Untitled

var estouradas = 0;

<span id="pontuacao">0</span>

var temporizador; // para o setInterval
var timer = 1000; // tempo inicial do setInterval, que será alterado dinamicamente

if(estouradas%5 == 0){
  clearInterval(temporizador); // cancela o setInterval
  timer -= 100; // decrementa o tempo
  iniciar(timer); // inicia novamente com um novo tempo
}

function iniciar(t){
   temporizador = setInterval(addBola, t);
}

<body onload="iniciar(1000)">