SHARE
TWEET

Untitled

a guest Jun 25th, 2019 83 Never
Not a member of Pastebin yet? Sign Up, it unlocks many cool features!
  1. efloden  39987  0.0  0.0 129980   992 ?        S    10:40   0:00  |       \_ -bash /usr/share/univage/soldierantcluster/spool/node-hp0206/job_scripts/29787929
  2. efloden  39996  0.0  0.0  20044  1520 ?        S    10:40   0:00  |           \_ /bin/bash -c cd /nfs/users2/cn/efloden/projects/dpa-benchfam-100k/work/0a/2fd33a5b29bb4e67e79d3a7cd99b09; eval export CACHE_4_TCOFFEE="${TMPDIR:-/tmp}/.tcoffee/cache" export LOCKDIR_4_TCOFFEE="${TMPDIR:-/tmp}/.tcoffee/lock" export TMP_4_TCOFFEE="${TMPDIR:-/tmp}/.tcoffee/tmp" export DUMMY="$(mkdir -p $CACHE_4_TCOFFEE; mkdir -p $LOCKDIR_4_TCOFFEE; mkdir -p $TMP_4_TCOFFEE)" export PATH="/nfs/users2/cn/efloden/projects/dpa-benchfam-100k/bin:$PATH"; /bin/bash /nfs/users2/cn/efloden/projects/dpa-benchfam-100k/work/0a/2fd33a5b29bb4e67e79d3a7cd99b09/.command.run nxf_trace
  3. efloden  40126  0.0  0.0  20304  1860 ?        S    10:40   0:00  |               \_ /bin/bash /nfs/users2/cn/efloden/projects/dpa-benchfam-100k/work/0a/2fd33a5b29bb4e67e79d3a7cd99b09/.command.run nxf_trace
  4. efloden  40179  0.0  0.0  20048  1504 ?        S    10:40   0:00  |                   \_ /bin/bash -ue /nfs/users2/cn/efloden/projects/dpa-benchfam-100k/work/0a/2fd33a5b29bb4e67e79d3a7cd99b09/.command.sh
  5. efloden  40203  0.1  0.8 1178308 1164936 ?     S    10:40   0:05  |                   |   \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  6. efloden  47321  0.0  0.8 1182400 1168108 ?     S    10:40   0:00  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  7. efloden  47659  0.0  0.0   4324   644 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497473213669.pl one seq aln 2PARAM
  8. efloden  47768  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497473213669.pl one seq aln 2PARAM
  9. efloden  48013  0.0  0.0   4324   640 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  10. efloden  48137  0.0  0.0  58904 18680 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  11. efloden  53880  0.1  0.0 170380 61884 ?        Sl   10:40   0:04  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ejQUfU/backbone/backboneFt10ih.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ejQUfU/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ejQUfU/pastaout/
  12. efloden  59424  0.0  0.0 194228 16580 ?        Sl   10:41   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ejQUfU/backbone/backboneFt10ih.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ejQUfU/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ejQUfU/pastaout/
  13. efloden  64029  0.0  0.0  66148 21400 ?        S    10:41   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ejQUfU/backbone/backboneFt10ih.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ejQUfU/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ejQUfU/pastaout/
  14. efloden   9247  0.0  0.0   4324   656 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ejQUfU/pastaout/pastajob/tempHdxk66/step1/mincluster/r2/d2/tempmafft3B_Pnl/input.fasta
  15. efloden   9319  0.0  0.0   4716  1076 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ejQUfU/pastaout/pastajob/tempHdxk66/step1/mincluster/r2/d2/tempmafft3B_Pnl/input.fasta
  16. efloden  11172  0.0  0.0   4716   736 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ejQUfU/pastaout/pastajob/tempHdxk66/step1/mincluster/r2/d2/tempmafft3B_Pnl/input.fasta
  17. efloden  40078  6.2  0.0 145840 23860 ?        Sl   11:36   0:00  |                   |       |                                       \_ /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/libexec/dvtditr -s 0.0 -C 1 -t 0 -F -l 2.7 -z 50 -b 62 -f -1.53 -Q 100.0 -h -0.123 -I 16 -X -p BAATARI2
  18. efloden  47350  0.0  0.8 1182268 1168076 ?     S    10:40   0:01  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  19. efloden  34624  0.1  0.0   4324   644 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497473503669.pl one seq aln 2PARAM
  20. efloden  34823  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497473503669.pl one seq aln 2PARAM
  21. efloden  34982  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  22. efloden  35062  1.5  0.0  58904 18528 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  23. efloden  37029  3.0  0.0 129640 19932 ?        Sl   11:36   0:00  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/backbone/backbonezQuDYv.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/pastaout/
  24. efloden  39467  0.0  0.0 194228 16580 ?        Sl   11:36   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/backbone/backbonezQuDYv.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/pastaout/
  25. efloden  40064  0.0  0.0  61892 17164 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/backbone/backbonezQuDYv.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/pastaout/
  26. efloden  42438  0.0  0.0   4324   656 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/pastaout/pastajob/temphaBBjM/step0/mincluster/r0/d1/tempmafftwX_0Q6/input.fasta
  27. efloden  42499  0.0  0.0   4324   672 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/pastaout/pastajob/temphaBBjM/step0/mincluster/r0/d1/tempmafftwX_0Q6/input.fasta
  28. efloden  42834  0.0  0.0   4324   112 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/pastaout/pastajob/temphaBBjM/step0/mincluster/r0/d1/tempmafftwX_0Q6/input.fasta
  29. efloden  42865  0.0  0.0   4324   116 ?        R    11:36   0:00  |                   |       |                                       \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/pastaout/pastajob/temphaBBjM/step0/mincluster/r0/d1/tempmafftwX_0Q6/input.fasta
  30. efloden  42866  0.0  0.0   4324   116 ?        R    11:36   0:00  |                   |       |                                       \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.A4SxoU/pastaout/pastajob/temphaBBjM/step0/mincluster/r0/d1/tempmafftwX_0Q6/input.fasta
  31. efloden  47394  0.0  0.8 1179124 1164940 ?     S    10:40   0:00  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  32. efloden  24319  0.0  0.0   4324   644 ?        S    10:42   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497473943794.pl one seq aln 2PARAM
  33. efloden  24960  0.0  0.0  20892  3344 ?        S    10:42   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497473943794.pl one seq aln 2PARAM
  34. efloden  25638  0.0  0.0   4324   640 ?        S    10:42   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  35. efloden  25873  0.0  0.0  58908 18676 ?        S    10:42   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  36. efloden  31631  0.1  0.0 166684 58244 ?        Sl   10:42   0:04  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.xsweLr/backbone/backbonelhMnlj.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.xsweLr/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.xsweLr/pastaout/
  37. efloden  35882  0.0  0.0 194224 16588 ?        Sl   10:42   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.xsweLr/backbone/backbonelhMnlj.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.xsweLr/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.xsweLr/pastaout/
  38. efloden  38627  0.0  0.0  64816 20052 ?        S    10:42   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.xsweLr/backbone/backbonelhMnlj.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.xsweLr/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.xsweLr/pastaout/
  39. efloden  21996  5.9  0.0  13900  7304 ?        R    11:35   0:02  |                   |       |                           \_ /pasta-code/pasta/bin/fasttree -quiet -wag -gamma -fastest -intree /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.xsweLr/pastaout/pastajob/tempEL1Zve/step2/mincluster/tempfasttreees2zsm/start.tre -log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.xsweLr/pastaout/pastajob/tempEL1Zve/step2/mincluster/tempfasttreees2zsm/log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.xsweLr/pastaout/pastajob/tempEL1Zve/step2/mincluster/tempfasttreees2zsm/input.fasta
  40. efloden  47436  0.0  0.8 1179760 1165576 ?     S    10:40   0:01  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  41. efloden  64932  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:17   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497474363794.pl one seq aln 2PARAM
  42. efloden  65148  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    11:17   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497474363794.pl one seq aln 2PARAM
  43. efloden  65435  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:17   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  44. efloden  65505  0.0  0.0  58904 18688 ?        S    11:17   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  45. efloden   2880  0.1  0.0 150484 40900 ?        Sl   11:18   0:02  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.lcOYT9/backbone/backboneddGZJP.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.lcOYT9/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.lcOYT9/pastaout/
  46. efloden   6472  0.0  0.0 194216 16584 ?        Sl   11:18   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.lcOYT9/backbone/backboneddGZJP.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.lcOYT9/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.lcOYT9/pastaout/
  47. efloden   8537  0.0  0.0  66228 21480 ?        S    11:18   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.lcOYT9/backbone/backboneddGZJP.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.lcOYT9/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.lcOYT9/pastaout/
  48. efloden  25258  0.0  0.0   4324   652 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.lcOYT9/pastaout/pastajob/tempAvipVU/step0/mincluster/r4/d1/tempmafftnunRMn/input.fasta
  49. efloden  25318  0.0  0.0   4716  1080 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.lcOYT9/pastaout/pastajob/tempAvipVU/step0/mincluster/r4/d1/tempmafftnunRMn/input.fasta
  50. efloden  27068  0.0  0.0   4716   700 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.lcOYT9/pastaout/pastajob/tempAvipVU/step0/mincluster/r4/d1/tempmafftnunRMn/input.fasta
  51. efloden  27163  6.1  0.0 113168  6940 ?        Sl   11:36   0:01  |                   |       |                                       \_ /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/libexec/pairlocalalign -u 0.0 -l 2.7 -C 1 -b 62 -g -0.100 -f -2.00 -Q 100.0 -h 0.1 -L
  52. efloden  47470  0.1  0.8 1183324 1169104 ?     S    10:40   0:04  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  53. efloden  38789  0.2  0.0   4324   644 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497474703794.pl one seq aln 2PARAM
  54. efloden  39024  0.1  0.0  20892  3348 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497474703794.pl one seq aln 2PARAM
  55. efloden  39175  0.0  0.0   4324   636 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  56. efloden  39258  3.1  0.0  58904 18524 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  57. efloden  41568  5.3  0.0  47032 14880 ?        R    11:36   0:00  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.yszYCC/backbone/backboneRRYK68.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.yszYCC/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.yszYCC/pastaout/
  58. efloden  47547  0.0  0.8 1181080 1166772 ?     R    10:40   0:02  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  59. efloden  47622  0.0  0.8 1180348 1166088 ?     S    10:40   0:02  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  60. efloden  13540  0.0  0.0   4324   644 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497476223794.pl one seq aln 2PARAM
  61. efloden  13793  0.0  0.0  20892  3344 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497476223794.pl one seq aln 2PARAM
  62. efloden  14039  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  63. efloden  14128  0.4  0.0  58892 18524 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  64. efloden  16059  0.7  0.0 129932 20204 ?        Sl   11:35   0:00  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.17owrH/backbone/backbone3yhoga.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.17owrH/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.17owrH/pastaout/
  65. efloden  18601  0.0  0.0 194228 16716 ?        Sl   11:35   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.17owrH/backbone/backbone3yhoga.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.17owrH/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.17owrH/pastaout/
  66. efloden  19164  0.0  0.0  61892 17172 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.17owrH/backbone/backbone3yhoga.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.17owrH/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.17owrH/pastaout/
  67. efloden  42730  0.0  0.0 1391500 8960 ?        Sl   11:36   0:00  |                   |       |                           \_ java -Xmx1024m -jar /pasta-code/pasta/bin/opal.jar --in /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.17owrH/pastaout/pastajob/tempazdTJS/step1/mincluster/pw/r1d2_r0d2/tempopal0WX3Ht/1_U2X.fasta --in2 /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.17owrH/pastaout/pastajob/tempazdTJS/step1/mincluster/pw/r1d2_r0d2/tempopal0WX3Ht/2_U2X.fasta --out /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.17owrH/pastaout/pastajob/tempazdTJS/step1/mincluster/pw/r1d2_r0d2/tempopal0WX3Ht/out_rep.fasta --align_method profile
  68. efloden  47785  0.0  0.8 1179760 1165576 ?     S    10:40   0:01  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  69. efloden  56643  0.0  0.0   4324   644 ?        S    10:55   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497477853794.pl one seq aln 2PARAM
  70. efloden  56930  0.0  0.0  20892  3344 ?        S    10:55   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497477853794.pl one seq aln 2PARAM
  71. efloden  57230  0.0  0.0   4324   640 ?        S    10:55   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  72. efloden  57336  0.0  0.0  58908 18676 ?        S    10:55   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  73. efloden  59770  0.1  0.0 171376 63512 ?        Sl   10:55   0:04  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.WfGd93/backbone/backbonelb1TPA.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.WfGd93/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.WfGd93/pastaout/
  74. efloden  62995  0.0  0.0 194228 16588 ?        Sl   10:55   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.WfGd93/backbone/backbonelb1TPA.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.WfGd93/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.WfGd93/pastaout/
  75. efloden  64793  0.0  0.0  66644 21816 ?        S    10:55   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.WfGd93/backbone/backbonelb1TPA.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.WfGd93/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.WfGd93/pastaout/
  76. efloden  42498  0.0  0.0 1645248 20352 ?       Sl   11:36   0:00  |                   |       |                           \_ java -Xmx1024m -jar /pasta-code/pasta/bin/opal.jar --in /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.WfGd93/pastaout/pastajob/tempaUvPVp/step1/mincluster/pw/r4d2_r0d2/tempopalLpFi9w/1_U2X.fasta --in2 /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.WfGd93/pastaout/pastajob/tempaUvPVp/step1/mincluster/pw/r4d2_r0d2/tempopalLpFi9w/2_U2X.fasta --out /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.WfGd93/pastaout/pastajob/tempaUvPVp/step1/mincluster/pw/r4d2_r0d2/tempopalLpFi9w/out_rep.fasta --align_method profile
  77. efloden  47912  0.0  0.8 1180008 1165824 ?     S    10:40   0:02  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  78. efloden  43187  0.0  0.0   4324   644 ?        S    11:30   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497479123794.pl one seq aln 2PARAM
  79. efloden  43454  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    11:30   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497479123794.pl one seq aln 2PARAM
  80. efloden  43653  0.0  0.0   4324   636 ?        S    11:30   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  81. efloden  43735  0.0  0.0  58904 18676 ?        S    11:30   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  82. efloden  45742  0.5  0.0 150460 40996 ?        Sl   11:30   0:02  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y8_bNe/backbone/backboneTl2unT.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y8_bNe/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y8_bNe/pastaout/
  83. efloden  47411  0.0  0.0 194228 16592 ?        Sl   11:30   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y8_bNe/backbone/backboneTl2unT.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y8_bNe/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y8_bNe/pastaout/
  84. efloden  48482  0.0  0.0  66404 21628 ?        S    11:30   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y8_bNe/backbone/backboneTl2unT.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y8_bNe/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y8_bNe/pastaout/
  85. efloden  48328  0.0  0.0   4324   656 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y8_bNe/pastaout/pastajob/tempadt1CK/step0/mincluster/r2/d2/tempmafftuIUxxf/input.fasta
  86. efloden  48393  0.0  0.0   4716  1080 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y8_bNe/pastaout/pastajob/tempadt1CK/step0/mincluster/r2/d2/tempmafftuIUxxf/input.fasta
  87. efloden  49879  0.0  0.0   4716   740 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y8_bNe/pastaout/pastajob/tempadt1CK/step0/mincluster/r2/d2/tempmafftuIUxxf/input.fasta
  88. efloden  23246  6.0  0.0 142272 20372 ?        Sl   11:35   0:02  |                   |       |                                       \_ /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/libexec/dvtditr -s 0.0 -C 1 -t 0 -F -l 2.7 -z 50 -b 62 -f -1.53 -Q 100.0 -h -0.123 -I 16 -X -p BAATARI2
  89. efloden  47996  0.0  0.8 1182400 1168108 ?     S    10:40   0:00  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  90. efloden  48954  0.0  0.0   4324   644 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497479963669.pl one seq aln 2PARAM
  91. efloden  49254  0.0  0.0  20892  3344 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497479963669.pl one seq aln 2PARAM
  92. efloden  49650  0.0  0.0   4324   636 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  93. efloden  49807  0.0  0.0  58896 18684 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  94. efloden  53834  0.1  0.0 170296 61968 ?        Sl   10:40   0:04  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.698ApE/backbone/backbone5kEzm5.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.698ApE/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.698ApE/pastaout/
  95. efloden  59336  0.0  0.0 194228 16584 ?        Sl   10:41   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.698ApE/backbone/backbone5kEzm5.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.698ApE/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.698ApE/pastaout/
  96. efloden  64134  0.0  0.0  66380 21596 ?        S    10:41   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.698ApE/backbone/backbone5kEzm5.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.698ApE/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.698ApE/pastaout/
  97. efloden  19961  0.0  0.0   4324   656 ?        S    11:33   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.698ApE/pastaout/pastajob/temp357Vis/step1/mincluster/r2/d2/tempmafft4gEwoG/input.fasta
  98. efloden  20045  0.0  0.0   4716  1080 ?        S    11:33   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.698ApE/pastaout/pastajob/temp357Vis/step1/mincluster/r2/d2/tempmafft4gEwoG/input.fasta
  99. efloden  21704  0.0  0.0   4716   740 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.698ApE/pastaout/pastajob/temp357Vis/step1/mincluster/r2/d2/tempmafft4gEwoG/input.fasta
  100. efloden  60136  6.1  0.0 146888 24044 ?        Sl   11:35   0:05  |                   |       |                                       \_ /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/libexec/dvtditr -s 0.0 -C 1 -t 0 -F -l 2.7 -z 50 -b 62 -f -1.53 -Q 100.0 -h -0.123 -I 16 -X -p BAATARI2
  101. efloden  48163  0.0  0.8 1181344 1167092 ?     S    10:40   0:00  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  102. efloden  49271  0.0  0.0   4324   644 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497481633669.pl one seq aln 2PARAM
  103. efloden  49705  0.0  0.0  20892  3344 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497481633669.pl one seq aln 2PARAM
  104. efloden  50026  0.0  0.0   4324   640 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  105. efloden  50183  0.0  0.0  58904 18676 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  106. efloden  54160  0.1  0.0 175668 67428 ?        Sl   10:40   0:04  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y4t445/backbone/backboneF37aIC.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y4t445/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y4t445/pastaout/
  107. efloden  59677  0.0  0.0 194224 16596 ?        Sl   10:41   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y4t445/backbone/backboneF37aIC.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y4t445/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y4t445/pastaout/
  108. efloden  63289  0.0  0.0  64952 20324 ?        S    10:41   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y4t445/backbone/backboneF37aIC.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y4t445/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y4t445/pastaout/
  109. efloden   7744  6.1  0.0  14244  7776 ?        R    11:35   0:03  |                   |       |                           \_ /pasta-code/pasta/bin/fasttree -quiet -wag -gamma -fastest -intree /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y4t445/pastaout/pastajob/tempUIN8EN/step2/mincluster/tempfasttreelqRNOy/start.tre -log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y4t445/pastaout/pastajob/tempUIN8EN/step2/mincluster/tempfasttreelqRNOy/log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Y4t445/pastaout/pastajob/tempUIN8EN/step2/mincluster/tempfasttreelqRNOy/input.fasta
  110. efloden  48362  0.0  0.8 1182400 1168108 ?     S    10:40   0:00  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  111. efloden  49756  0.0  0.0   4324   644 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497483623669.pl one seq aln 2PARAM
  112. efloden  50129  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497483623669.pl one seq aln 2PARAM
  113. efloden  50517  0.0  0.0   4324   640 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  114. efloden  50641  0.0  0.0  58904 18680 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  115. efloden  54819  0.0  0.0 155032 47020 ?        Sl   10:40   0:02  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.8fS0uE/backbone/backboneNjCCGw.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.8fS0uE/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.8fS0uE/pastaout/
  116. efloden  60482  0.0  0.0 194216 16584 ?        Sl   10:41   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.8fS0uE/backbone/backboneNjCCGw.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.8fS0uE/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.8fS0uE/pastaout/
  117. efloden  64803  0.0  0.0  66608 21772 ?        S    10:41   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.8fS0uE/backbone/backboneNjCCGw.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.8fS0uE/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.8fS0uE/pastaout/
  118. efloden  61995  6.1  0.0  22704 16268 ?        R    11:23   0:46  |                   |       |                           \_ /pasta-code/pasta/bin/fasttree -quiet -wag -gamma -fastest -intree /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.8fS0uE/pastaout/pastajob/tempWN0KYh/step0/mincluster/tempfasttreehXJukr/start.tre -log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.8fS0uE/pastaout/pastajob/tempWN0KYh/step0/mincluster/tempfasttreehXJukr/log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.8fS0uE/pastaout/pastajob/tempWN0KYh/step0/mincluster/tempfasttreehXJukr/input.fasta
  119. efloden  48520  0.1  0.8 1180936 1166752 ?     S    10:40   0:03  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  120. efloden  38787  0.0  0.0   4324   644 ?        S    11:26   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497485203669.pl one seq aln 2PARAM
  121. efloden  38992  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    11:26   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497485203669.pl one seq aln 2PARAM
  122. efloden  39169  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:26   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  123. efloden  39256  0.0  0.0  58892 18684 ?        S    11:26   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  124. efloden  41012  0.1  0.0 135268 25556 ?        Sl   11:26   0:00  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.zetKvI/backbone/backboneAspOMF.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.zetKvI/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.zetKvI/pastaout/
  125. efloden  43406  0.0  0.0 194228 16580 ?        Sl   11:26   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.zetKvI/backbone/backboneAspOMF.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.zetKvI/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.zetKvI/pastaout/
  126. efloden  45239  0.0  0.0  66240 21540 ?        S    11:26   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.zetKvI/backbone/backboneAspOMF.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.zetKvI/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.zetKvI/pastaout/
  127. efloden  15095  6.1  0.0  20196 13848 ?        R    11:27   0:32  |                   |       |                           \_ /pasta-code/pasta/bin/fasttree -quiet -wag -gamma -fastest -log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.zetKvI/pastaout/pastajob/tempN2wIdU/init_tree/tempfasttreeEkr4Pz/log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.zetKvI/pastaout/pastajob/tempN2wIdU/init_tree/tempfasttreeEkr4Pz/input.fasta
  128. efloden  48750  0.1  0.8 1181424 1167112 ?     S    10:40   0:04  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  129. efloden  26448  0.0  0.0   4324   644 ?        S    11:22   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497487503669.pl one seq aln 2PARAM
  130. efloden  26733  0.0  0.0  20892  3344 ?        S    11:22   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497487503669.pl one seq aln 2PARAM
  131. efloden  27014  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:22   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  132. efloden  27133  0.0  0.0  58892 18672 ?        S    11:22   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  133. efloden  29624  0.4  0.0 162788 53948 ?        Sl   11:23   0:03  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.TxanTg/backbone/backboneFdHME9.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.TxanTg/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.TxanTg/pastaout/
  134. efloden  32229  0.0  0.0 194228 16556 ?        Sl   11:23   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.TxanTg/backbone/backboneFdHME9.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.TxanTg/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.TxanTg/pastaout/
  135. efloden  33357  0.0  0.0  64672 19984 ?        S    11:23   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.TxanTg/backbone/backboneFdHME9.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.TxanTg/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.TxanTg/pastaout/
  136. efloden  33591  0.0  0.0   4324   656 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.TxanTg/pastaout/pastajob/temp9PNhJJ/step2/mincluster/r2/d2/tempmafftepvdCW/input.fasta
  137. efloden  33632  0.0  0.0   4716  1080 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.TxanTg/pastaout/pastajob/temp9PNhJJ/step2/mincluster/r2/d2/tempmafftepvdCW/input.fasta
  138. efloden  34885  0.0  0.0   4716   700 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.TxanTg/pastaout/pastajob/temp9PNhJJ/step2/mincluster/r2/d2/tempmafftepvdCW/input.fasta
  139. efloden  35048  6.1  0.0 113128  5116 ?        Sl   11:36   0:00  |                   |       |                                       \_ /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/libexec/pairlocalalign -u 0.0 -l 2.7 -C 1 -b 62 -g -0.100 -f -2.00 -Q 100.0 -h 0.1 -L
  140. efloden  48996  0.1  0.8 1181688 1167484 ?     S    10:40   0:03  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  141. efloden  15364  0.0  0.0   4324   644 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497489963669.pl one seq aln 2PARAM
  142. efloden  15561  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497489963669.pl one seq aln 2PARAM
  143. efloden  15711  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  144. efloden  15803  0.4  0.0  58892 18536 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  145. efloden  18164  0.7  0.0 129912 20276 ?        Sl   11:35   0:00  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.IjaTDz/backbone/backbonezopuEu.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.IjaTDz/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.IjaTDz/pastaout/
  146. efloden  20364  0.0  0.0 196280 16740 ?        Sl   11:35   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.IjaTDz/backbone/backbonezopuEu.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.IjaTDz/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.IjaTDz/pastaout/
  147. efloden  20807  0.0  0.0  62028 17308 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.IjaTDz/backbone/backbonezopuEu.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.IjaTDz/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.IjaTDz/pastaout/
  148. efloden  41272  8.6  0.0 2110532 33596 ?       Sl   11:36   0:00  |                   |       |                           \_ java -Xmx1024m -jar /pasta-code/pasta/bin/opal.jar --in /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.IjaTDz/pastaout/pastajob/tempaNo_Eq/step0/mincluster/pw/r1d2_r0d2/tempopalEHkPzU/1_U2X.fasta --in2 /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.IjaTDz/pastaout/pastajob/tempaNo_Eq/step0/mincluster/pw/r1d2_r0d2/tempopalEHkPzU/2_U2X.fasta --out /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.IjaTDz/pastaout/pastajob/tempaNo_Eq/step0/mincluster/pw/r1d2_r0d2/tempopalEHkPzU/out_rep.fasta --align_method profile
  149. efloden  49229  0.0  0.8 1180860 1166648 ?     S    10:40   0:02  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  150. efloden  41461  0.6  0.0   4324   644 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497492293794.pl one seq aln 2PARAM
  151. efloden  41664  0.5  0.0  20892  3348 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497492293794.pl one seq aln 2PARAM
  152. efloden  41831  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  153. efloden  41914  6.0  0.0  42620 12292 ?        R    11:36   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  154. efloden  49503  0.0  0.8 1180200 1166016 ?     S    10:40   0:02  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  155. efloden   1855  0.0  0.0   4324   644 ?        S    10:59   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497495033669.pl one seq aln 2PARAM
  156. efloden   2270  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    10:59   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497495033669.pl one seq aln 2PARAM
  157. efloden   2629  0.0  0.0   4324   640 ?        S    10:59   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  158. efloden   2738  0.0  0.0  58892 18680 ?        S    10:59   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  159. efloden   6007  0.1  0.0 173660 66124 ?        Sl   10:59   0:04  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.hrsTX_/backbone/backbonesK3_KQ.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.hrsTX_/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.hrsTX_/pastaout/
  160. efloden   9354  0.0  0.0 194228 16572 ?        Sl   10:59   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.hrsTX_/backbone/backbonesK3_KQ.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.hrsTX_/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.hrsTX_/pastaout/
  161. efloden  11913  0.0  0.0  66648 21816 ?        S    10:59   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.hrsTX_/backbone/backbonesK3_KQ.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.hrsTX_/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.hrsTX_/pastaout/
  162. efloden  38650  6.1  0.0  16328  9864 ?        R    11:34   0:07  |                   |       |                           \_ /pasta-code/pasta/bin/fasttree -quiet -wag -gamma -fastest -intree /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.hrsTX_/pastaout/pastajob/templkBmdC/step1/mincluster/tempfasttreeMlLVik/start.tre -log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.hrsTX_/pastaout/pastajob/templkBmdC/step1/mincluster/tempfasttreeMlLVik/log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.hrsTX_/pastaout/pastajob/templkBmdC/step1/mincluster/tempfasttreeMlLVik/input.fasta
  163. efloden  49843  0.1  0.8 1182432 1168136 ?     S    10:40   0:04  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  164. efloden   8998  0.0  0.0   4324   644 ?        S    11:27   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497498433794.pl one seq aln 2PARAM
  165. efloden   9367  0.0  0.0  20892  3344 ?        S    11:27   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497498433794.pl one seq aln 2PARAM
  166. efloden   9613  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:27   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  167. efloden   9700  0.0  0.0  58904 18636 ?        S    11:27   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  168. efloden  11879  0.1  0.0 137372 28136 ?        Sl   11:27   0:01  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.oGcpZG/backbone/backbone3FaxD0.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.oGcpZG/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.oGcpZG/pastaout/
  169. efloden  14677  0.0  0.0 194224 16584 ?        Sl   11:27   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.oGcpZG/backbone/backbone3FaxD0.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.oGcpZG/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.oGcpZG/pastaout/
  170. efloden  15952  0.0  0.0  63248 18660 ?        S    11:27   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.oGcpZG/backbone/backbone3FaxD0.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.oGcpZG/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.oGcpZG/pastaout/
  171. efloden  31522  6.1  0.0  11192  4748 ?        R    11:34   0:08  |                   |       |                           \_ /pasta-code/pasta/bin/fasttree -quiet -wag -gamma -fastest -intree /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.oGcpZG/pastaout/pastajob/temphM634B/step0/mincluster/tempfasttree5JwpP5/start.tre -log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.oGcpZG/pastaout/pastajob/temphM634B/step0/mincluster/tempfasttree5JwpP5/log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.oGcpZG/pastaout/pastajob/temphM634B/step0/mincluster/tempfasttree5JwpP5/input.fasta
  172. efloden  50126  0.1  0.8 1181080 1166772 ?     S    10:40   0:04  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  173. efloden  59839  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:27   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497501263794.pl one seq aln 2PARAM
  174. efloden  60162  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    11:27   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497501263794.pl one seq aln 2PARAM
  175. efloden  60378  0.0  0.0   4324   636 ?        S    11:27   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  176. efloden  60464  0.0  0.0  58904 18676 ?        S    11:27   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  177. efloden  62731  0.3  0.0 149604 40520 ?        Sl   11:27   0:02  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.CBlirN/backbone/backbone5TVpzk.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.CBlirN/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.CBlirN/pastaout/
  178. efloden  65085  0.0  0.0 194216 16576 ?        Sl   11:27   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.CBlirN/backbone/backbone5TVpzk.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.CBlirN/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.CBlirN/pastaout/
  179. efloden   1211  0.0  0.0  64536 19716 ?        S    11:27   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.CBlirN/backbone/backbone5TVpzk.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.CBlirN/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.CBlirN/pastaout/
  180. efloden  49667  0.0  0.0   4324   656 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.CBlirN/pastaout/pastajob/tempgxPu5Q/step1/mincluster/r1/d2/tempmafftZSKttY/input.fasta
  181. efloden  49730  0.0  0.0   4716  1080 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.CBlirN/pastaout/pastajob/tempgxPu5Q/step1/mincluster/r1/d2/tempmafftZSKttY/input.fasta
  182. efloden  51471  0.0  0.0   4716   740 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.CBlirN/pastaout/pastajob/tempgxPu5Q/step1/mincluster/r1/d2/tempmafftZSKttY/input.fasta
  183. efloden  25414  6.2  0.0 142272 20412 ?        Sl   11:35   0:01  |                   |       |                                       \_ /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/libexec/dvtditr -s 0.0 -C 1 -t 0 -F -l 2.7 -z 50 -b 62 -f -1.53 -Q 100.0 -h -0.123 -I 16 -X -p BAATARI2
  184. efloden  50388  0.0  0.8 1180456 1166268 ?     S    10:40   0:01  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  185. efloden  22820  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497503883669.pl one seq aln 2PARAM
  186. efloden  23093  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497503883669.pl one seq aln 2PARAM
  187. efloden  23271  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  188. efloden  23378  0.1  0.0  58904 18596 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  189. efloden  25306  0.3  0.0 130876 21144 ?        Sl   11:34   0:00  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.7hY6EV/backbone/backboneRxCfUi.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.7hY6EV/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.7hY6EV/pastaout/
  190. efloden  27669  0.0  0.0 194228 16704 ?        Sl   11:34   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.7hY6EV/backbone/backboneRxCfUi.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.7hY6EV/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.7hY6EV/pastaout/
  191. efloden  28658  0.0  0.0  62820 18196 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.7hY6EV/backbone/backboneRxCfUi.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.7hY6EV/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.7hY6EV/pastaout/
  192. efloden   5516  6.0  0.0  10312  3904 ?        R    11:35   0:04  |                   |       |                           \_ /pasta-code/pasta/bin/fasttree -quiet -wag -gamma -fastest -log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.7hY6EV/pastaout/pastajob/tempINvOXK/init_tree/tempfasttreeekL2s9/log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.7hY6EV/pastaout/pastajob/tempINvOXK/init_tree/tempfasttreeekL2s9/input.fasta
  193. efloden  50661  0.0  0.8 1180056 1165840 ?     S    10:40   0:02  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  194. efloden  42864  0.0  0.8 1180056 1165184 ?     R    11:36   0:00  |                   |       |   \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  195. efloden  50889  0.0  0.8 1179564 1165380 ?     S    10:40   0:01  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  196. efloden  59801  0.0  0.0   4324   644 ?        S    10:57   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497508893669.pl one seq aln 2PARAM
  197. efloden  60187  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    10:57   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497508893669.pl one seq aln 2PARAM
  198. efloden  60590  0.0  0.0   4324   640 ?        S    10:57   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  199. efloden  60720  0.0  0.0  58904 18680 ?        S    10:57   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  200. efloden  63895  0.1  0.0 154844 46832 ?        Sl   10:57   0:02  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.HGFv5N/backbone/backbone1nvidn.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.HGFv5N/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.HGFv5N/pastaout/
  201. efloden   1301  0.0  0.0 194216 16592 ?        Sl   10:57   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.HGFv5N/backbone/backbone1nvidn.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.HGFv5N/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.HGFv5N/pastaout/
  202. efloden   3305  0.0  0.0  66760 21924 ?        S    10:57   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.HGFv5N/backbone/backbone1nvidn.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.HGFv5N/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.HGFv5N/pastaout/
  203. efloden  57845  6.1  0.0  21932 15476 ?        R    11:27   0:34  |                   |       |                           \_ /pasta-code/pasta/bin/fasttree -quiet -wag -gamma -fastest -intree /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.HGFv5N/pastaout/pastajob/tempYBzicB/step0/mincluster/tempfasttree_oPzah/start.tre -log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.HGFv5N/pastaout/pastajob/tempYBzicB/step0/mincluster/tempfasttree_oPzah/log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.HGFv5N/pastaout/pastajob/tempYBzicB/step0/mincluster/tempfasttree_oPzah/input.fasta
  204. efloden  51252  0.0  0.8 1180816 1166576 ?     S    10:40   0:00  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  205. efloden  53250  0.0  0.0   4324   644 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497512523669.pl one seq aln 2PARAM
  206. efloden  53798  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497512523669.pl one seq aln 2PARAM
  207. efloden  54309  0.0  0.0   4324   640 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  208. efloden  54511  0.0  0.0  58892 18676 ?        S    10:40   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  209. efloden  60068  0.1  0.0 163624 54404 ?        Sl   10:41   0:03  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.32bf7I/backbone/backboneKQVoZu.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.32bf7I/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.32bf7I/pastaout/
  210. efloden   1629  0.0  0.0 194216 16568 ?        Sl   10:41   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.32bf7I/backbone/backboneKQVoZu.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.32bf7I/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.32bf7I/pastaout/
  211. efloden   4682  0.0  0.0  64552 19820 ?        S    10:41   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.32bf7I/backbone/backboneKQVoZu.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.32bf7I/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.32bf7I/pastaout/
  212. efloden  42564  0.0  0.0   4324   656 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.32bf7I/pastaout/pastajob/tempP2GZWM/step2/mincluster/r2/d1/tempmafftddcu6B/input.fasta
  213. efloden  42619  0.0  0.0   4324   644 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.32bf7I/pastaout/pastajob/tempP2GZWM/step2/mincluster/r2/d1/tempmafftddcu6B/input.fasta
  214. efloden  42860  0.0  0.0   4324   112 ?        R    11:36   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.32bf7I/pastaout/pastajob/tempP2GZWM/step2/mincluster/r2/d1/tempmafftddcu6B/input.fasta
  215. efloden  51597  0.0  0.8 1179712 1165528 ?     S    10:40   0:01  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  216. efloden  52232  0.0  0.0   4324   644 ?        S    10:51   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497515973794.pl one seq aln 2PARAM
  217. efloden  52579  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    10:51   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497515973794.pl one seq aln 2PARAM
  218. efloden  52916  0.0  0.0   4324   636 ?        S    10:51   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  219. efloden  53046  0.0  0.0  58892 18684 ?        S    10:51   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  220. efloden  56402  0.1  0.0 169116 61316 ?        Sl   10:51   0:04  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln._WRJGm/backbone/backbone3LM3Dy.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln._WRJGm/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln._WRJGm/pastaout/
  221. efloden  59785  0.0  0.0 194216 16584 ?        Sl   10:51   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln._WRJGm/backbone/backbone3LM3Dy.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln._WRJGm/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln._WRJGm/pastaout/
  222. efloden  62247  0.0  0.0  66520 21692 ?        S    10:51   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln._WRJGm/backbone/backbone3LM3Dy.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln._WRJGm/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln._WRJGm/pastaout/
  223. efloden  54337  0.0  0.0   4324   652 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln._WRJGm/pastaout/pastajob/tempqOjKQZ/step1/mincluster/r3/d2/tempmafftKRHIOV/input.fasta
  224. efloden  54379  0.0  0.0   4716  1084 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln._WRJGm/pastaout/pastajob/tempqOjKQZ/step1/mincluster/r3/d2/tempmafftKRHIOV/input.fasta
  225. efloden  56036  0.0  0.0   4716   744 ?        S    11:34   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln._WRJGm/pastaout/pastajob/tempqOjKQZ/step1/mincluster/r3/d2/tempmafftKRHIOV/input.fasta
  226. efloden  25970  6.0  0.0 143652 23888 ?        Sl   11:35   0:01  |                   |       |                                       \_ /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/libexec/dvtditr -s 0.0 -C 1 -t 0 -F -l 2.7 -z 50 -b 62 -f -1.53 -Q 100.0 -h -0.123 -I 16 -X -p BAATARI2
  227. efloden  51990  0.1  0.8 1183372 1169172 ?     S    10:40   0:04  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  228. efloden  24481  0.0  0.0   4324   644 ?        S    11:21   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497519903669.pl one seq aln 2PARAM
  229. efloden  24818  0.0  0.0  20892  3344 ?        S    11:21   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497519903669.pl one seq aln 2PARAM
  230. efloden  25080  0.0  0.0   4324   636 ?        S    11:21   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  231. efloden  25202  0.0  0.0  58908 18680 ?        S    11:21   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  232. efloden  27942  0.3  0.0 158412 49932 ?        Sl   11:21   0:02  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.aZ0Sw8/backbone/backbonexDgx_O.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.aZ0Sw8/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.aZ0Sw8/pastaout/
  233. efloden  30872  0.0  0.0 194228 16584 ?        Sl   11:21   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.aZ0Sw8/backbone/backbonexDgx_O.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.aZ0Sw8/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.aZ0Sw8/pastaout/
  234. efloden  32333  0.0  0.0  64192 19568 ?        S    11:21   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.aZ0Sw8/backbone/backbonexDgx_O.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.aZ0Sw8/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.aZ0Sw8/pastaout/
  235. efloden  37010  0.0  0.0   4324   656 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.aZ0Sw8/pastaout/pastajob/tempw01Qvj/step2/mincluster/r0/d2/tempmaffttXYjb9/input.fasta
  236. efloden  37059  0.0  0.0   4716  1080 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.aZ0Sw8/pastaout/pastajob/tempw01Qvj/step2/mincluster/r0/d2/tempmaffttXYjb9/input.fasta
  237. efloden  38648  0.0  0.0   4716   700 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.aZ0Sw8/pastaout/pastajob/tempw01Qvj/step2/mincluster/r0/d2/tempmaffttXYjb9/input.fasta
  238. efloden  38798  6.4  0.0 113196  7012 ?        Sl   11:36   0:00  |                   |       |                                       \_ /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/libexec/pairlocalalign -u 0.0 -l 2.7 -C 1 -b 62 -g -0.100 -f -2.00 -Q 100.0 -h 0.1 -L
  239. efloden  52324  0.0  0.8 1180200 1166016 ?     S    10:40   0:02  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  240. efloden  12382  0.0  0.0   4324   644 ?        S    11:11   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497523243669.pl one seq aln 2PARAM
  241. efloden  12739  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    11:11   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497523243669.pl one seq aln 2PARAM
  242. efloden  13076  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:11   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  243. efloden  13180  0.0  0.0  58908 18676 ?        S    11:11   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  244. efloden  16610  0.2  0.0 172164 64096 ?        Sl   11:11   0:04  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.BWNrmp/backbone/backboneinHpSg.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.BWNrmp/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.BWNrmp/pastaout/
  245. efloden  19585  0.0  0.0 194216 16708 ?        Sl   11:11   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.BWNrmp/backbone/backboneinHpSg.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.BWNrmp/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.BWNrmp/pastaout/
  246. efloden  21647  0.0  0.0  65212 20552 ?        S    11:11   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.BWNrmp/backbone/backboneinHpSg.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.BWNrmp/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.BWNrmp/pastaout/
  247. efloden  30732  6.0  0.0   8864  2216 ?        R    11:36   0:01  |                   |       |                           \_ /pasta-code/pasta/bin/fasttree -quiet -wag -gamma -fastest -intree /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.BWNrmp/pastaout/pastajob/tempphk0uQ/step2/mincluster/tempfasttreeP0Gzpq/start.tre -log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.BWNrmp/pastaout/pastajob/tempphk0uQ/step2/mincluster/tempfasttreeP0Gzpq/log /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.BWNrmp/pastaout/pastajob/tempphk0uQ/step2/mincluster/tempfasttreeP0Gzpq/input.fasta
  248. efloden  52765  0.1  0.8 1180740 1166428 ?     S    10:40   0:03  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  249. efloden  33721  0.1  0.0   4324   644 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497527653669.pl one seq aln 2PARAM
  250. efloden  33916  0.0  0.0  20892  3344 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497527653669.pl one seq aln 2PARAM
  251. efloden  34048  0.0  0.0   4324   636 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  252. efloden  34115  1.3  0.0  58904 18528 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  253. efloden  36004  2.5  0.0 129784 19948 ?        Sl   11:36   0:00  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.wv7sJ6/backbone/backbonemmHRrb.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.wv7sJ6/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.wv7sJ6/pastaout/
  254. efloden  38215  0.1  0.0 194228 16728 ?        Sl   11:36   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.wv7sJ6/backbone/backbonemmHRrb.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.wv7sJ6/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.wv7sJ6/pastaout/
  255. efloden  38652  0.0  0.0  61892 17176 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.wv7sJ6/backbone/backbonemmHRrb.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.wv7sJ6/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.wv7sJ6/pastaout/
  256. efloden  41228  0.0  0.0   4324   656 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.wv7sJ6/pastaout/pastajob/temppUyuaz/step0/mincluster/r0/d1/tempmafftEreYuh/input.fasta
  257. efloden  41314  0.0  0.0   4716  1076 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.wv7sJ6/pastaout/pastajob/temppUyuaz/step0/mincluster/r0/d1/tempmafftEreYuh/input.fasta
  258. efloden  42540  0.0  0.0   4716   736 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.wv7sJ6/pastaout/pastajob/temppUyuaz/step0/mincluster/r0/d1/tempmafftEreYuh/input.fasta
  259. efloden  42875  0.0  0.0   4716   508 ?        R    11:36   0:00  |                   |       |                                       \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.wv7sJ6/pastaout/pastajob/temppUyuaz/step0/mincluster/r0/d1/tempmafftEreYuh/input.fasta
  260. efloden  53070  0.1  0.8 1181492 1167284 ?     S    10:40   0:04  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  261. efloden  11496  0.0  0.0   4324   644 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497530703669.pl one seq aln 2PARAM
  262. efloden  11757  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497530703669.pl one seq aln 2PARAM
  263. efloden  11969  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  264. efloden  12059  0.3  0.0  58904 18524 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  265. efloden  14156  0.6  0.0 129936 20368 ?        Sl   11:35   0:00  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Xjpgn6/backbone/backboneTfQV30.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Xjpgn6/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Xjpgn6/pastaout/
  266. efloden  16188  0.0  0.0 194228 16720 ?        Sl   11:35   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Xjpgn6/backbone/backboneTfQV30.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Xjpgn6/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Xjpgn6/pastaout/
  267. efloden  16699  0.0  0.0  61892 17188 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Xjpgn6/backbone/backboneTfQV30.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Xjpgn6/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Xjpgn6/pastaout/
  268. efloden  42372  5.0  0.0 1777348 20924 ?       Sl   11:36   0:00  |                   |       |                           \_ java -Xmx1024m -jar /pasta-code/pasta/bin/opal.jar --in /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Xjpgn6/pastaout/pastajob/tempY46B1m/step2/mincluster/pw/tempopalcrZD7k/1_U2X.fasta --in2 /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Xjpgn6/pastaout/pastajob/tempY46B1m/step2/mincluster/pw/tempopalcrZD7k/2_U2X.fasta --out /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.Xjpgn6/pastaout/pastajob/tempY46B1m/step2/mincluster/pw/tempopalcrZD7k/out_rep.fasta --align_method profile
  269. efloden  53474  0.1  0.8 1181132 1166948 ?     S    10:40   0:04  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  270. efloden  41131  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:28   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497534743669.pl one seq aln 2PARAM
  271. efloden  41249  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    11:28   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497534743669.pl one seq aln 2PARAM
  272. efloden  41355  0.0  0.0   4324   636 ?        S    11:28   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  273. efloden  41408  0.0  0.0  58892 18676 ?        S    11:28   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  274. efloden  42876  0.2  0.0 141348 31852 ?        Sl   11:28   0:01  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.goZGuO/backbone/backboneL6O3tk.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.goZGuO/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.goZGuO/pastaout/
  275. efloden  44357  0.0  0.0 194228 16564 ?        Sl   11:28   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.goZGuO/backbone/backboneL6O3tk.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.goZGuO/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.goZGuO/pastaout/
  276. efloden  45198  0.0  0.0  64052 19420 ?        S    11:28   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.goZGuO/backbone/backboneL6O3tk.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.goZGuO/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.goZGuO/pastaout/
  277. efloden   6770  0.0  0.0   4324   656 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.goZGuO/pastaout/pastajob/temp6d6th5/step0/mincluster/r1/d1/tempmafftZt_zLE/input.fasta
  278. efloden   6833  0.0  0.0   4716  1080 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.goZGuO/pastaout/pastajob/temp6d6th5/step0/mincluster/r1/d1/tempmafftZt_zLE/input.fasta
  279. efloden   8265  0.0  0.0   4716   740 ?        S    11:35   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.goZGuO/pastaout/pastajob/temp6d6th5/step0/mincluster/r1/d1/tempmafftZt_zLE/input.fasta
  280. efloden  41441  6.0  0.0 117564  8132 ?        Sl   11:36   0:00  |                   |       |                                       \_ /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/libexec/tbfast -s 0.0 -O -C 1 -b 62 -f -1.53 -Q 100.0 -h -0.123 -F -l 2.7 -X
  281. efloden  53999  0.1  0.8 1181460 1167260 ?     S    10:40   0:05  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  282. efloden  30804  0.0  0.0   4324   644 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497539993669.pl one seq aln 2PARAM
  283. efloden  31054  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497539993669.pl one seq aln 2PARAM
  284. efloden  31198  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  285. efloden  31287  1.0  0.0  58904 18528 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  286. efloden  33291  1.7  0.0 129828 20084 ?        Sl   11:36   0:00  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ibbouo/backbone/backbonenJ5W69.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ibbouo/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ibbouo/pastaout/
  287. efloden  35151  0.0  0.0 194228 16720 ?        Sl   11:36   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ibbouo/backbone/backbonenJ5W69.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ibbouo/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ibbouo/pastaout/
  288. efloden  35573  0.0  0.0  61892 17172 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ibbouo/backbone/backbonenJ5W69.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ibbouo/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ibbouo/pastaout/
  289. efloden  42392  0.0  0.0   4324   656 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ibbouo/pastaout/pastajob/tempMcssPl/step1/mincluster/r0/d1/tempmafftbjWN7v/input.fasta
  290. efloden  42432  0.0  0.0   4324   672 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ibbouo/pastaout/pastajob/tempMcssPl/step1/mincluster/r0/d1/tempmafftbjWN7v/input.fasta
  291. efloden  42892  0.0  0.0   4324   112 ?        R    11:36   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.ibbouo/pastaout/pastajob/tempMcssPl/step1/mincluster/r0/d1/tempmafftbjWN7v/input.fasta
  292. efloden  54452  0.1  0.8 1181080 1166896 ?     S    10:40   0:04  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  293. efloden  50287  0.0  0.0   4324   644 ?        S    11:19   0:00  |                   |       |   \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497544523669.pl one seq aln 2PARAM
  294. efloden  50553  0.0  0.0  20892  3348 ?        S    11:19   0:00  |                   |       |       \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497544523669.pl one seq aln 2PARAM
  295. efloden  50873  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:19   0:00  |                   |       |           \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  296. efloden  50999  0.0  0.0  58892 18680 ?        S    11:19   0:00  |                   |       |               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  297. efloden  54272  0.3  0.0 169376 61056 ?        Sl   11:19   0:03  |                   |       |                   \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.9YSslA/backbone/backbone1y_IAM.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.9YSslA/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.9YSslA/pastaout/
  298. efloden  57403  0.0  0.0 194228 16580 ?        Sl   11:19   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.9YSslA/backbone/backbone1y_IAM.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.9YSslA/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.9YSslA/pastaout/
  299. efloden  59324  0.0  0.0  66276 21564 ?        S    11:19   0:00  |                   |       |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.9YSslA/backbone/backbone1y_IAM.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.9YSslA/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.9YSslA/pastaout/
  300. efloden  36318  0.0  0.0   4324   652 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.9YSslA/pastaout/pastajob/tempMeHMFS/step1/mincluster/r0/d2/tempmafft17o6K6/input.fasta
  301. efloden  36410  0.0  0.0   4716  1076 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                               \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.9YSslA/pastaout/pastajob/tempMeHMFS/step1/mincluster/r0/d2/tempmafft17o6K6/input.fasta
  302. efloden  37841  0.0  0.0   4716   696 ?        S    11:36   0:00  |                   |       |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.9YSslA/pastaout/pastajob/tempMeHMFS/step1/mincluster/r0/d2/tempmafft17o6K6/input.fasta
  303. efloden  38011  6.0  0.0 113196  6768 ?        Sl   11:36   0:00  |                   |       |                                       \_ /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/libexec/pairlocalalign -u 0.0 -l 2.7 -C 1 -b 62 -g -0.100 -f -2.00 -Q 100.0 -h 0.1 -L
  304. efloden  54952  0.0  0.8 1180200 1166016 ?     S    10:40   0:02  |                   |       \_ t_coffee -dpa -dpa_method upp_msa -dpa_tree PF02771.CLUSTALO.dnd -seq PF02771.fa -dpa_nseq 1000 -outfile PF02771.dpa_1000.UPP.with.CLUSTALO.tree.aln -n_core=1
  305. efloden   5495  0.0  0.0   4324   644 ?        S    11:12   0:00  |                   |           \_ sh -c /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497549523669.pl one seq aln 2PARAM
  306. efloden   5949  0.0  0.0  20892  3344 ?        S    11:12   0:00  |                   |               \_ perl /scratch/29787929.1.long-sl7/.tcoffee/tmp/tco/tcouydoqe5940203/73497549523669.pl one seq aln 2PARAM
  307. efloden   6359  0.0  0.0   4324   640 ?        S    11:12   0:00  |                   |                   \_ sh -c fbname=$(basename `ls *.seq` .seq);               run_upp.py -s ${fbname}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o ${fbname}.aln;               mv outdir/${fbname}.aln_alignment.fasta ${fbname}.aln;
  308. efloden   6544  0.0  0.0  58892 18684 ?        S    11:12   0:00  |                   |                       \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_upp.py -s seq.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o seq.aln
  309. efloden  10157  0.2  0.0 169788 61668 ?        Sl   11:12   0:03  |                   |                           \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.pSYEtg/backbone/backbone4AKkSn.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.pSYEtg/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.pSYEtg/pastaout/
  310. efloden  13499  0.0  0.0 194228 16560 ?        Sl   11:12   0:00  |                   |                               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.pSYEtg/backbone/backbone4AKkSn.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.pSYEtg/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.pSYEtg/pastaout/
  311. efloden  15923  0.0  0.0  66260 21472 ?        S    11:12   0:00  |                   |                               \_ /usr/bin/python /usr/local/bin/run_pasta.py --num-cpus=1 -i /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.pSYEtg/backbone/backbone4AKkSn.fas --datatype=protein --temporaries=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.pSYEtg/pastaout/ -j pastajob --output-directory=/scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.pSYEtg/pastaout/
  312. efloden  29481  0.0  0.0   4324   656 ?        S    11:36   0:00  |                   |                                   \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.pSYEtg/pastaout/pastajob/tempFBQw6B/step1/mincluster/r3/d2/tempmaffttjvA46/input.fasta
  313. efloden  29562  0.0  0.0   4716  1080 ?        S    11:36   0:00  |                   |                                       \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.pSYEtg/pastaout/pastajob/tempFBQw6B/step1/mincluster/r3/d2/tempmaffttjvA46/input.fasta
  314. efloden  31069  0.0  0.0   4716   700 ?        S    11:36   0:00  |                   |                                           \_ /bin/sh /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 --ep 0.123 --quiet --thread 1 --anysymbol /scratch/29787929.1.long-sl7/sepp/seq.aln.pSYEtg/pastaout/pastajob/tempFBQw6B/step1/mincluster/r3/d2/tempmaffttjvA46/input.fasta
  315. efloden  31201  6.0  0.0 113192  6592 ?        Sl   11:36   0:01  |                   |                                               \_ /pasta-code/pasta/bin/mafftdir/libexec/pairlocalalign -u 0.0 -l 2.7 -C 1 -b 62 -g -0.100 -f -2.00 -Q 100.0 -h 0.1 -L
RAW Paste Data
We use cookies for various purposes including analytics. By continuing to use Pastebin, you agree to our use of cookies as described in the Cookies Policy. OK, I Understand
 
Top