67       uppercutoff:532.53      lowercutoff:311.36      readlen:90      library:H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs    reflen:5626088  seqcov:0.0410481        phycov:0.108495 2:42    3:10    32:10
  187.   #NA19240_chr21_del_inv.bam    mean:467.59     std:31.91       uppercutoff:525.5       lowercutoff:277.03      readlen:90      library:H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs    reflen:5626088  seqcov:0.0374168        phycov:0.0971984        1:2     3:8     8:2     32:8
  188.   #Chr1 Pos1    Orientation1    Chr2    Pos2    Orientation2    Type    Size    Score   num_Reads       num_Reads_lib   Allele_frequency
  189. - 21    29185056        23+2-   21      29185377        23+2-   INS     -226    99      2       H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs|1,NA:H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs|1,NA     -nan
  190. ?                                                                                                                       -
  191. + 21    29185056        23+2-   21      29185377        23+2-   INS     -226    99      2       H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs|1,NA:H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs|1,NA     nan
  192.   21    29185462        23+2-   21      29186122        2+22-   DEL     545     99      21      H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs|21,176.58  -85.1177
  193. - 21    34807694        8+6-    21      34808852        8+6-    INS     -304    99      3       H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs|1,NA:H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs|2,NA     -nan
  194. ?                                                                                                                     -
  195. + 21    34807694        8+6-    21      34808852        8+6-    INS     -304    99      3       H_IJ-NA19238-NA19238-extlibs|1,NA:H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs|2,NA     nan
  196.   21    34808937        8+6-    21      34809799        3+4-    INV     737     99      2       H_IJ-NA19240-NA19240-extlibs|2,878.83   -430.553
  197.  
  198.  
  199. ----------------------------------------------------------------------
  200. Ran 8 tests in 0.418s
  201.  
  202. FAILED (failures=4)
  203. <end of output>
  204. Test time =   0.67 sec
  205. ----------------------------------------------------------
  206. Test Failed.
  207. "RunBreakDancer" end time: Nov 08 14:58 CST
  208. "RunBreakDancer" time elapsed: 00:00:00
  209. ----------------------------------------------------------
  210.  
  211. End testing: Nov 08 14:58 CST
  212.  
  213. integration =   0.67 sec
  214.  
  215. unit =   0.18 sec
RAW Paste Data
We use cookies for various purposes including analytics. By continuing to use Pastebin, you agree to our use of cookies as described in the Cookies Policy. OK, I Understand
 
Top